數(shù)據(jù)庫大觀

功能統(tǒng)計(jì)

數(shù)據(jù)庫王者

最新數(shù)據(jù)庫

陳詞總結(jié)

01數(shù)據(jù)庫大觀

十年環(huán)狀RNA研究，截至 2022年11月4日，可統(tǒng)計(jì)的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫資源總共包含44款。根據(jù)數(shù)據(jù)庫收錄的信息大概分成了以下幾類：

??功能數(shù)據(jù)庫（生物學(xué)功能數(shù)據(jù)庫，蛋白質(zhì)翻譯數(shù)據(jù)庫）

??疾病數(shù)據(jù)庫（癌癥數(shù)據(jù)庫，其他疾病數(shù)據(jù)庫）

??轉(zhuǎn)錄與調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫（表達(dá)數(shù)據(jù)庫，互作數(shù)據(jù)庫，轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫，SNP與表型關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫等）

??綜合數(shù)據(jù)庫

??其他數(shù)據(jù)庫

02功能統(tǒng)計(jì)

隨著環(huán)狀RNA的研究日漸深入，包含各種信息的數(shù)據(jù)庫也日益涌現(xiàn)。除了一些基本的信息（例如序列信息、宿主基因等），一些數(shù)據(jù)庫還包含了與環(huán)狀RNA功能相關(guān)的信息（例如miRNA調(diào)控、翻譯潛能等）；當(dāng)然，“批量下載”功能對于數(shù)據(jù)挖掘非常友好。

只有circBank與TransCirc包含m6A信息；CSCD以及CircRiC還包含了用藥信息（圖中未展示）；亞細(xì)胞定位首推RNAlocate，而CSCD也包含相關(guān)信息。

03數(shù)據(jù)庫王者

數(shù)據(jù)庫對于后來的研究者是不可多得的資源，但不同的數(shù)據(jù)庫命運(yùn)卻截然不同，一些被口口相傳，而一些走著走著就沒了~

好的資源與工具最主要是解決“用戶需求”，然后是“用戶體驗(yàn)”，當(dāng)然一個(gè)好記的名字也非常關(guān)鍵。starBase（現(xiàn)在改名ENCORI，新名字沒有舊名字響亮）作為知名的互作數(shù)據(jù)庫經(jīng)歷了至少3次大的更新，涵蓋的內(nèi)容除了circRNA，還包含其他RNA分子。

04最新數(shù)據(jù)庫

11月2日，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生信信息與技術(shù)學(xué)院的趙紅穎等人在NAR發(fā)布了LncTarD的最新版。相比第一版，新版本囊括了更多的數(shù)據(jù)資源，且收了環(huán)狀RNA相關(guān)信息。

陳詞總結(jié)

雖然發(fā)布了這么多款環(huán)狀RNA的數(shù)據(jù)庫，然而通過對這些數(shù)據(jù)庫資料整理和分析后，我認(rèn)為現(xiàn)在環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫仍然是稀缺的。歸納一下主要包含以下幾個(gè)原因：

??數(shù)據(jù)庫為科研工作帶來了極大的方便，所以大家熱情不減，而目前可利用的數(shù)據(jù)庫資源并不多，例如RNA修飾信息、藥物研究信息等

??好的數(shù)據(jù)庫較少，大部分?jǐn)?shù)據(jù)庫發(fā)布之后就不再更新（占比32/44），而有些數(shù)據(jù)庫可能只寫了個(gè)名字，例如CCRDB

??目前大部分?jǐn)?shù)據(jù)庫信息都是生信工具預(yù)測的信息，被實(shí)驗(yàn)支持的極少，例如環(huán)狀RNA功能數(shù)據(jù)庫

令人遺憾的是，一些常用的數(shù)據(jù)庫circBase、circInteractome以及Circ2Traints都已經(jīng)罷工；但這也為其他數(shù)據(jù)庫提供了露臉的機(jī)會，這幾款數(shù)據(jù)庫最近一次更新是circBase于2017年的更新。

“江山代有才人出,各領(lǐng)風(fēng)騷數(shù)百年”。隨著環(huán)狀RNA研究的日新月異，相信有更多好的數(shù)據(jù)庫涌現(xiàn)。