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海德拉蟲群艦隊（Hive Fleet Hydra）是一支較小的蟲群艦隊，他們跟在利維坦蟲群艦隊（Hive Fleet Leviathan）的后面，搜尋并吞噬一些被它前面的蜂群艦隊丟下來的碎片。雖然這里是用較小的蟲群艦隊來形容它，但它仍能夠釋放出足夠壓倒一切的蟲族戰(zhàn)士們。這支蟲群艦隊的繁殖和再生能力驚人。首先出現(xiàn)在銀河系東部和南部的這只蟲群艦隊在處在冬眠中向著銀河系內漂流時被一些黑暗靈族族人提前喚醒，他們登上了這只蟲群艦隊的幾艘生物飛船試圖尋找一些基因樣本，然而他們對這支蟲群艦隊的覺醒速度毫無預防和準備，因此這些黑暗靈族族人自然是被快速地吞食了，而被喚醒的海德拉蟲群艦隊（Hive Fleet Hydra）加速沖入銀河系準備吞食它面前的一切來緩解自己的饑餓感。

這只蟲群艦隊的攻擊方式是在臨近大氣層時撒下數(shù)量眾多包含處于休眠狀態(tài)的刀蟲和和槍蟲的孢子群（spore clusters）。被打死的蟲族生物體都會釋放出突觸脈沖（synaptic pulse）令更多的孢子群放出它們內含的蟲子們。而這個蜂群艦隊很喜歡突入一個被另一支蟲群艦隊進攻過的地區(qū)，攻擊吞噬那些剛剛打退前一支蟲群艦隊的幸存者和剩余的蟲族尸體，隨后再次消失。這種吞噬其他蟲群艦隊的殘骸的原因未知，但這種形式可能是這支蟲群艦隊快速繁殖和再生的關鍵所在。人類帝國的異形研究者凡.扎得赫（Van-Zendrech）在觀察這支蟲群艦隊的獨特的攻擊方式之后提出了（快速繁殖和再生的關鍵是吞噬其他的蟲群艦隊的尸體）這個假設。

另外幾個和這支蟲群艦隊有關的事：

白疤的一些戰(zhàn)士們曾在41千年的未知時間碰到過這支蟲群艦隊，他們明白針對異形軍隊的最適當?shù)姆绞绞菙厥?。然而在這支蟲群艦隊的蟲子死亡的時候會發(fā)出心靈尖嘯（Psychic scream），更多的蟲子就會出現(xiàn)，而這群白疤就在越來越多的蟲群中被包圍了。他們死在了這個名為哈德克（ Haadekh）的世界，但他們的死引導了海德拉蟲群艦隊離開哈德克（ Haadekh）世界上的城市，使得帝國關鍵人員能夠撤離。

另一場戰(zhàn)爭就是在西瓦爾·戴厄斯將軍（ Lord General Syvar Daeus）花了數(shù)月的時間將一支利維坦蟲群艦隊的卷須引開，因此帝國決定舉行一場慶祝典禮來紀念他。而當戴厄斯將軍的軍隊走入紀念那些倒下的英雄的廣場時，天空被陰影籠罩，圍觀者和戴厄斯將軍的軍隊看到了令他們難以忘懷的一幕： 數(shù)不清的孢子群遮蔽了天空。海德拉蟲群艦隊（Hive Fleet Hydra）的陰影甚至擋住了這個科瑞蘭納斯（Corilanus）星系的兩顆恒星的光芒。

最后的一場戰(zhàn)爭是在帝國的農(nóng)業(yè)世界瑪士撒拉克斯（Methuselax），海德拉蟲群艦隊襲擊了這個世界。為了防止他們涌入在那附近的網(wǎng)道大門，丑角和薩姆罕方舟世界的軍隊還有巫靈教（ Wych cult）的一些黑暗靈族的邪教分子一同前往鏟除這個威脅。他們的數(shù)量太多以至于靈族軍隊無從下腳只能從空中襲擊海德拉蟲群艦隊（Hive Fleet Hydra）的軍隊。這還是讓他們損失相當慘重，但這些靈族還是給了這支蟲群艦隊足夠的壓力讓蟲巢意志認為這里的生物質消耗太大，因此海德拉蟲群艦隊就撤走了。靈族的拼死進攻換來了網(wǎng)道大門的安全。