熒光標記所依賴的化合物稱為熒光物質(zhì)。熒光物質(zhì)是指具有共軛雙鍵體系化學結(jié)構(gòu)的化合物，受到紫外光或藍紫光照射時，可激發(fā)成為激發(fā)態(tài)，當從激發(fā)態(tài)恢復基態(tài)時，發(fā)出熒光。熒光標記技術(shù)指利用熒光物質(zhì)共價結(jié)合或物理吸附在所要研究分子的某個基團上，利用它的熒光特性來提供被研究對象的信息。熒光標記的無放射物污染，操作簡便等優(yōu)點，使得熒光標記物在許多研究領(lǐng)域的應(yīng)用日趨廣泛。
異硫氰酸熒光素（FITC）具有比較高的活性，通常來說，在固相合成過程中引入該種熒光基團相對于其他熒光素要更容易，并且反應(yīng)過程中不需要加入活化試劑。

FITC修飾的多肽：
1、 在整條肽鏈N端接入FITC，并且在FITC之前接入一分子的Acp（6-氨基己酸），也稱烷基間隔器。反應(yīng)中FITC與肽鏈上裸露的-NH2反應(yīng)，Acp的接入提供了六個碳的直鏈空間，降低了反應(yīng)的空間位阻，提高了反應(yīng)效率，降低了反應(yīng)難度。

其次，F(xiàn)ITC還與多肽結(jié)構(gòu)中的-SH，側(cè)鏈-NH2反應(yīng)，Acp的加入也降低了這種副反應(yīng)發(fā)生的可能。

此外，多肽在酸性環(huán)境條件下切割時，在N端接入FITC的多肽需要經(jīng)歷環(huán)化作用來形成熒光素，這種過程通常都會伴隨最后一個氨基酸的切除，而烷基間隔器Acp的接入就避免了這一情況的發(fā)生。
2、 在整條肽中的某個Lys側(cè)鏈接入FITC，Lys側(cè)鏈為末端為-NH2的四碳直鏈烷基，直接起到了降低空間位阻的作用。這種修飾方式能夠靈活的在整條肽中任何位置進行FITC修飾，而不僅限于末端。