1.菌種的高效性

　　高效菌株微生物是微生物肥料的核心。這些菌株是針對(duì)不同作物和土壤類(lèi)型，經(jīng)過(guò)人工篩選或生物工程技術(shù)篩選、轉(zhuǎn)化和大量科學(xué)試驗(yàn)后獲得的優(yōu)良菌株。由于核心菌種或菌種的生理生化功能存在差異，不同微生物肥料的功效也不一致。以根瘤菌為例，菌株的固氮能力差異很大，有的菌株甚至不具備固氮能力。

　　2.活性菌量豐富

　　活性微生物的數(shù)量是肥效充分發(fā)揮的基礎(chǔ)。任何一種微生物肥料都必須含有足夠的活性特定微生物。這些特定微生物的數(shù)量和純度直接關(guān)系到微生物肥料的施用效果，是微生物肥料質(zhì)量的重要指標(biāo)。當(dāng)微生物肥料中特定微生物的數(shù)量減少到一定程度，或純度不能滿(mǎn)足要求時(shí)，肥料效率就會(huì)降低甚至無(wú)效。由于細(xì)菌的生存時(shí)間有限，微生物肥料的有效期也是衡量微生物肥料的一個(gè)重要因素。

　　3.種類(lèi)明確，作用清楚

　　作為微生物肥料的微生物必須經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的鑒定，其分類(lèi)地位明確，對(duì)人、動(dòng)物、植物無(wú)害，不會(huì)破壞土壤微生態(tài)環(huán)境。例如，一些假單胞菌在生長(zhǎng)和代謝過(guò)程中，可以產(chǎn)生促進(jìn)植物生長(zhǎng)的物質(zhì)，但也會(huì)產(chǎn)生一些有害物質(zhì)，有的甚至是人類(lèi)、動(dòng)物或植物的致病菌。這樣的微生物不能視為微生物。肥料事實(shí)上，歷史已經(jīng)告訴我們使用未經(jīng)嚴(yán)格鑒定的微生物的危險(xiǎn)性?！坝行?、無(wú)害”是微生物肥料生產(chǎn)和應(yīng)用的原則，許多國(guó)家對(duì)此都有明確的立法。

　　4.針對(duì)性強(qiáng)，適用范圍得當(dāng)

　　不同的微生物肥料適用于相應(yīng)的作物和特定的土壤環(huán)境條件。在生產(chǎn)實(shí)踐中，很多用戶(hù)對(duì)此并不太重視。在我國(guó)，大豆根瘤菌劑在小麥和玉米上的應(yīng)用是錯(cuò)誤的。

　　5.儲(chǔ)存和施用技術(shù)嚴(yán)格

　　環(huán)境因素如溫度、光照、酸堿度、滲透壓等都能影響微生物的生存。微生物肥料的儲(chǔ)存應(yīng)選擇黑暗和低溫的環(huán)境條件。施用微生物肥料要防止長(zhǎng)期接觸陽(yáng)光，以免紫外線殺死肥料中的微生物。微生物肥料不應(yīng)與化肥直接混合，以免因滲透壓的變化而抑制或殺死其中的有效細(xì)菌。