蛋白質(zhì)翻譯后修飾鑒定就是對蛋白質(zhì)翻譯后修飾的類型（所結(jié)合的官能基團(tuán)的種類）、修飾位點(diǎn)（結(jié)合官能基團(tuán)的氨基酸殘基種類和在肽鏈中所處的位置）以及修飾水平（有多少氨基酸殘基發(fā)生修飾）等進(jìn)行鑒定。在正常生理?xiàng)l件下，發(fā)生翻譯后修飾的蛋白質(zhì)含量相對較少，豐度較低，且處于動態(tài)變化之中，修飾與未修飾的蛋白質(zhì)也混合存在。因此，要進(jìn)行蛋白質(zhì)翻譯后修飾鑒定首先就要從蛋白質(zhì)混合物中分離出某一修飾類型的蛋白質(zhì)，在進(jìn)行后續(xù)的鑒定。

免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）和質(zhì)譜檢測蛋白質(zhì)翻譯后修飾將免疫沉淀技術(shù)與質(zhì)譜技術(shù)結(jié)合起來，可以同時(shí)實(shí)現(xiàn)翻譯后修飾蛋白質(zhì)的獲取和后續(xù)鑒定兩部分工作。IP技術(shù)利用抗體與抗原特異性結(jié)合的原理可以將目標(biāo)蛋白從混合物中分離提取出來，因此可以用于從蛋白混合物中分離特定的翻譯后修飾蛋白。將能與目標(biāo)翻譯后修飾蛋白特異性結(jié)合的抗體與含有該修飾蛋白的混合液一起孵育，抗體與目標(biāo)修飾蛋白便相互識別并共價(jià)結(jié)合在一起，再通過洗脫技術(shù)即可以獲得目標(biāo)修飾蛋白。隨后，再利用液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)（HPLC-MS）實(shí)現(xiàn)翻譯后修飾類型、修飾位點(diǎn)以及水平的鑒定。