首先需要安裝一些數(shù)據(jù)庫代碼如下（使用sudo需要輸入虛擬機密碼，輸入密碼是不會顯示，輸入完成后enter即可）：

sudo apt install cmake

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

sudo apt-get install python3-numpy

sudo apt install python3-pip

sudo pip install networkx==2.3

sudo apt-get install fftw3 fftw3-dev pkg-config

然后是安裝gromacs依賴的fftw庫代碼如下：

wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz

tar xzvf fftw-3.3.8.tar.gz

cd fftw-3.3.8

./configure --prefix=/XXX/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared

（其中XXX需改為自己虛擬機的名稱）

sudo make install

接下來是安裝gromacs2018.8的代碼

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2018.8.tar.gz

tar xzvf gromacs-2018.8.tar.gz

cd gromacs-2018.8

mkdir build

cd build

sudo cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/xxx/gmx2018.8 -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF

（這兩行為一個代碼，其中XXX需改為自己虛擬機的名稱）

sudo make install

source /home/xxx/gmx2018.8/bin/GMXRC

（其中XXX需改為自己虛擬機的名稱）

此時已在這個文件下安裝了gromacs，可輸入gmx查看gromacs的版本。

接下來需要將gromacs安裝到系統(tǒng)環(huán)境中

gedit ~/.bashrc

在打開的文件的末尾加入一下內(nèi)容并保存退出

export PATH="/home/xxx/gmx2018.8/bin:$PATH"

（其中XXX需改為自己虛擬機的名稱）

source ~/.bashrc

至此gromacs2018.8就安裝好了，可輸入gmx查看相應(yīng)信息（如下圖即為安裝成功）