找新方向真的路漫漫其修遠(yuǎn)兮啊，小云已經(jīng)在CNS文獻(xiàn)的海洋中遨游的暈頭轉(zhuǎn)向了（ps：我好難····偷偷吐槽下老板的輪番push）。

幸虧還是有點(diǎn)收獲的，要不小云可真的“蚌埠住了”····

這次發(fā)現(xiàn)的點(diǎn)是“三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)”，來自于2022年1月發(fā)表的1篇Science文章

? 初次看到這個(gè)文章，小云猜測(cè)大家可能會(huì)想問幾個(gè)問題~ ~（ps：小云先預(yù)判一波）

1.什么是“三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)”？

三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu) (TLS) 是在非淋巴組織中形成的免疫細(xì)胞的有組織聚集體。TLS 的結(jié)構(gòu)和發(fā)育與淋巴結(jié)非常相似，成熟的 TLS 由 T 細(xì)胞區(qū)和 B 細(xì)胞區(qū)組成，包含生發(fā)中心 (GC) 并被 T 細(xì)胞區(qū)包圍。

2. “三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)”方向可以在哪些疾病中應(yīng)用？

TLSs 不在生理?xiàng)l件下發(fā)現(xiàn)，而是在慢性炎癥的背景下出現(xiàn)，例如在自身免疫性疾病、慢性感染和癌癥。

3. “三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)”為什么可以作為潛在生信熱點(diǎn)？

腫瘤中 TLS 的存在與免疫治療后更好的預(yù)后和臨床結(jié)果相關(guān)，可能成為有吸引力的治療靶點(diǎn)。但目前，TLS 的檢測(cè)和量化仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)（多為組織病理學(xué)檢測(cè)）。近期Nature的1篇文章在黑色素瘤中獲得了9 個(gè)基因組成的TLS相關(guān)基因特征（PMID: 31942071），給后續(xù)生信分析帶來了便利。

4. 這個(gè)方向的發(fā)文空間如何？

目前僅有的幾篇TLS生信文章，多聚焦于腫瘤，發(fā)文空間巨大，很多研究者還未察覺到這個(gè)方向，目前已有TLS的基因集合，可以直接用于生信分析。

小云公眾號(hào)持續(xù)為大家?guī)碜钚律潘悸罚枰獜?fù)現(xiàn)或定制分析思路的朋友歡迎call小云，風(fēng)里雨里小云公眾號(hào)等你！

下面也給大家展示1篇5分+的TLS生信文章實(shí)踐一下，看看思路吧

發(fā)表時(shí)間：2022年7月

發(fā)表雜志：Frontiers in oncology

影響因子：IF=5.738

文章題目：肺腺癌患者三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)基因特征的預(yù)后意義

公眾號(hào)回復(fù)“123”獲取原文

數(shù)據(jù)來源

主要結(jié)果

1. LUAD 患者 TLS 簽名與 OS 和 PFI 的相關(guān)性

首先比較分析了 LUAD 腫瘤組織和相應(yīng)正常組織之間 TLS 特征中九個(gè)基因的表達(dá)，除CD1D外，所有9個(gè)基因的表達(dá)均存在顯著差異。根據(jù)表達(dá)模式，LUAD 患者分為 TLS 特征高組和 TLS 特征低組，進(jìn)行KM生存分析，并Cox 比例風(fēng)險(xiǎn)回歸模型進(jìn)行了單變量和多變量分析，以評(píng)估 TLS 特征和其他臨床病理因素對(duì)患者生存的影響。

2. TLS特征與免疫微環(huán)境的關(guān)系

使用單樣本基因集富集分析 (ssGSEA)確定腫瘤微環(huán)境中 28 種免疫細(xì)胞的比例，以評(píng)估TLS 特征高和低組之間免疫細(xì)胞亞群的差異。隨后分析了TLS特征與癌癥免疫周期 (CIC) 特征和免疫檢查點(diǎn)基因的關(guān)系。

3. TLS 特征與 TMB 的關(guān)系

分析TLS 特征與 TMB 之間的相關(guān)性，根據(jù) TMB 水平（以中值作為截止值）和 TLS 簽名水平將患者分為四組（TLS_High&TMB_High、TLS_High&TMB_Low、TLS_Low&TMB_High 和 TLS_Low&TMB_Low），進(jìn)行KM生存分析，并比較四組之間 CD274 和 CD8 的表達(dá)差異。

4. TLS 特征與驅(qū)動(dòng)基因突變的關(guān)系

比較兩個(gè) TLS 特征組之間每個(gè)驅(qū)動(dòng)基因的突變頻率差異，并檢查了驅(qū)動(dòng)基因的突變狀態(tài)與患者的 OS 或 PFI 之間的關(guān)系。

5. 驗(yàn)證 TLS 特征對(duì) LUAD 患者的預(yù)測(cè)效果

將GSE37745數(shù)據(jù)集中患者根據(jù)表達(dá)模式分為 TLS 特征高組和 TLS 特征低組，進(jìn)行KM生存分析，進(jìn)一步驗(yàn)證了 TLS 特征對(duì) LUAD 患者的預(yù)測(cè)效果。

文章小結(jié)

文章僅針對(duì)現(xiàn)有的TLS特征進(jìn)行表征并與免疫微環(huán)境、突變等進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，思路相當(dāng)簡(jiǎn)單，分析手段也很基礎(chǔ)常規(guī)，如果是常規(guī)生信方向（直接分析差異基因）這樣分析下來基本2分左右，現(xiàn)在只是利用了TLS特征，文章就直接發(fā)了5分+，所以說選擇一個(gè)創(chuàng)新方向是關(guān)鍵。

做TLS生信分析的一個(gè)關(guān)鍵步驟就是獲得“TLS相關(guān)基因集合”，現(xiàn)在已經(jīng)拿到這個(gè)集合，換個(gè)疾病反手就是一篇新的文章！蹭Science的熱點(diǎn)，發(fā)自己的文章，目前“TLS”這個(gè)方向的生信文章并不多，正是發(fā)文好時(shí)機(jī)，把握住喲~

想復(fù)現(xiàn)這種思路或者定制更多創(chuàng)新性思路歡迎直接call小云，不知道自己關(guān)注疾病能不能做晝夜節(jié)律方向或者其他熱點(diǎn)方向也可以找小云，云生信團(tuán)隊(duì)竭誠(chéng)為您的科研助力！