在蛋白質(zhì)組學(xué)如火如荼的今天，許多科研工作者在進(jìn)行涉及到蛋白質(zhì)組學(xué)的研究成果的投稿時，編輯一般會要求作者在第三方平臺上提交蛋白組學(xué)的原始數(shù)據(jù)（“Public availability of data”）。?因此客戶寶寶問題就來了：怎么上傳原始數(shù)據(jù)，上傳到哪個數(shù)據(jù)庫，都需要上傳哪些數(shù)據(jù)？今天小編就給大家介紹一下原始數(shù)據(jù)上傳的那些事。

原始數(shù)據(jù)上傳到哪？

ProteomeXchange(簡稱PX)，是應(yīng)用較為廣泛的蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜數(shù)據(jù)存儲平臺（http://www.proteomexchange.org），旗下包括了PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST等平臺，研究者可以根據(jù)需要選擇通過ProteomeXchange客戶端直接上傳原始數(shù)據(jù)或通過旗下平臺進(jìn)行上傳。其中iProX是國內(nèi)的上傳蛋白質(zhì)學(xué)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的存儲平臺（http://www.iprox.org），因服務(wù)器在國內(nèi)，數(shù)據(jù)上傳的速度相對較快，國內(nèi)研究者可以選擇該平臺進(jìn)行數(shù)據(jù)提交。

上傳的原始數(shù)據(jù)包含哪些內(nèi)容?

上傳的數(shù)據(jù)集（dataset）一般包括搜索的結(jié)果文件、原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)（Raw data）、實驗信息。其中搜索的結(jié)果文件為Peptide / protein identification files肽段蛋白質(zhì)鑒定文件，稱為“RESULTS”；原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)為mass spectrometer output files質(zhì)譜輸出文件，稱為“RAW”，既可以是儀器直接輸出的raw文件，也可以是高度加工過的XML標(biāo)準(zhǔn)形式（mzXML或mzML）文件。另外還需要上傳一些其它參數(shù)文件，包括peaklist files文件（稱為“PEAK”），search engine output files文件（稱為“SEARCH”，是Partial submissions提交時所必須的），quantification files定量文件及其他的后加工的文件等。

數(shù)據(jù)提交的模式怎樣選擇？

IProX提供2種數(shù)據(jù)提交的方式：一種是依賴于搜索結(jié)果文件mzIdentML or PRIDE XML的完整提交方式complete submission（也稱 “supported”），對數(shù)據(jù)的格式有要求，適合部分?jǐn)?shù)據(jù)；另一種是部分提交方式partial submission（也稱“unsupported”），雖然這種模式會明顯降低數(shù)據(jù)的可見度和重復(fù)利用度，但因PRIDE訪問權(quán)限問題及數(shù)據(jù)分析軟件查庫結(jié)果格式等影響，partial submission為實際數(shù)據(jù)上傳過程中更經(jīng)常用到的模式，適合所有數(shù)據(jù)的上傳。

數(shù)據(jù)上傳步驟說明

步驟一：注冊賬號和登錄

進(jìn)入官網(wǎng)https://www.iprox.org/，點擊右上角的注冊按鈕，填寫所需的賬號名稱、密碼、用戶單位和郵箱等信息，完成后，iProX系統(tǒng)將給用戶填寫的郵箱發(fā)送確認(rèn)郵件，點擊確認(rèn)鏈接激活后，即可以使用注冊的用戶名（UserName）和密碼（Password）登陸系統(tǒng)。

完成注冊后，點擊首頁“登錄”鍵進(jìn)入登錄頁面（圖2），使用注冊時填寫的用戶名和密碼，并輸入頁面顯示的驗證碼即可登錄。

步驟二:創(chuàng)建新項目

iProX提交系統(tǒng)以項目為數(shù)據(jù)管理單位的（相當(dāng)于一次完整的實驗研究），一個項目下可以有多個子項目（多次實驗結(jié)果）?？梢哉J(rèn)為一個子項目為一個項目下面的一次實驗；如果沒有重復(fù)/對照等不同類型的實驗，一個項目下面可以只有一個子項目。

添加新項目的步驟如圖3所示。登錄系統(tǒng)后，用戶可以直接通過首頁上方“Project -> New Project”的方式創(chuàng)建新項目。

接著填寫創(chuàng)建項目所需的信息，頁面中有 “*”標(biāo)記的為必填項，其他內(nèi)容為選填項。填寫完信息后點“Continue”保存當(dāng)前填寫信息進(jìn)入下一步。

步驟三:創(chuàng)建子項目

子項目中大量實驗元信息需要通過標(biāo)準(zhǔn)的控制詞匯表（CV，Control Vocabulary）進(jìn)行填寫，包括Species、Tissue、Cell type等，點擊“Choose”鍵，在填出的控制詞匯表窗口進(jìn)行條目選擇，可以通過常用列表選擇條目或者搜索條目進(jìn)行填寫。

步驟四：上傳數(shù)據(jù)文件

iProX系統(tǒng)中數(shù)據(jù)文件在子項目下面上 傳。 完成子項目信息頁面填寫后點擊頁面下方的Continue進(jìn)入上傳文件頁面 。 iProX提供兩種上傳文件的方式： 通過網(wǎng)頁直接上傳（Upload by Browse），適合少量并且較小的文件（網(wǎng)頁上傳文件大小不能超過4Gb）； 通過Aspera插件上傳（upload by Aspera），適合大量較大的文件（不受文件大小和數(shù)量的限制）。

選擇好提交數(shù)據(jù)的方式（Complete submission/Partial submission）和上傳文件方式（Browse/Aspera）后，點擊“Add file”選擇本地要上傳的數(shù)據(jù)文件，可以同時選擇多個文件；系統(tǒng)會根據(jù)文件名后綴自動判斷文件類型，對判斷不正確的文件類型，可以點擊文件后面的下拉菜單進(jìn)行修改，可為每個文件添加其一個多個關(guān)聯(lián)的文件。完成上述操作后請點擊“Start upload”進(jìn)行文件上傳，文件上傳完成后頁面上會出現(xiàn)提示，然后可以點擊“Continue”進(jìn)入提交頁面。

步驟五：提交項目和子項目

點擊下方“submit”鍵后項目（包括子項目）將提交給iProX數(shù)據(jù)管理員進(jìn)行發(fā)布前審核，審核通過后提交者郵箱和站內(nèi)信將收到相應(yīng)通知，此時用戶上傳的數(shù)據(jù)文件正式完成提交。審核通過后，就可以獲得IProX編號。

至此，蛋白質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)上傳工作就圓滿完成了，是不是沒有想象中的難 ~

數(shù)據(jù)集的引用

原始數(shù)據(jù)上傳完成后，可以在文章致謝后的"Data Availability"中或者其他位置寫明數(shù)據(jù)集的訪問信息(URL, project ID)，保密的數(shù)據(jù)集需在郵件里告知編審數(shù)據(jù)訪問的賬號和密碼。

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