題目：

The low expression of NUP62CL indicates good prognosis and high level of immune infiltration in lung adenocarcinoma

摘要：肺腺癌 (LUAD) 是腫瘤發(fā)病率和死亡率的主要因素，已知是肺癌的主要亞型，在所有其他癌癥中存活率最低。使用癌癥基因組圖譜 (TCGA) 數(shù)據(jù)庫探索了免疫浸潤(rùn)與 NUP62CL 之間的關(guān)系，并檢查了 NUP62CL 表達(dá)在預(yù)后和診斷 LUAD 中的價(jià)值。使用邏輯回歸和 Wilcoxon 符號(hào)秩檢驗(yàn)分析了 NUP62CL 與臨床病理特征之間的關(guān)系。臨床分期 (?p??= 0.005)、N (?p?= 0.004)，以及 NUP62CL 的表達(dá)減少。顯示具有高 NUP62CL 表達(dá)的 LUAD 的預(yù)后比具有低 NUP62CL 表達(dá)的更差（p?< 0.001) 通過 Kaplan-Meier 生存分析。多變量和單變量 Cox 回歸模型的分析表明 NUP62CL 有可能成為 LUAD 預(yù)后的重要因素。在 LUAD 中，基因集富集分析 (GSEA) 提出了端粒重組和維持作為 NUP62CL 重要途徑的關(guān)鍵作用。為了分析基因與腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞之間的相關(guān)性，使用了 CIBERSORT。此外，CIBERSORT 顯示腫瘤浸潤(rùn) B 淋巴細(xì)胞和記憶 CD4+ T 細(xì)胞的浸潤(rùn)水平與 LUAD 中 NUP62CL 表達(dá)呈正相關(guān)。因此，NUP62CL 可能是 LUAD 的一個(gè)新的有價(jià)值的預(yù)后指標(biāo)。

?結(jié)果

與臨床病理變量和 NUP62CL 表達(dá)的關(guān)聯(lián)

評(píng)估了來自 TCGA 的所有患者特征的 NUP62CL 表達(dá)數(shù)據(jù)。數(shù)字?1個(gè)表明 NUP62CL 表達(dá)減少與臨床分期 (?p??= 0.005) 和 N (?p??= 0.004) 顯著相關(guān)。根據(jù)邏輯回歸分析，NUP62CL 表達(dá)降低與性別 (OR=0.66,?p??= 0.019)、臨床分期 (OR = 0.30,?p??= 0.009, IV vs. I)、T (OR = 0.50,?p??= 0.041，3 對(duì) 1），N（OR = 0.49，p??= 0.007，3 對(duì) 0）和 M（OR = 0.37，p??= 0.029，1 對(duì) 0）（表?2個(gè)).?因此，相對(duì)于低表達(dá)組，具有高 NUP62CL 表達(dá)的 LUAD 更有可能進(jìn)展到晚期并遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移。

?NUP62CL的生存分析和多變量分析

通過 Kaplan-Meier 生存分析， NUP62CL 低表達(dá)的預(yù)后優(yōu)于 NUP62CL 高表達(dá)的預(yù)后 (?p??< 0.001)，如圖所示?2A.?單變量分析表明，NUP62CL 的高表達(dá)與 LUAD 患者的低 OS 有顯著關(guān)系。其他臨床病理變量，包括分期、T、N，也與 LUAD 患者的低生存率相關(guān)。多變量分析證明了 NUP62CL 是 LUAD 的獨(dú)立預(yù)后因素的可能性

?GSEA 的 NUP62CL 鏈接信號(hào)通路的鑒定

對(duì) NUP62CL 的高表達(dá)和低表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行基因集富集分析 (GSEA)，以確定在肺腺癌中激活的重要信號(hào)通路。桌子?4個(gè)?顯示GSEA 提供的 MSigDB 集合 (c5.all.v7.0.symbols.gmt) 的豐富內(nèi)容中顯著差異的詳細(xì)信息（FDR < 0.25，NOM?p < 0.05）。圖中顯示了 NUP62CL 中差異富集的高表達(dá)表型?3A作為，DNA 依賴性 DNA 復(fù)制保真度維持，g2 DNA 損傷檢查點(diǎn)，復(fù)制叉處理，通過重組維持端粒，DNA 損傷位點(diǎn)，雙鏈斷裂修復(fù)的正調(diào)節(jié)，有絲分裂重組，姐妹染色單體凝聚的調(diào)節(jié)，中心粒衛(wèi)星，有絲分裂g2m 轉(zhuǎn)換檢查點(diǎn)。

腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞與NUP62CL表達(dá)的關(guān)系

為了研究 NUP62CL 表達(dá)是否與肺腺癌中的免疫浸潤(rùn)相關(guān)，探索下載樣本的基因表達(dá)譜并推斷 22 種免疫細(xì)胞的密度，本研究部署了 CIBERSORT 資源?？偣?535 個(gè)腫瘤樣本根據(jù) NUP62CL 表達(dá)分為兩部分，268 個(gè)高表達(dá)樣本和 267 個(gè)低表達(dá)樣本。隨后，使用 CIBERSORT 估計(jì)了這些腫瘤樣本中 22 種免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的相對(duì)比例。這些免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的相對(duì)比例結(jié)果見圖?3B.?在高表達(dá)組中，B 細(xì)胞幼稚 (?p??= 0.021)、T 細(xì)胞 CD4+ 記憶激活 (?p??= 0.026) 和激活 (?p??< 0.001) 樹突細(xì)胞顯著增加。然而，觀察到巨噬細(xì)胞 M2 (?p??= 0.04) 和漿細(xì)胞 (?p??= 0.036) 在低表達(dá)組中顯著增加。此外，不同的腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞亞群呈現(xiàn)出弱到中度的相關(guān)性

驗(yàn)證分析

為了確定NUP62CL的預(yù)后是否可靠，我們使用GEO數(shù)據(jù)庫、GEPIA數(shù)據(jù)庫和HPA數(shù)據(jù)庫對(duì)NUP62CL進(jìn)行驗(yàn)證。GSE13213從 GEO 數(shù)據(jù)庫下載，包含 117 個(gè)樣本信息.?從數(shù)據(jù)分析中發(fā)現(xiàn)，LUAD 患者的高 OS 與 NUP62CL 的低表達(dá)有關(guān).?從GEPIA數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)，NUP62CL在腫瘤組織中的表達(dá)明顯高于正常組.?發(fā)現(xiàn)晚期病理階段和低 OS (?p??< 0.001) 與 NUP62CL 的高表達(dá)顯著相關(guān).?HPA 的免疫組織化學(xué)分析表明，腫瘤組織中 NUP62CL 表達(dá)的發(fā)生率高于正常組織