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（56線程，256G內(nèi)存，個(gè)人存儲(chǔ)1T）

• 計(jì)算免疫細(xì)胞相對含量是一種評(píng)估免疫系統(tǒng)狀態(tài)和疾病診斷的常用方法。在研究中，通過測量某些免疫細(xì)胞的相對含量，可以幫助了解機(jī)體對疾病和治療的免疫反應(yīng)，甚至預(yù)測疾病的進(jìn)展和預(yù)后。同時(shí)，這些數(shù)據(jù)也可以用于評(píng)估新型治療方法的療效，以及指導(dǎo)臨床治療策略的制定?？梢允褂脁Cell計(jì)算每個(gè)細(xì)胞類型的百分比，需要我們有一定的代碼基礎(chǔ)，有時(shí)候數(shù)據(jù)要的急，根本來不及學(xué)怎么辦？

別著急，有了小果，只需要準(zhǔn)備好數(shù)據(jù)就可以了。

要準(zhǔn)備好的數(shù)據(jù)應(yīng)該包括：

1、-Eset表示基因表達(dá)矩陣文件，以基因?yàn)樾?，樣本為列，保存?csv 文件；

2、-case 表示疾病組分組名稱，字符型，注意要和 group_file 中保持一致，例如"septic_shock"；

3、-control 表示對照組分組名稱，字符型，注意要和 group_file 中保持一致，例如"healthy"；

4、-group_file 表示樣本表型信息，包含兩列，第一列為樣本名稱，順序必須和基因表達(dá)矩陣的樣本一致，第二列為對應(yīng)的表型分組，并且表頭設(shè)置為”group”；

5、-cell_type 表示各個(gè)免疫細(xì)胞所屬的細(xì)胞亞群，共三列，第一列為細(xì)胞全稱，第二列為細(xì)胞縮寫，名字和 xCell 中內(nèi)置的一致，第二列為細(xì)胞所屬的亞群名稱，該文件為固定文件，程序運(yùn)行只需要將該文件拷貝過去，直接進(jìn)行利用，不需要自己制作。

讓我們一起看看結(jié)果如何吧：

1、各個(gè)免疫細(xì)胞在各個(gè)樣本中的相對浸潤豐度熱圖。最上邊不同顏色橫條表示不同表 型的樣本，最左邊不同顏色表示不同細(xì)胞亞群，圖中的顏色從綠到黃紅表示細(xì)胞含量從低到 高

2、Epithelial 細(xì)胞亞群中各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖。不同 顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性 p.value

3、HSC 細(xì)胞亞群中各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖。不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性 p.value

4、Lymphoid 細(xì)胞亞群中各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖。不同 顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性 p.value。

5、64 種免疫細(xì)胞在各個(gè)樣本中的相對含量。

6、Stroma 細(xì)胞亞群中各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖.不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性 p.value 值 。

7、六個(gè)表格文件，分別表示 6 個(gè)細(xì)胞亞群中的各個(gè)細(xì)胞在兩種表型中的含量經(jīng)過顯著性檢驗(yàn)后 的 p.value 值（下圖為Epithelial）

以上就是全部結(jié)果的展示了，怎么樣，是不是心動(dòng)了呢？

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計(jì)算64種免疫細(xì)胞相對含量及可視化：www.biocloudservice.com/107/107.php

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