本文用時間順序對Little Busters動畫版劇情進行梳理，部分敘事隱晦的內(nèi)容如沙耶的情況以及劇場版與TV的蘇醒順序等，加入了一些個人想法。

整個故事從棗恭介開始。為了能讓因為幼時心傷而自我封閉的妹妹棗鈴振作起來，身為兄長的恭介帶著鈴外出尋找有趣的事情。

他們遇到的第一個孩子是被嘲諷為笨蛋的井之原真人，不合群的他雖然通過鍛煉獲得強健的體魄，但仍無法與他人親近。兄妹倆聯(lián)合將其擊敗，恭介伸出手安慰他：“笨蛋不也挺好嗎？我在和你戰(zhàn)斗過之后感到十分開心，一邊舉著郵筒一邊戰(zhàn)斗的笨蛋可是世間少有的，所以就繼續(xù)笨蛋下去吧，這樣的話今后我還會陪你繼續(xù)玩哦，因為實在太開心了！”兩人報出了自己的名字，從此成為摯友。

有一天他們得知本市有個名為宮澤謙吾的小學生在全國少年劍道大賽上勝出，于是恭介想到去宮澤家的道場踢館。謙吾在父親的嚴厲教導下，被取勝的執(zhí)念所束縛，但隨著恭介用一個稻草人巧勝其父，這份束縛也被解開：“其實你也想像笨蛋一樣快樂地玩耍吧！”向他伸出了手。

接下來本作明主角直枝理樹出場。直枝一家不幸遭遇車禍，理樹被母親護住才大難不死，他為了逃避悲傷患上了嗜睡癥。某天理樹遇到了從戰(zhàn)亂國度回來的女孩彩，她自幼喪母，唯一能給她帶來救贖的是一本漫畫《學園革命School Revo》。理樹主動成為她第一個朋友，結果當天彩遭遇泥石流，身體陷入假死狀態(tài)，懷著對理樹的思念，靈魂穿越了時空。

恭介等人找上了理樹，五人組成了最初的小團隊Little Busters——懲惡揚善的正義伙伴，這是理樹一生的依靠，他們從小學一直玩到高中。高二時發(fā)生了一件不幸的事情：和謙吾交好的女生古式美雪因為失明而退出弓道部，謙吾指出她只是不愿意去面對未來，鼓勵她去再次尋找存在價值。但美雪卻覺得沒有受過挫折的謙吾根本無法對自己感同身受，一時想不開，跳樓自盡。

六月的最后一個星期，全班同學在一次修學旅行時遭遇車禍，除了理樹和鈴得到真人和謙吾的保護外，全班同學都掙扎在死亡線上。但二人的心理承受能力還很脆弱，為了讓他們在醒來的時候不會絕望，恭介集合了所有人的思念創(chuàng)造了一個從5月13日開始的假世界并加以控制，如果在最終時刻到來時理樹沒有成長到足以接受事實，時間就會回溯。重點人物除了五人組外，還有另外五個內(nèi)心抱有遺憾的人，以及借助同樣被恭介喜歡的《學園革命School Revo》而亂入的彩，以主角“朱鷺戶沙耶”為名在假世界從事漫畫里的行動。

假世界的5月13日，恭介號召除謙吾外的其他三人組成了名為Little Busters的棒球隊，拜托理樹去另外找隊員湊齊九人，暗地里用白貓列儂時不時地給理樹和鈴傳遞任務，引導他們逐漸明白世界的秘密。首次任務是打掃男生宿舍間的雜物。

理樹找上的第一個人是在天臺上邂逅的以“幸福螺旋理論”為信條的神北小毬，她的哥哥拓也在她兒時病逝，小毬一直不愿意面對這個現(xiàn)實，每次看到有生命在她面前消逝就會崩潰。理樹從她的爺爺小次郎處得知此事后，決定幫助小毬振作起來，期間還遇到了來谷唯湖、三枝葉留佳、能美·庫特莉亞芙卡和西園美魚四名女生，來谷對LB成員揮灑青春產(chǎn)生羨慕，同意入隊。一次小毬帶著理樹去尋找回憶，期間遇到了一只死去的小貓，精神錯亂。理樹在其他人的指點下，續(xù)寫了小毬自己的畫冊，告訴她身邊還有很多伙伴，大家一起經(jīng)歷著歡笑與悲傷，成功治愈了小毬，也讓她加入了LB。

