蛋白質(zhì)組學(xué)根據(jù)研究目標(biāo)是否是針對特定的蛋白質(zhì)可以分為靶向和非靶向蛋白質(zhì)組學(xué)。靶向蛋白質(zhì)組學(xué)，針對特定的目標(biāo)蛋白質(zhì)進(jìn)行研究；非靶向蛋白質(zhì)組學(xué)，針對全局檢測盡可能多的蛋白質(zhì)。百泰派克生物科技提供基于質(zhì)譜的靶向蛋白質(zhì)組學(xué)和非靶向蛋白質(zhì)組學(xué)分析服務(wù)。

非靶向蛋白質(zhì)組學(xué)也稱為發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)，旨在發(fā)現(xiàn)并檢測樣品中更多的蛋白質(zhì)，從而發(fā)現(xiàn)新的蛋白質(zhì)和生物標(biāo)志物等。非靶向蛋白質(zhì)組學(xué)的出現(xiàn)早于靶向蛋白質(zhì)組學(xué)，適合于生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)的早期研究階段。基于質(zhì)譜的非標(biāo)記（Label Free）定量蛋白質(zhì)組學(xué)、SILAC定量蛋白質(zhì)組學(xué)、TMT/iTRAQ定量蛋白質(zhì)組學(xué)，以及SWATH定量蛋白組學(xué)等都屬于非靶向蛋白質(zhì)組學(xué)。

在非靶向蛋白質(zhì)組學(xué)研究中發(fā)現(xiàn)感興趣的特定蛋白質(zhì)或生物標(biāo)志物之后，可進(jìn)一步通過靶向蛋白質(zhì)組學(xué)的方法，在更多的樣本中驗(yàn)證和研究這些蛋白質(zhì)。相比于非靶向蛋白質(zhì)組學(xué)，靶向蛋白質(zhì)組學(xué)有更好的準(zhǔn)確性、靈敏度和重現(xiàn)性。靶向蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)主要包括MRM（multiple reaction monitoring）和PRM（parallel reaction monitoring），其中MRM也稱為SRM（selected reaction monitoring），它們可以更靈敏的檢測低豐度的多肽片段并有更高的定量精度，從而驗(yàn)證和確認(rèn)非靶向蛋白組學(xué)發(fā)現(xiàn)的蛋白質(zhì)以說明生物學(xué)差異。