蛋白互作網(wǎng)絡(luò)是由蛋白質(zhì)相互作用所構(gòu)成的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。網(wǎng)絡(luò)拓撲結(jié)構(gòu)分析是對蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點和邊的特征進行分析，以揭示網(wǎng)絡(luò)的基本特性和功能模式。

常用的網(wǎng)絡(luò)拓撲結(jié)構(gòu)分析方法包括度分布分析、聚類系數(shù)分析、介數(shù)中心性分析、網(wǎng)絡(luò)中心性分析等。其中度分布分析可以揭示網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點的連接情況，聚類系數(shù)分析可以揭示網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點的聚集程度，介數(shù)中心性分析可以揭示網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點在信息傳遞中的重要性，網(wǎng)絡(luò)中心性分析可以揭示網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點的重要性和影響力。

通過網(wǎng)絡(luò)拓撲結(jié)構(gòu)分析，可以深入了解蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的特性和功能，為進一步研究蛋白質(zhì)相互作用提供重要參考。

今天，小云手把手教學(xué)，三分鐘帶你學(xué)會igraph包，導(dǎo)師再也不用擔心你不會做ppi下游分析啦！

數(shù)據(jù)準備

要進行網(wǎng)絡(luò)拓撲性質(zhì)分析，首先要構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)。常用的構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的方式有使用cytoscape、string。小果今天介紹的igraph包，也可以幫助我們構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)。首先，我們需要準備蛋白互作的數(shù)據(jù)，即互作的蛋白對。小果選用了人類18210個蛋白產(chǎn)生的431696互作數(shù)據(jù)（小果將初試蛋白對數(shù)據(jù)命名為protein_pair_label.csv文件，大家也可以在hippie數(shù)據(jù)庫中直接下載，hippie數(shù)據(jù)庫是ppi數(shù)據(jù)庫之一）

Igrpah包實戰(zhàn)，構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

Install.packages(“igraph”) ??#下載igraph包

library(“igraph”) ???????????#導(dǎo)入igraph包

human<-read.csv(file.choose()) ?#導(dǎo)入數(shù)據(jù)

human<-human[,c(2,3)] ?#數(shù)據(jù)格式處理，只保留互作的兩列蛋白

HumanPro<-graph.data.frame(human, directed=FALSE)

summary(HumanPro)

建立的人類蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中含有18210個節(jié)點，431696條邊，為無向圖

plot(HumanPro) 可以展示蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)圖，由于小果選用的蛋白對太多，網(wǎng)絡(luò)圖十分復(fù)雜。

如果大家想要更加精美的網(wǎng)絡(luò)圖，小果之前有發(fā)過cytoscape的內(nèi)容哦！

Igraph實戰(zhàn)，度分析、介度分析’

Degr<-degree(HumanPro)?

write.table(Degr,"D:\\sj\\Degree.txt")??#將計算出的度保存在文件Degree.txt中。

簡單地畫一下網(wǎng)絡(luò)的度分布圖：

DegrDis<-degree.distribution(HumanPro)
plot(DegrDis)

網(wǎng)絡(luò)的介度計算也是同理：

Betw<-betweenness(HumanPro,directed=FALSE,normalized=TURE, normalized=T)

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以上就是今天的內(nèi)容啦，如果本期內(nèi)容對你有用，幫忙三連啦！