下一名成員是以不守校規(guī)出名的葉留佳，一次她被風紀委員長二木佳奈多誤解，理樹幫她解圍后拉她入隊。另一方面，從小就漂泊無依的庫特很容易感到寂寞，于是真人建議理樹幫她找室友，經(jīng)過一番折騰后，佳奈多主動邀請庫特同住，后者也在此時加入了LB。

恭介畢業(yè)的時間快到了，理樹再次想起世界的秘密，從列儂處得到拯救食堂的指示，恭介用權限讓食堂大媽集體消失，迫使理樹和朋友們一起幫全校做飯。

隨著LB第一場比賽的臨近，理樹考慮讓在樹下讀書的美魚成為最后一名隊員。美魚從小孤單，迫切想要同伴的心情幻化出了另一個自己美鳥，二人成為姐妹，時常在一起玩耍，但美魚后來忘卻了美鳥，從而失去了這個假想的同伴和自己的影子，不得不每天打著遮陽傘，養(yǎng)成了孤僻的性格。一次恭介舉辦短歌集會，請美魚來指導，但舉辦完后難以融入集體的她選擇了離開。美魚和理樹來到海邊，雖然很想和LB眾人在一起，但對于美鳥的愧疚讓她被后者取代，理樹外的其他人也忘記了她的存在。恭介鼓勵理樹堅持自己的想法，堅信美魚的真實性。最后理樹在美鳥的幫助下在海邊重新找回了美魚。美鳥在姐姐想起自己后回到她體內(nèi)，去而復返的美魚不再撐傘，融入了群體。

隨著時間的流逝，葉留佳和佳奈多的矛盾愈演愈烈。一天，葉留佳的父親是殺人犯的消息傳遍校園，LB眾人從她口中得知真相：她和佳奈多是同母異父的雙胞胎，三枝家規(guī)定族內(nèi)的女兒會同時入贅兩個女婿，其中一人名叫三枝晶，兩姐妹誕生后，父母三人不滿家規(guī)，三枝晶因一場大鬧而入獄，親戚奪回兩姐妹，將她們的父母趕出家門，三枝家被二木家掌控。因為不知道誰才是三枝晶的女兒，守舊的家長們決定將佳奈多培養(yǎng)成繼承人，而被處處針對的葉留佳產(chǎn)生報復心理，故意與姐姐做相反的事情，佳奈多也是為了監(jiān)視妹妹而來學校，被迫散布三枝晶的消息。在家里沒有容身之所的葉留佳在學校里才第一次感受到自由，為能有伙伴而開心；而佳奈多在二木家如履薄冰，如果不能讓自己足夠優(yōu)秀，就會和妹妹一樣被視為廢物，三枝家為了面子也讓她跟著蔑視葉留佳。最后葉留佳得知了姐姐的難處后主動去與她和好，共同去見出獄的三枝晶，決定以后只做自己。

下一個要幫助的人是比大家小一歲的庫特，她的爺爺曾經(jīng)周游世界，住得最長的外國是圖布亞，出生于此的庫特擁有圖布亞和日本兩國國籍。因為母親切爾莎是宇航員，庫特從小就喜歡火箭。一次LB眾人得知切爾莎搭乘的火箭升空失敗的消息，鼓勵一直在逃避的庫特回圖布亞見母親。但這時圖布亞發(fā)生了內(nèi)亂，庫特被武裝分子襲擊，囚禁在地下河道，因回憶起朋友們而振作起來。LB眾人也通過意志將一個齒輪傳送給庫特，幫助她砸開鐵鏈逃了出來，在圖布亞和平后重新見到切爾莎，隨后回到了大家身邊。

在此期間理樹從列儂處得到第三個任務：治好同學相川的相思病，原來他一直暗戀著高傲的笹瀨川佐佐美，后者與鈴關系不和。鈴在一次和佐佐美的比賽時投出了“雷神喵喵球”，恭介認為她有緊急時刻的怪力。第四個任務是給孩子們演人偶劇，鈴選擇了小毬的劇本。演出成功后思考寄信者目的的理樹在小毬處發(fā)現(xiàn)一本畫冊，里面講述男孩和女孩逐一解決八個小矮人的煩惱，解決了煩惱的小矮人就會消失不見。理樹覺得這個內(nèi)容似曾相識。

