? ? 小云這次發(fā)現(xiàn)的點(diǎn)是經(jīng)典熱點(diǎn)“自噬”，提到自噬，可能朋友們第一想法是“自噬都在做實(shí)驗(yàn)了，做生信發(fā)不了高分吧？”

? ? 其實(shí)不止朋友們這么想，小云在看到這篇文章前也是這個想法，已經(jīng)把自噬歸為主要做實(shí)驗(yàn)或干濕結(jié)合類方向了，但這篇文章又給我們帶來了驚喜···

? ? 利用自噬相關(guān)基因在非腫瘤疾?。ㄌ匕l(fā)性纖維化IPF）中構(gòu)建預(yù)后模型，基本上就是將腫瘤中最常規(guī)的預(yù)后模型構(gòu)建思路套用在IPF中就發(fā)到了8分+！在一眾非腫瘤診斷模型和比較新的疾病分型思路中，預(yù)后模型思路的效果簡直驚人！

? ? 那么，這就是我們要找的突破口了——在非腫瘤疾病中構(gòu)建預(yù)后模型（需要有疾病預(yù)后信息），在IPF中換個熱點(diǎn)方向（比如線粒體自噬、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激···）或者換個非腫瘤疾病就可以直接復(fù)現(xiàn)啦，行動起來！

? ? ?下 面小云就給小伙伴們展示一下這篇8分+的文章

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l?題目：特發(fā)性肺纖維化自噬相關(guān)基因預(yù)后模型的建立和驗(yàn)證

l?雜志：Front. Immunol.

l?影響因子：IF=8.786

l?發(fā)表時間：2022年12月

研究背景

? ? 特發(fā)性肺纖維化(IPF)是一種慢性進(jìn)行性間質(zhì)性肺疾病。許多研究表明，自噬可能與IPF的疾病進(jìn)展和預(yù)后有關(guān)。然而，自噬和IPF預(yù)后之間相關(guān)性的強(qiáng)有力證據(jù)仍然缺乏。因此，構(gòu)建具有自噬相關(guān)基因的IPF預(yù)后模型至關(guān)重要。

數(shù)據(jù)來源

研究思路

? ? 從人類自噬數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站(http://www.autophagy.lu/index.html)?中收集232個自噬相關(guān)基因（AAGs）。在訓(xùn)練集GSE28042中利用單變量Cox分析和LASSO回歸分析構(gòu)建自噬相關(guān)的預(yù)后模型，并在GSE27957中進(jìn)行模型驗(yàn)證。進(jìn)行GO和KEGG富集分析來研究這些自噬相關(guān)基因的功能。CIBERSORT算法用于計算高危評分組和低危評分組患者之間的免疫細(xì)胞浸潤。在臨床樣本和細(xì)胞系中進(jìn)行qRT-PCR來驗(yàn)證自噬相關(guān)風(fēng)險模型中五個基因的mRNA表達(dá)。

主要結(jié)果

1. 自噬相關(guān)基因的差異表達(dá)分析

? ? 首先在GSE28042中確定了5368個差異表達(dá)基因（圖1C），并且在232個自噬相關(guān)基因（AAGs）的基礎(chǔ)上鑒定了208個AAGs的表達(dá)序列。將差異基因與208個AAGs取交集，共獲得71個差異表達(dá)的自噬相關(guān)基因（圖1D）。

2. IPF自噬相關(guān)基因預(yù)后風(fēng)險模型的建立與驗(yàn)證

? ? 使用單變量Cox分析從71個自噬相關(guān)的差異基因中鑒定出11個與IPF預(yù)后相關(guān)的基因（圖2A），再用LASSO回歸分析篩選5個特征基因構(gòu)建預(yù)后模型（圖2B, C）。在訓(xùn)練隊(duì)列和驗(yàn)證集中進(jìn)行Kaplan-Meier生存分析并利用ROC曲線評估預(yù)測性能（圖2C, 圖3）。最后構(gòu)建了一個基于年齡和五個篩選的AAGs的列線圖，并利用校準(zhǔn)曲線評估其準(zhǔn)確性（圖4）。

3. IPF自噬相關(guān)預(yù)后模型與免疫細(xì)胞浸潤的關(guān)系

? ? 使用CIBERSORT算法評估高風(fēng)險評分組和低風(fēng)險評分組之間22種免疫細(xì)胞浸潤差異（圖5A），并分析自噬相關(guān)基因與特異性免疫細(xì)胞之間的相關(guān)性（圖5G-P）。

4. 自噬相關(guān)預(yù)后模型的功能富集分析

? ? 為了揭示與自噬相關(guān)預(yù)后模型相關(guān)的潛在生物學(xué)功能和途徑，使用GO富集和KEGG途徑分析分析了高風(fēng)險和低風(fēng)險評分組之間的差異基因（圖6A, B）。

5. 在臨床樣本和細(xì)胞模型中驗(yàn)證差異表達(dá)的自噬相關(guān)基因

? ? 使用臨床PBMC樣本進(jìn)一步通過qRT-PCR驗(yàn)證五種自噬相關(guān)基因的表達(dá)（圖7A），利用 MRC-5細(xì)胞建立IPF模型，通過WB驗(yàn)證五種自噬相關(guān)基因的表達(dá)（圖7B）。

圖7?關(guān)鍵基因的表達(dá)驗(yàn)證

文章小結(jié)

? ? 這個文章利用自噬相關(guān)基因在IPF中建立預(yù)后模型，并在臨床樣本和細(xì)胞模型中進(jìn)行表達(dá)驗(yàn)證?；谧允苫虻念A(yù)后模型構(gòu)建放在腫瘤中相當(dāng)常規(guī)，屬于最簡單基礎(chǔ)的分析思路，但是挪到非腫瘤疾病領(lǐng)域效果還是非常哇塞的。因?yàn)轭A(yù)后模型在非腫瘤疾病中做的非常少，更多是做診斷模型，所以如果你關(guān)注的非腫瘤疾病有預(yù)后信息，用這個思路創(chuàng)新性絕對杠杠的！?