——事故發(fā)生前
18時(shí)04分：機(jī)組成員以及乘客共524人登機(jī)完畢，晚點(diǎn)4分鐘。
18時(shí)12分：日航123號(hào)（JA8119）從羽田機(jī)場(chǎng)的18號(hào)停機(jī)坪駛至16L跑道后滑行起飛。
——事故發(fā)生時(shí)
18時(shí)24分：起飛12分鐘后，在相模灣爬升時(shí)（23900呎），突然發(fā)生巨響，機(jī)艙內(nèi)發(fā)生爆炸性減壓，機(jī)尾衛(wèi)生間天花板崩塌，液壓系統(tǒng)也故障，事后調(diào)查顯示此時(shí)垂直尾翼更有一大半損毀脫離。機(jī)長(zhǎng)決定回航至羽田。其后航機(jī)因液壓油滲漏而引致操縱面板無(wú)法控制，但引擎和電力系統(tǒng)仍正常運(yùn)作。
18時(shí)24分47秒：JAL123調(diào)整應(yīng)答機(jī)編碼識(shí)別號(hào)碼為7700，宣布緊急狀況，信號(hào)被位于所澤市的東京航空交通管制部（TACC）接收。之后高濱雅己機(jī)長(zhǎng)通過(guò)無(wú)線電向TACC確認(rèn)緊急狀況，并要求返回羽田機(jī)場(chǎng)，TACC告知可以。JAL123在飛至伊豆大島上空時(shí)要求雷達(dá)導(dǎo)引，TACC詢問(wèn)回旋方向，機(jī)長(zhǎng)希望向右回旋。此時(shí)羽田機(jī)場(chǎng)開(kāi)始做緊急著陸的準(zhǔn)備。
18時(shí)27分：TACC確認(rèn)JAL123宣布緊急狀況，機(jī)長(zhǎng)確認(rèn)了。但TACC繼續(xù)詢問(wèn)出現(xiàn)的問(wèn)題時(shí)，機(jī)長(zhǎng)并沒(méi)有回答。因此，TACC向日航本社告知了JAL123號(hào)發(fā)生緊急狀況。
18時(shí)28分：TACC在指示JAL123向正東方向飛行時(shí)被告知飛機(jī)失控。這是TACC第一次了解到JAL123號(hào)已經(jīng)失控。
18時(shí)31分：TACC詢問(wèn)社內(nèi)無(wú)線聯(lián)絡(luò)JAL123,3分鐘后，JAL123告知R-5門(mén)破損并要求聯(lián)絡(luò)，就在這時(shí)無(wú)線電監(jiān)視器發(fā)出了緊急下降的請(qǐng)求，日航本社表示明白。
18時(shí)40分：TACC為了和JAL123更好的通信，為JAL123準(zhǔn)備了特定的無(wú)線電頻率，并要求JAL123改變通信機(jī)頻率，但是沒(méi)人回答。
18時(shí)40分：為提升空氣阻力放下起落架，其后在富士山東巒北方上空以及山梨縣大月市上空進(jìn)行了向右急回旋，高度從22,000呎降至6，000呎，下降15,400呎（約4,600米）。在奧多摩町被人拍下沒(méi)有垂直尾翼的JAL123班機(jī)。
18時(shí)42分：除了JAL123號(hào)以外的所有飛機(jī)為了避免對(duì)指示的影響均被要求改變通信頻率，有一架用正常頻率繼續(xù)通信的飛機(jī)則被TACC繼續(xù)引導(dǎo)。
18時(shí)45分：監(jiān)聽(tīng)到無(wú)線電的駐日美軍橫田基地（RAPCON）為了幫助JAL123，指示其改變?yōu)槊儡娭付ǖ念l率，JAL123則回答失控。TACC提出聯(lián)絡(luò)東京進(jìn)近塔臺(tái)（羽田機(jī)場(chǎng)入場(chǎng)管制無(wú)線電），JAL123拒絕了。
18時(shí)47分：JAL123在千葉縣木更津市請(qǐng)求雷達(dá)導(dǎo)引，TACC指示向正東飛行，并詢問(wèn)“能否控制”，JAL123回答“失控”（Uncontrolable）。之后TACC要求改變通信頻率，JAL123表示收到。
18時(shí)48分：記錄到機(jī)長(zhǎng)慌亂的呼吸聲，但沒(méi)人說(shuō)話。
18時(shí)49分：日航社內(nèi)無(wú)線呼叫了三分鐘，但無(wú)人應(yīng)答。
18時(shí)53分：TACC與JAL123取得聯(lián)絡(luò)，JAL123在無(wú)線電中稱(chēng)飛機(jī)“失控”，TACC與RAPCON聯(lián)絡(luò)，RAPCON告知橫田基地已經(jīng)開(kāi)始做緊急著陸的準(zhǔn)備。TACC通知JAL123聯(lián)絡(luò)東京進(jìn)近塔臺(tái)，JAL123表示明白。
18時(shí)54分：日航社內(nèi)無(wú)線聯(lián)絡(luò)JAL123。JAL123請(qǐng)求當(dāng)前位置，TACC回答其處在羽田西北100公里，熊谷正西45公里。
18時(shí)55分：東京進(jìn)近塔臺(tái)告知羽田和橫田均做好了緊急著陸的準(zhǔn)備，飛機(jī)工程師回答“好的”。這是JAL123最后的通訊信息。此后便聯(lián)絡(luò)不上JAL123了。這之后的18時(shí)56分，東京進(jìn)近塔臺(tái)以及RAPCON均聯(lián)絡(luò)JAL123，但無(wú)人應(yīng)答。
18時(shí)56分：經(jīng)過(guò)機(jī)長(zhǎng)、副機(jī)師及飛航工程師的努力，仍無(wú)法讓飛機(jī)安全降落。飛機(jī)在（8400呎）高天原山墜毀，前半部撞山起火燃燒，后半部滑落山腰。
18時(shí)57分：橫田RAPCON通知JAL123，“貴機(jī)位于橫田西北方向65公里，橫田基地為最優(yōu)先著陸場(chǎng)”，東京進(jìn)近塔臺(tái)聯(lián)絡(luò)JAL123請(qǐng)求改變無(wú)線電頻率，但此時(shí)JAL123已墜毀。
——事發(fā)時(shí)客艙內(nèi)的情況
巨響之后，客艙內(nèi)的氧氣面罩直接落下，并開(kāi)始播放預(yù)先錄制的通知。根據(jù)提示，乘客們戴上氧氣面罩并系好安全帶。根據(jù)幸存者的證言，客艙內(nèi)沒(méi)有混亂，非常平靜。帶小孩的乘客根據(jù)提示為孩子戴好氧氣面罩。
由于自意外發(fā)生到墜毀間有達(dá)半小時(shí)以上的時(shí)間，部分乘客在機(jī)上寫(xiě)下了遺書(shū)（并有乘客以相機(jī)拍下了當(dāng)時(shí)機(jī)艙內(nèi)的情景），這些遺物都在搜救過(guò)程中被發(fā)現(xiàn)。