「青蓮客戶文章」轉(zhuǎn)錄組學(xué)助力藥物作用機(jī)制研究

Nanonitrator:基于群體學(xué)習(xí)法研發(fā)配比的新型無機(jī)硝酸鹽增強(qiáng)保護(hù)劑
發(fā)表期刊:Sci Bull (Beijing)??
IF:?20.577?
發(fā)表時(shí)間:2023.03.30
研究背景
頭頸癌(HNC)是2020年全球第七大常見癌癥。放射治療HNC通常會導(dǎo)致長期HNC幸存者的唾液腺功能低下和口干。癥狀通常以累積輻射劑量依賴的方式加重,隨后導(dǎo)致一系列副作用,如吞咽困難、齲齒、味覺受損和胃腸道疾病,影響預(yù)后和患者生活質(zhì)量。在動物的飲用水或飲食中添加硝酸鹽可以通過減少細(xì)胞焦亡、降低活性氧水平和激活表皮生長因子受體(EGFR)-絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)信號通路來減少輻射誘導(dǎo)的唾液腺細(xì)胞損傷。但是無機(jī)硝酸鹽作為治療劑的應(yīng)用受到其低生物穩(wěn)定性和生物利用度的限制。為了解決這些問題,提供長循環(huán)和穩(wěn)定性的納米制劑策略對于使用硝酸鹽的潛在治療至關(guān)重要。
文章思路

樣本策略
對照組,不接受治療或照射
單純放療組,僅接受放療
Nanonitrator組
硝酸鹽組
硝酸鹽+VC組
結(jié)果速遞
1:人工智能篩選模型,以確定適合與硝酸鹽聯(lián)合使用的藥物
在藥物設(shè)計(jì)的背景下,結(jié)合人工智能,包括大型生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)集、蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)和藥物組合設(shè)計(jì),團(tuán)隊(duì)成功開發(fā)出一種基于群體學(xué)習(xí)技術(shù)的聯(lián)合用藥預(yù)測系統(tǒng)(SLCDPS)。通過深度學(xué)習(xí)模型的訓(xùn)練,預(yù)測出VC與硝酸鹽配伍是優(yōu)選的藥物組合。之后,選硝酸鹽與VC的最佳配比,并采用微囊化技術(shù)來優(yōu)化緩釋制劑工藝,制備了基于硝酸鹽與VC的新藥:Nanonitrator。
團(tuán)隊(duì)對Nanonitrator進(jìn)行表征,分別進(jìn)行了電鏡、粒徑等分析(圖2(上));并對藥代動力學(xué)進(jìn)行了體內(nèi)緩釋效果研究(圖2(下)),結(jié)果表明口服Nanonitrator體內(nèi)導(dǎo)致全身分布和更高的NOx組織水平比硝酸鹽+VC或僅硝酸鹽,表明其能夠作為硝酸鹽的潛力治療藥物。



圖2:Nanonitrator表征及緩釋效果
圖2:Nanonitrator表征及緩釋效果
2:構(gòu)建動物模型,檢測藥物療效
為了確保在體內(nèi)的吸收及其向唾液腺的傳輸,測量了下頜下腺組織樣本中的NOx濃度。納米硝酸鹽組的平均NOx濃度顯著高于硝酸鹽+VC組和僅硝酸鹽組(圖3b)。結(jié)果顯示對照組的相對唾液流速(%)在所有組中都有所下降,相反在所有硝酸鹽處理組中,唾液流速都得到了恢復(fù),其中納米硝酸鹽組表現(xiàn)出最大的改善,其次是硝酸鹽+VC組和僅硝酸鹽組。在照射后8周,納米硝酸鹽組和僅照射組的唾液流速在統(tǒng)計(jì)學(xué)上有所不同(圖4c)??偟膩碚f,僅輻射組的體重和水分?jǐn)z入量顯著低于硝酸鹽處理組;照射8周后,僅照射組的兩個(gè)下頜下腺的重量顯著低于納米硝酸鹽組。組織學(xué)評估顯示,三個(gè)硝酸鹽治療組的下頜下腺腺泡空泡區(qū)明顯少于僅放療組;納米硝酸鹽組的腺泡空泡區(qū)數(shù)量也顯著低于僅硝酸鹽組和硝酸鹽+VC組(圖3d,e)。

3:轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)探索Nanonitrator調(diào)節(jié)唾液腺細(xì)胞存活的分子機(jī)制
文章發(fā)現(xiàn)Nanonitrator在照射8周后比僅硝酸鹽或硝酸鹽+VC能夠更好地維持下頜下腺組織功能和形態(tài)。為了探索Nanonitrator調(diào)節(jié)唾液腺細(xì)胞存活的分子機(jī)制,建立了下頜下腺損傷模型,使用RNA-seq分析了輻射損傷后細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組范圍的變化。結(jié)果發(fā)現(xiàn)Nanonitrator可以激活PI3K-Akt信號通路,抑制細(xì)胞死亡,促進(jìn)輻射后存活。為了進(jìn)一步證實(shí)納米基體的潛在作用,RNA-seq分析發(fā)現(xiàn)了544個(gè)差異基因(270個(gè)上調(diào),274個(gè)下調(diào)),PI3K-Akt信號通路在前25個(gè)KEGG通路中顯著上調(diào)(圖4d)。
為了確認(rèn)RNA-seq數(shù)據(jù),選擇了PI3K-Akt信號通路的核心蛋白,并使用western blot分析驗(yàn)證了測序結(jié)果;也檢測了PI3KAkt信號通路下游事件中細(xì)胞的鈣含量,結(jié)果顯示納米器可以更好地保護(hù)細(xì)胞內(nèi)鈣穩(wěn)態(tài)(圖4h,i)。


總結(jié)
本研究的重點(diǎn)之一是設(shè)計(jì)一個(gè)群體學(xué)習(xí)系統(tǒng),用于靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)和藥物療效研究,以及制備微封裝的無機(jī)硝酸鹽。作者利用微封裝技術(shù)制備一種安全的硝酸鹽納米顆粒(Nanonitrator),以更好地預(yù)防輻射誘導(dǎo)的唾液腺功能障礙。Nanonitrator通過PI3K-Akt信號通路比單獨(dú)硝酸鹽或硝酸鹽+ VC具有更大的保護(hù)作用。