01?遇到問題

Cytoscape是一款常用的網(wǎng)絡(luò)可視化軟件，廣泛應(yīng)用于生物研究中。本次用此軟件做mRNA-lncRNA的網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，將輸入文件導(dǎo)入后，發(fā)現(xiàn)大量標(biāo)簽重疊，網(wǎng)絡(luò)雜亂無章，如下圖所示

而sci論文上的網(wǎng)絡(luò)圖多采用同心圓排列，簡潔美觀

DOI:10.1186/s12935-020-01315-7

因此開始對網(wǎng)絡(luò)圖進(jìn)行排版，達(dá)到同心圓的樣式。

02?解決方法

（1）修改標(biāo)簽

首先我們注意到network這一欄顯示我們本次有61個節(jié)點(diǎn)356個路徑，是相對較多的，畫板也被標(biāo)簽填滿，路徑被標(biāo)簽所遮擋，因此首先考慮縮小標(biāo)簽大小

我們點(diǎn)進(jìn)style欄——label front size——修改數(shù)值，調(diào)整標(biāo)簽字體大小

同樣選擇style一欄的Height，修改標(biāo)簽高度

根據(jù)需要也可選擇style一欄的weight，修改標(biāo)簽寬度

現(xiàn)在修改完畢，起碼路徑能稍微看到了。

（2）構(gòu)建同心圓

首先我們添加注釋信息，這里我是標(biāo)注了每個RNA的類型，分為lncRNA、mRNA兩類

導(dǎo)入后我們發(fā)現(xiàn)note table這里新加了type一欄，并且是有數(shù)據(jù)的，說明注釋信息成功導(dǎo)入

我們進(jìn)入layout一欄，選擇Group Attributes Layout選定type，即新添加的注釋信息，便可得到一個初步的圓形網(wǎng)絡(luò)圖

完成設(shè)定后可得到下圖

現(xiàn)在我們得到了兩個圓，但并非同心圓，我們只需選中右邊的圓套進(jìn)左邊的圓，為此我們需要通過ctrl鍵選中右邊的所有節(jié)點(diǎn)拖到左邊圓當(dāng)中，至此我們得到了一個比較看的過去的網(wǎng)絡(luò)圖

同時記得對不同的分組使用不同的顏色進(jìn)行區(qū)分，上圖的黃色只是說明它被選中了，操作如下

將mRNA標(biāo)為橙色，lncRNA標(biāo)為藍(lán)色，最終得到如下圖

03?收獲感受

想要圖看得過去，參數(shù)就是要多調(diào)，跑不了