5分起步：網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)+實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，中藥作用機(jī)制研究

大家好，今天給大家分享一篇網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)相關(guān)文章，文章設(shè)計(jì)思路嚴(yán)謹(jǐn)，實(shí)驗(yàn)論證充足，討論部分也很豐富，最重要的是，方法簡(jiǎn)單。大家感興趣的可以研究一下這篇文章。

文章題目為：

“Network pharmacology based research into the effect and mechanism of Yinchenhao Decoction against Cholangiocarcinoma”，基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的茵陳蒿湯抗膽管癌作用及機(jī)制研究，2021年發(fā)表于Chinese Medicine，影響因子5.455。

研究背景

膽管癌是一種罕見的膽道腺癌，其中，肝內(nèi)膽管癌的發(fā)病率和死亡率近年來持續(xù)上升。其發(fā)病與很多危險(xiǎn)因素相關(guān)，如乙肝病毒感染、肥胖等?，F(xiàn)有的治療方法包括手術(shù)、化療、放療等。早期患者手術(shù)反應(yīng)良好，但晚期患者不適用。常用的化療藥物可能產(chǎn)生一些副作用。因而，中藥被作為一種治療膽管癌的替代方案。傳統(tǒng)中藥劑方茵陳蒿湯（YCHD）具有清除肝膽濕熱的功效，且在很多癌癥治療中起到有效作用。

本文利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法，在YCHD的有效成分、相關(guān)靶點(diǎn)、通路及疾病間形成網(wǎng)絡(luò)，致力于探究YCHD在治療膽管癌中的作用及潛在機(jī)制。此外，本文也添加了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證YCHD主要成分對(duì)膽管癌的治療作用。

研究思路

本文研究思路如下圖。

首先在數(shù)據(jù)庫中篩選YCHD中主要化何物，再鑒定與膽管癌相關(guān)的基因，形成PPI網(wǎng)絡(luò)以篩選最相關(guān)的靶蛋白。其次，對(duì)靶蛋白進(jìn)行功能分析，探究YCHD主要成分對(duì)膽管癌治療起作用的關(guān)鍵功能和通路。而后，對(duì)篩選的到的主要化合物和主要靶蛋白進(jìn)行分子對(duì)接，探究他們之間的結(jié)合親和力。最后，通過實(shí)驗(yàn)對(duì)以上網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。

主要結(jié)果

1、化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)分析

研究共篩選得到32中活性成分（如下表格），其中最相關(guān)的五種化合物分別為：槲皮素、山柰酚、谷甾醇、異鼠李亭和豆甾醇。隨后，構(gòu)建化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)，該網(wǎng)絡(luò)包括244個(gè)節(jié)點(diǎn)，其中有3種YCHD組成草藥（茵陳蒿、梔子和大黃），32中活性化合物，以及209對(duì)關(guān)系對(duì)。這些結(jié)果表明，YCHD可能是通過多種化合物針對(duì)多種靶點(diǎn)對(duì)膽管癌進(jìn)行治療的。

2、交聯(lián)靶基因的鑒定

將YCHD中三種草藥相關(guān)的靶基因與膽管癌相關(guān)的基因進(jìn)行交聯(lián)，共得到96個(gè)重疊基因，其中梔子歲對(duì)應(yīng)的靶基因最多，被認(rèn)為是最YCHD湯劑中最有效的成分。

3、PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

對(duì)以上96個(gè)重疊基因進(jìn)行PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，篩選出最主要的5中靶點(diǎn)：AKT1、IL6、MAPK1、TP53和VEGFA。

4、GO和通路富集分析

對(duì)以上5個(gè)靶基因進(jìn)行GO和通路富集分析，結(jié)果表明，它們相愛難改觀的生物學(xué)過程主要有：RNA聚合酶II啟動(dòng)子正調(diào)控轉(zhuǎn)錄、負(fù)調(diào)控凋亡過程、正調(diào)控轉(zhuǎn)錄和DNA模板化。主要富集的通路與癌癥、免疫和病毒感染等通路相關(guān)，包括乙肝感染、MAPK信號(hào)通路、PI3K-Akt通路和MicroRNA。

5、草藥-靶點(diǎn)-膽管癌網(wǎng)絡(luò)分析

建立了草藥-靶點(diǎn)-膽管癌網(wǎng)絡(luò)，該網(wǎng)絡(luò)包括80個(gè)節(jié)點(diǎn)（其中有3種草藥、27種化合物、46個(gè)靶點(diǎn)及4條關(guān)鍵通路）和247條關(guān)系對(duì)。

6、靶點(diǎn)相互作用驗(yàn)證

對(duì)以上鑒定的5種主要化合物和5個(gè)重要靶點(diǎn)進(jìn)行分子對(duì)接，其親和力均低于-5.0kcal/mol，表明親和力良好。這些結(jié)果說明化合物和靶點(diǎn)之間相互作用關(guān)系可信。

7、實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證：YCHD可抑制膽管癌細(xì)胞的增殖

5種化合物均可造成癌細(xì)胞IC50的減少。

8、實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證：槲皮素和山柰酚可誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡

高劑量的槲皮素和山奈酚使癌細(xì)胞凋亡率增加。

9、實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證：槲皮素和山柰酚對(duì)關(guān)鍵靶點(diǎn)mRNA的影響

槲皮素和山柰酚降低了AKT和VEGFA的表達(dá)，增加了P53和MAPK的表達(dá)。

10、實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證：槲皮素和山奈酚對(duì)關(guān)鍵靶點(diǎn)蛋白表達(dá)的影響

槲皮素和山奈酚降低了AKT、VEGFA和IL-6的表達(dá)，增加了P53和MAPK的表達(dá)。

討論

本文一大亮點(diǎn)即為討論部分比較詳細(xì)，這里簡(jiǎn)單列一下本文討論部分是如何著手的，感興趣的可以查看原文學(xué)習(xí)一下這個(gè)討論部分的寫作。

第一段為膽管癌治療及膽管癌治療中的缺陷，即西藥具有一定的副作用。

第二段順勢(shì)介紹中藥和YCHD治療膽管癌的優(yōu)勢(shì)，及其在肝膽功能中的作用，引出本研究目的。

第三段討論YCHD中五種化合物的作用，包括他們對(duì)膽管癌的作用及參與的信號(hào)通路。

第四段討論5個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)的作用，同樣包括他們的作用和參與的生物過程和信號(hào)通路。

第五段討論關(guān)鍵靶點(diǎn)富集到的生物學(xué)功能。

第六段討論關(guān)鍵靶點(diǎn)富集到的主要信號(hào)通路。

第七段是對(duì)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證部分的討論，綜合了幾種化合物、靶點(diǎn)、生物功能和信號(hào)通路的作用，闡述YCHD治療膽管癌的作用機(jī)制。

第八段是綜合討論YCHD治療膽管癌的作用機(jī)制。

第九段為本研究的優(yōu)缺點(diǎn)匯總。?

今天的分享就到這里了，總體來說，本文設(shè)計(jì)嚴(yán)謹(jǐn)，思路簡(jiǎn)單，且討論充分，對(duì)我們寫論文具有很大地參考意義！有興趣的朋友可以下載原文研究學(xué)習(xí)！?