面對遲遲不肯入隊的謙吾，恭介在這個假世界里重演了美雪事件，但這次謙吾成功救下了墜樓的美雪，他不求報恩，只求她能活得像自己，而他也會如此。謙吾帶傷加入了LB激勵美雪，證明了人的存在價值并非只有一種。恭介將首場比賽隊長的職責交給了理樹，在他的領導下，LB在比賽中大獲成功。

比賽后不久，沙耶以諜報員的身份找上理樹，說他可能會被守護學校秩序的“暗之執(zhí)行部”綁架，為了不讓信息被透露，沙耶強迫理樹成為自己搭檔去尋找校內(nèi)秘寶。二人在學校地下進行了一系列的冒險，期間產(chǎn)生了情愫，沙耶也逐漸回想起理樹就是當年的那個人。但這個冒險也是一個輪回，每次沙耶都在最后關頭被殺死，然后時間再次回到開頭，在幕后操縱一切的“暗之執(zhí)行部”首領就是恭介。沙耶在一次次輪回中意識到自己是不能存在的人，和理樹的每一次相遇最終只能以悲劇收場，于是托恭介將秘寶設置成致人死命的生物武器，等到終于突破防線后通過它讓自己消失。在理樹得知真相后，沙耶舉槍自盡。

時間進入到6月20日，理樹越來越覺得有哪里不對勁。與來谷有過節(jié)的幾個女生暗地里欺負小毬和庫特，來谷識破后勃然大怒，在她們的面前一腳踢壞門作為威脅，這些行為讓理樹發(fā)現(xiàn)來谷非常在乎同伴。晚上LB在操場放煙花，但理樹第二天醒來時發(fā)現(xiàn)時間停在了6月20日，除了來谷外沒有任何人發(fā)現(xiàn)這點。原來她一直珍惜與LB眾人的相遇，懷念著這天的煙花晚會，所以才會將理樹帶入自己的夢境中，讓日子一直重復，但結束的時間終將到來。來谷消失在假世界里，臨走前讓理樹守護好鈴，注意命運的時刻。

日期再次向前推進，理樹回憶著和鈴的過往，發(fā)現(xiàn)自己已經(jīng)對她心生愛慕，在棒球部向所有人宣布了這點。等理樹和鈴出門后，解開心結的美魚、庫特和葉留佳離開了假世界，小毬在不久后也步其后塵。

列儂送來了最后的任務，讓理樹在班會上參加競選，原來老師希望能有學生為縣議會的人帶路，理樹和鈴成功當選，獲得了教師們的矚目。不久傳來了鄰校學生在巴士旅行中遭遇車禍，只有兩人幸存的噩耗，老師打算讓鈴去進行交換留學。盡管理樹一開始以鈴怕生為由表示反對，卻為了讓她成長還是建議她去，結果惹來鈴的悲憤。理樹結合一系列事件，終于意識到恭介是幕后推手，用一系列任務讓鈴獨立，認為他自作主張將鈴送出去的粗暴行為違背了LB友情的初衷，但仍不明白真實世界的情況。

鈴在新學校過得并不好，發(fā)來內(nèi)容絕望的短信希望能回到朋友身邊。等她回來后，理樹和恭介打賭用棒球分勝負決定鈴的去留，而真人和恭介一起對抗理樹和謙吾。比賽中恭介變出已死的美雪幻影干擾了謙吾，贏下這場比賽。LB隨著友情的破裂分崩離析。面對此情此景，理樹選擇帶著鈴逃走，二人來到曾經(jīng)和大家一起玩過的鄉(xiāng)下寺廟生活了一段時間，直到被保安發(fā)現(xiàn)。這種逃避行為觸發(fā)了世界線的重啟。

時間回到了5月23日，這個時候新加入的五人都已退場，恭介和鈴陷入了自閉，LB過往的快樂不復存在。理樹在謙吾的建議下嘗試代替恭介讓大家復合。他先是教鈴玩接球，等她恢復一些后就一起去找真人。但真人為了能夠讓理樹足夠堅強拒絕入隊，還在校內(nèi)四處打人，結果理樹和鈴用計合力將他制服，就和當初恭介所做的那樣。真人為此感到欣慰，決定在最后一刻來臨前一直跟隨理樹。謙吾也對重新加入LB表示抗拒，這時的他仍將二人視為需要保護的孩子。理樹便和他比賽棒球，鈴在球賽中再次投出雷神喵喵球，謙吾看到了他們的成長，同意入隊。

