在制藥生產(chǎn)的過(guò)程中，會(huì)采用多種多樣的原輔材料，使用紛繁復(fù)雜的加工工藝，進(jìn)而產(chǎn)生了更多的有毒有害的廢水。根據(jù)生產(chǎn)間隙作業(yè)和制藥種類(lèi)的不同，水量和水質(zhì)變化極不穩(wěn)定，對(duì)廢水處理來(lái)說(shuō)是一項(xiàng)具有挑戰(zhàn)性的事項(xiàng)。發(fā)酵類(lèi)制藥廢水的成分很復(fù)雜，毒性大，懸浮物多，有機(jī)物含量高，難以直接生化處理?；瘜W(xué)合成類(lèi)制藥廢水中化學(xué)有機(jī)溶劑多，有機(jī)物含量高，抑制微生物的代謝，在預(yù)處理階段需要化學(xué)氧化降解處理。中藥類(lèi)廢水的有機(jī)物特別多，懸浮物多，毒性大，但有較好的生化性能。生物工程類(lèi)制藥廢水成分復(fù)雜，水質(zhì)變化大，具有抑制或殺滅微生物的特點(diǎn)。

制藥廢水預(yù)處理的方法主要包括混凝法、氣浮法、微電解、Fenton試劑、催化氧化等。混凝法是目前使用較為普遍，成本最低的一種物理分離方法。它用在廢水的預(yù)處理和后期深度處理階段，采用投放混凝劑和催化劑的方法，使得廢水中的固體顆粒能夠相互碰撞凝聚成絮狀物質(zhì)，在重力的作用下沉降到池底。主要影響因素是要破壞廢水膠體的穩(wěn)定性，使得微粒能夠互相凝聚，選擇優(yōu)良的混凝劑可以提高沉淀的效果。氣浮法是利用氣泡在廢水中的表面張力，將廢水中的顆?；蛴椭皆诒砻?。氣泡越小，表面張力越大，吸附力越強(qiáng)。在浮力的作用下，微小氣泡攜帶著污染物不斷上升到表面，使用特有的刮渣系統(tǒng)可以去除。常用在抗生素的制藥廢水處理工藝中。

化學(xué)法中的鐵碳和芬頓是經(jīng)常結(jié)合起來(lái)使用的，鐵碳法是在不通電的情況下，利用廢水中的微電解材料自身產(chǎn)生電位差，對(duì)廢水進(jìn)行電解處理，達(dá)到降解有機(jī)污染物的目的。芬頓試劑法是將Fe2+和H2O2一起使用，按比例投入到廢水中，去除傳統(tǒng)廢水處理方法無(wú)法解決的有機(jī)物。隨著科技的發(fā)展，鐵碳-芬頓的方法還增加了紫外等功能，將生化性提高。電解法是采用電解的原理，使得廢水中的有害物質(zhì)轉(zhuǎn)化為無(wú)害的物質(zhì)，改善廢水有機(jī)物的含量和結(jié)構(gòu)，COD的去除率可以達(dá)到70-80%，但對(duì)水量是有要求的，消耗電能比較大。

上流式厭氧活性污泥法（UASB）在生化處理的過(guò)程中，厭氧效率非常高，構(gòu)造很簡(jiǎn)單，水力停留時(shí)間較短。采取IC內(nèi)循環(huán)法可以適應(yīng)較高濃度的制藥廢水，提高了活性污泥的利用率。水解酸化法可以將有機(jī)大分子的物質(zhì)降解為小分子的物質(zhì)，能大幅改善原始污水的可生化性，為真正的厭氧處理打前陣。使用水解酸化的方法，池子占地面積可以很小，投資少，污泥量也少，但是效果比較好，極大的降低了維護(hù)的成本。厭氧處理法還有厭氧折流板反應(yīng)器（ABR）和膨脹顆粒污泥床（EGSB），這兩種方法處理穩(wěn)定性強(qiáng)，COD去除率高達(dá)80%以上，可以適用于有毒有害、難以降解的廢水。

吸附生物降解法（AB）具有很強(qiáng)的抗沖擊能力，對(duì)pH和有毒有害物質(zhì)具有較強(qiáng)的緩沖作用，適用于水質(zhì)水量變化大的污水。對(duì)BOD、COD和氨氮等去除率一般都高于普通的活性污泥法。序批式間歇活性污泥法（SBR）是一種集合了調(diào)節(jié)池、沉淀池、生物反應(yīng)器為一體的生化處理裝置，均化水質(zhì)能力強(qiáng)，無(wú)需污泥回流，構(gòu)造簡(jiǎn)單，操作靈活。生物膜氧化法在目前來(lái)說(shuō)，具有一定的消化脫氮的能力，結(jié)合了活性污泥和生物膜的優(yōu)勢(shì)，具有容積負(fù)荷高、污泥產(chǎn)量少、抗沖擊能力強(qiáng)、工藝穩(wěn)定和管理方便的特點(diǎn)。