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Biognosys官方的spectronaut17發(fā)布會(huì)介紹，帶來了Spectronaut17/directDIA+的四大提升：

1）提升鑒定量：相對(duì)于SN16提升10~30（Thermo，Bruker，Sciex最新儀器）；

2）改善定量準(zhǔn)確性；

3）使譜圖庫不再必須，相對(duì)于深度分級(jí)建庫定量更準(zhǔn)，鑒定深度差距為-10%~+5%；

4）適用于各類實(shí)驗(yàn)和分析手段，包括各類細(xì)胞組織體液，特異性、非特異性酶切體系。

本次Spectronaut17的升級(jí)帶來的最大更新是directDIA+最新升級(jí)，direct DIA（direct Data-independent acquisition），即Library-free DIA，與傳統(tǒng)DIA分析策略相比，無需進(jìn)行DDA分級(jí)構(gòu)建圖譜庫，直接利用機(jī)器深度學(xué)習(xí)解析DIA質(zhì)譜原始譜圖，在保留了DIA高通量、高重現(xiàn)、高準(zhǔn)確的特點(diǎn)的同時(shí)提高了效率，縮短了實(shí)驗(yàn)周期，降低了成本。

在此版本中，direct DIA數(shù)據(jù)直接定性的能力（不依賴于譜圖庫，無論實(shí)驗(yàn)還是預(yù)測(cè)庫）達(dá)到史無前例的巔峰，無論進(jìn)行定性還是非標(biāo)記定量分析時(shí)，采用DDA方法的必要性已經(jīng)越來越低。

01?常規(guī)組織樣本

數(shù)據(jù)來源：采用鹿明常規(guī)蛋白組學(xué)前處理方法制備多肽，250ng上樣，timsTof Pro2 DIA-PASEF 60分鐘采集，Spectronaut 16和Spectronaut 17 "directDIA+"分別分析。Protein Group及Precursor FDR均1%。

▲圖1大鼠細(xì)胞不同版本Protein Groups鑒定對(duì)比

▲圖2 大鼠細(xì)胞不同版本Precursors鑒定對(duì)比

可以看出directDIA+的Protein Group提升數(shù)量不大，但是在真正用于定量的Precursor數(shù)量實(shí)現(xiàn)了近35%的領(lǐng)先。那么有老師就會(huì)問了，去高豐度蛋白質(zhì)組如何呢？

02?節(jié)約能源體液蛋白定量DeeP

在體液去高豐度蛋白質(zhì)組上，directDIA+有何表現(xiàn)呢？我們做了個(gè)簡單測(cè)試，采用血漿、血清樣本測(cè)試分別對(duì)比。柱形圖3為PG，柱形圖4為Precursors。

▲圖3 血漿、血清不同版本Protein Groups鑒定對(duì)比

▲圖4 血漿、血清不同版本Precursors鑒定對(duì)比

可以看出directDIA+的Protein Group提升數(shù)量大約在20%-30%，并且在真正用于定量的Precursor數(shù)量實(shí)現(xiàn)了近50%的領(lǐng)先。

從以上測(cè)試中可以看到，即使不采用預(yù)測(cè)譜圖庫，directDIA+算法依然能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)簡單樣品的極深度覆蓋。Spectronaut17的巨大優(yōu)勢(shì)，想必在未來的DIA定量大隊(duì)列研究中也必將大展拳腳。

鹿明生物通過引進(jìn)最新版的Spectronaut軟件，配合鹿明豐富的樣本處理經(jīng)驗(yàn)、優(yōu)化色譜質(zhì)譜條件、多重嚴(yán)格質(zhì)控，以及最高端的質(zhì)譜儀器平臺(tái)，使我們的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)服務(wù)數(shù)據(jù)更高深、更準(zhǔn)確、更穩(wěn)定、更全面，期待助力各位科研工作者取得更加豐碩的研究成果。

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