看完啦！

老師聲音很好聽，講得也很棒，普通話也好，可以推薦！

BTW，由于是自用筆記，所以自己已經(jīng)會(huì)的東西就沒有記錄啦，只記錄了自己有點(diǎn)記不清或者新學(xué)到的東西嘿嘿嘿！

新姿勢(shì)：

• wget：-c, --continue 斷點(diǎn)續(xù)傳（恢復(fù)獲取部分下載的文件）
• source ~/.bashrc：刷新環(huán)境配置，即重新加載一下 ~/.bashrc 讓修改生效，也可用 . ~/.bashrc ，. 等同于source
• 軟鏈接：ln，分為軟鏈接（常用）和硬鏈接（默認(rèn)），軟鏈接相當(dāng)于Windows下的快捷方式。ln不加參數(shù)即為硬鏈接，加上-s參數(shù)即為軟鏈接。常見用法：ln -s TARGET[絕對(duì)路徑] DIRECTORY

尚未理解：

• 巧用alias
  ?

  19-conda的進(jìn)階技巧 P19 - 11:23

  ?
• 刪除沒有使用的包
  ?

  19-conda的進(jìn)階技巧 P19 - 13:06

  ?

快捷方式：

Ctrl + U 剪切光標(biāo)位置到行首的字符

Ctrl + E 回到行尾

Ctrl + A 回到行首

Ctrl + W 剪切一個(gè)單詞

Ctrl + Y 粘貼命令行剪切的內(nèi)容

Ctrl + K 剪切光標(biāo)位置到行首的字符

一些命令：

cd - # 返回上次的工作目錄

ls -t # 以時(shí)間排序列出當(dāng)前目錄下文件

ls -R # 遞歸目錄列出文件

ls -d # 顯示目錄本身，而非目錄下文件

ls ./*txt # 列出當(dāng)前目錄下以txt結(jié)尾的文件

ls ../ # 列出上層目錄的文件

ls -l # 列出當(dāng)前目錄下文件的詳細(xì)信息

mkdir -p # 遞歸創(chuàng)建目錄

mv # 移動(dòng)或重命名

cp -r # 復(fù)制

rm -rfi # 遞歸刪除/不顯示警告訊息/刪除前詢問用戶

head/tail # 查看文件前/后n行，默認(rèn)10行。head常結(jié)合管道符用于控制輸出行數(shù)。（管道符：|）

more # 逐頁查看，按空格翻頁，按回車換行，q退出

less -S # 單行顯示

less -N # 顯示行號(hào)

zless # 查看壓縮文件

cat # 查看文本文件內(nèi)容，輸出到屏幕

tree # 以樹的結(jié)構(gòu)展示文件目錄結(jié)構(gòu)

tar # 解壓

wc # 統(tǒng)計(jì)文本

cut # 文本切割

sort # 排序

uniq # 去除重復(fù)行（只去除相鄰的重復(fù)行），-c 統(tǒng)計(jì)每個(gè)字符串連續(xù)出現(xiàn)的行數(shù)

paste # 文本合并，-d 指定分隔符，-s 按行合并

tr # 字符替換，-d 刪除指定字符，-s 縮減連續(xù)重復(fù)字符

文件夾詳解：

生物信息常見數(shù)據(jù)格式：

fasta：是一種基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。其中核酸或氨基酸均以單個(gè)字母表示，且允許在序列前添加序列名及注釋。特征，2行，ID行和序列行。ID行以“>”開頭，有時(shí)會(huì)包含注釋信息；序列行一個(gè)字母表示一個(gè)堿基/氨基酸。

fastq：是一種存儲(chǔ)了生物序列以及相應(yīng)的質(zhì)量評(píng)價(jià)的文本格式（測(cè)序的原始序列）。特征，4行。ID行，以@開頭，記錄必要信息；序列行；附加信息行（+ ，大部分后面啥都沒有，有的是和第一行一樣）；堿基質(zhì)量行（PHRED值，根據(jù)ASCII表，用一個(gè)字符來表示一個(gè)堿基質(zhì)量的好壞）。

gff：記錄序列中轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)、基因、外顯子、內(nèi)含子等組成元件在染色體中的位置信息?，F(xiàn)在多用第3版，即gff3。

gtf：現(xiàn)在多用第2版，即gtf2?？梢杂胏ufflinks里的gffread命令互相轉(zhuǎn)換格式。

進(jìn)階——三駕馬車

grep：

正則表達(dá)式：

sed：