最后四人一起來找將自己關閉在房間里的恭介，看到理樹不再逃避而是選擇直面現(xiàn)實的恭介像當初對他那樣被牽起了手。理樹號召大家再打一場棒球，作為這個世界最后的光景。恭介告訴了理樹一切的真相：“沒錯，聽好了，從今以后你絕對不能哭，已經(jīng)不允許再有那種軟弱了！”理樹答應了他的話，在依次與真人、謙吾、恭介告別后拉著鈴沖出了校園，離開了假世界。

回到現(xiàn)實的兩人面對車禍的慘狀痛苦萬分，但在對摯友們的回憶中重新振作，將同學一一救出。雖然假世界輪回了很多次，但現(xiàn)實世界卻并沒有過去多久，身受重傷的恭介用自己的身體堵住泄露的油箱，為二人爭取時間，他稱贊理樹的堅強：“你終于，超越了我！”理樹則回答：“都是恭介的功勞！我只是追著恭介的背影前進！是恭介教會了我！活著就會有快樂！”

雖然發(fā)生了重大事故，幸運的是沒有人喪生，但庫特和恭介遲遲未醒。此時的庫特深陷于夢境中：她邀請理樹成為室友。一次獨立研究時，庫特在來自圖布亞的室友冰室憂希的幫助下做出了水火箭，自己也給另一名制作火箭的女孩有月椎菜提供了幫助。經(jīng)過一段時間的相處后，理樹和庫特的情感不斷升溫，做了一切戀人會做的事情。但她知道自己只是在逃避，不愿去面對深陷夢境的殘酷現(xiàn)實，直到被這個假世界封鎖。這時現(xiàn)實中的理樹潛入到她的夢境，用當初的齒輪砸斷了庫特身上的鐵鏈。后者于一番掙扎后，在朋友們和母親的呼喚下成功回到現(xiàn)實世界。

新的學期大部分人都回到了教室，仍然昏迷的恭介在九月被轉移到更大的醫(yī)院，期間理樹依然代替他成為LB的領袖。直到有一天大家為今日任務犯難時，康復的恭介從窗外出現(xiàn)，帶著大家開始新的修學旅行。另一方面，在假世界中死去的彩回到了當初的身體里，從泥石流中幸存的她終在某日與理樹重逢。

但即使回到了現(xiàn)實世界，故事也沒有完結：

佐佐美和小毬私下照顧一只黑貓，但她不愿意讓其他人知道。直到10月23日，她自己也變成了一只貓，不得不來找理樹，發(fā)現(xiàn)在他的房間里與其獨處時可以恢復人形。有一天能聽懂佐佐美話的小毬突然失蹤，理樹才明白這里也是某人創(chuàng)造出來的假世界，但除了他和佐佐美外意識到這一點的人都會消失。理樹經(jīng)過一番調查，確認這個世界的主宰正是那只名為小黑的貓，原來它曾經(jīng)被兒時的佐佐美收養(yǎng)，但自從她搬家后就再未碰面，佐佐美為此自怨自艾。小黑在生命的最后時刻為了再次與她相見創(chuàng)造了假世界，理樹便帶著佐佐美與它見面，她摸著小黑的頭向它道歉。等回到了現(xiàn)實后，佐佐美被理樹邀請來打棒球：“哭過之后就永遠露不出笑容，是不行的吧，對吧，小黑！”

雖然在假世界里佳奈多和葉留佳已經(jīng)解開了心結，但現(xiàn)實里的家族矛盾仍存。二木家為了能繼承家業(yè)，用妹妹來威脅佳奈多與三枝家的人成親。理樹為了救她，和葉留佳率領LB眾人大鬧婚禮，將佳乃多帶到安全地帶：“我們知道自己的手非常小，不知何時就會被沖散，但正因如此，大家才會把手牽在一起，伸出援手，Little Busters就是這么一個東西，因為孤獨一人什么都干不了，所以大家才聚在了一起。”河邊，葉留佳為姐姐重新戴上象征著雙胞胎的球形發(fā)飾，交出兩人份的休學申請，邀請她和自己去父母家里同居。名為希望的未來即將開始。