理解基本內(nèi)容之后就是使用，每遇到一個(gè)，就把他記住，堅(jiān)持半年再來看

以下是文本處理相關(guān)內(nèi)容

一、三駕馬車

https://mp.weixin.qq.com/s/w1nGKH-_hv5YSmAcRQFIcA

grep -f ：將id中的內(nèi)容在info中查找

grep -c：將結(jié)果進(jìn)行wc

grep -w：必須一樣的，不模糊

grep -v：反選

二、馬哥linux及練習(xí)題，來自生信技能樹

如果只是生物信息學(xué)需要，請不要全部看完，太復(fù)雜了，看第2~9章節(jié)即可。 https://www.bilibili.com/video/av40331948/ 就是到P30即可，視頻可能難度超綱，畢竟是程序員的知識點(diǎn)。

其實(shí)你應(yīng)該是學(xué)習(xí)的是我的生物信息學(xué)之linux，視頻鏈接在 https://www.bilibili.com/video/av28813815 學(xué)完應(yīng)該可以完成 LINUX的練習(xí)題：

最低要求是完成我的 linux 20題 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html

其次完成生物信息學(xué)數(shù)據(jù)格式的習(xí)題(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff)，收集這些格式的說明書。

fasta和fastq格式文件的shell小練習(xí) http://www.bio-info-trainee.com/3575.html

sam和bam格式文件的shell小練習(xí) http://www.bio-info-trainee.com/3578.html

VCF格式文件的shell小練習(xí) http://www.bio-info-trainee.com/3577.html

三、sort?

1、sort -u：去重

cut -f1 gtf | sort -u

2、-k field1[,field2] 按指定的列進(jìn)行排序

四、paste

awk '{print $1}' tmp | paste -s -d + | bc

-s是把列放在一行，默認(rèn)用????分隔

bc為任意精度算術(shù)語言提供解釋器。BC的含義是：Binary Calculator，用于實(shí)現(xiàn)任意精度計(jì)算（往往是高精度計(jì)算），如echo 2*2|bc

四、查看使用命令的頻率，并排序

history | awk '{print $2}'|sort |uniq -c|awk '{print $1"\t"$2}'|sort -k 1,1 -n

五、Tee是Linux命令，用于顯示程序的輸出并將其復(fù)制到一個(gè)文件中

六、查看系統(tǒng)版本： cat /etc/issue

https://blog.csdn.net/suma110/article/details/54382862