翻譯后修飾?(PTM)?是在各種生物體內(nèi)時間和空間上調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)功能的關(guān)鍵分子機制。由于大多數(shù)PTM是動態(tài)調(diào)節(jié)的，因此量化不同狀態(tài)下的PTM對于理解生物學過程和疾病發(fā)生至關(guān)重要。

今天小編給大家推薦一個超級實用的翻譯后修飾數(shù)據(jù)庫qPTM(http://qptm.omicsbio.info)，由中山大學腫瘤防治中心劉澤先教授團隊收集并整合了4種模式生物的6種翻譯后修飾類型，包括磷酸化、乙?；?、糖基化、甲基化、SUMO化以及泛素化。為您的蛋白翻譯后修飾研究添磚加瓦，趕緊跟著小編來看一看吧~

01?數(shù)據(jù)收集與數(shù)據(jù)庫建設(shè)

通過檢索與PTM蛋白質(zhì)組學相關(guān)的關(guān)鍵詞對在PubMed上已發(fā)表的文獻進行文本挖掘，所有匹配的文獻還會進一步手動過濾，基于模式生物中修飾組學研究的高覆蓋率，將人、小鼠、大鼠和酵母的6種PTM定量數(shù)據(jù)集納入qPTM數(shù)據(jù)庫。當前的版本已收集了40 728種蛋白質(zhì)的660 030個PTM位點的11 482 553個定量結(jié)果。此外作者還使用各種外部數(shù)據(jù)庫包括?UniProt、ExPaSy、dbPAF、PLMD、PTMD和DrugBank對定量PTM位點進行了注釋。

02?如何檢索目的蛋白的翻譯后修飾

進入主頁后輸入目的蛋白相關(guān)信息，從All organisms下拉菜單中選擇對應物種，在Any Field的下拉菜單中選擇基因名或蛋白名等，在All modifications下拉菜單中可以選擇不同的修飾類型。

以ARPE-19檢索結(jié)果為例，選擇所有物種，所有修飾類型，顯示得到12128個條目。還可以按照樣品條件Condition，樣品名稱Sample，修飾類型Modification進一步篩選，得到的結(jié)果從左至右依次為：蛋白UniProt號，基因名，修飾發(fā)生的位點，修飾類型，肽段序列，樣品名字，樣品條件，兩種樣本條件下修飾比較比值的log2值，P?值以及位點可靠性評分（圖3A）。通過點擊每條結(jié)果“+”號查看詳細信息，有關(guān)實驗（圖3B）包括參考文獻、實驗條件、樣品類型等；其中還增加了時間過程和濃度梯度條件下定量結(jié)果的可視化趨勢線（圖3F），研究人員可以更多地關(guān)注定量趨勢的動態(tài)變化而不是單個的時間點或濃度；UniProt數(shù)據(jù)庫中蛋白相關(guān)信息（圖3C）；由DrugBank注釋的激酶抑制劑顯示在“潛在的激酶和抑制劑”(圖3D)；部分蛋白序列和結(jié)構(gòu)特性在“序列和結(jié)構(gòu)”被可視化（圖3E），將鼠標停在某一個位點，便會顯示該位點相關(guān)信息和修飾信息。

03?頁面瀏覽及高級檢索功能

?為了幫助用戶快速找到感興趣的PTM動態(tài)數(shù)據(jù)，點擊Browse瀏覽，可以首先選擇一個感興趣的物種，首先是三種瀏覽選項包括基因、條件和樣本的可視化的PTM條形圖摘要（圖4A），通過單擊瀏覽選項列表中的一個選項，還可以根據(jù)Gene，Condition和Sample的首字母進行篩選和查找（圖4B、C、D）。

此外，Search搜索頁面提供了高級搜索功能（圖4E），可以通過不同的指定區(qū)域提交多達10個關(guān)鍵詞并用“和”、“或”和“不”三種選項相結(jié)合，大大縮小了搜索結(jié)果范圍，可以更迅速且準確地查詢PTM數(shù)據(jù)。qPTM數(shù)據(jù)庫可以作為一個系統(tǒng)地、便捷地訪問蛋白翻譯后修飾的數(shù)據(jù)平臺。而且qPTM數(shù)據(jù)庫將定期跟蹤定量動態(tài)PTM的進展并進行更新。所以如果您已經(jīng)鎖定了相關(guān)目標信息，不妨用qPTM看看都會有哪些修飾發(fā)生，為您的科研提供新的思路~