在上一集中，杰克奧特曼出現(xiàn)了史上最大的危機(jī)，面對強(qiáng)大的怪獸，杰克奧特曼到底能打贏嗎？很遺憾的是，由于杰克奧特曼能量消耗嚴(yán)重，最終失敗了。MAT的高層決定使用對付怪獸的秘密武器，但是代價(jià)是整個(gè)東京都會變成廢墟，整個(gè)城市都將陷入危機(jī)。MAT又會做出什么樣的決定呢？

兩大怪獸出現(xiàn)在城市中，為了救人，鄉(xiāng)秀樹獨(dú)自一人跑去迎戰(zhàn)，但是也不敵怪獸聯(lián)手。最終杰克奧特曼在夕陽下漸漸消失，變回了人間體，奧特曼被打敗了?？吹綂W特曼輸了的局面，MAT開始焦躁起來，特別是高層。

杰克奧特曼雖然輸了，但是拖住了怪獸，讓救援人員救出了被困在地底的人們，其中也包括坂田的妹妹。但是秋子卻受了重傷，鄉(xiāng)秀樹執(zhí)意要留下來照顧她，直到聽到了另一個(gè)讓人震驚的消息。

原來岸田長官為了消滅怪獸，不惜想要犧牲整個(gè)東京作為代價(jià)，使用對付怪獸的秘密武器，一種輕量型氫彈。雖然能夠消滅怪獸，但是卻要讓整個(gè)東京變成廢墟，因此開始疏散人群，并且要將秋子所在醫(yī)院全部轉(zhuǎn)移到很遠(yuǎn)的地方去。隊(duì)長：不行！

但是那樣的話，會讓很多類似秋子這樣嚴(yán)重的病人，無法轉(zhuǎn)移，只能等死。MAT堵上了最后的希望，想通過麻醉彈攻擊怪獸的眼睛，岸田長官一開始不同意，后來說了句如果失敗，就讓MAT就地解散才同意。

為了MAT的明天，為了人類的希望，隊(duì)員們拼死戰(zhàn)斗。鄉(xiāng)秀樹為了引開怪獸，獨(dú)自一人跑下車去。一路奔跑的他，看到了天空中閃著光，就這樣變成了杰克奧特曼，再次迎戰(zhàn)怪獸。

杰克奧特曼在和怪獸戰(zhàn)斗的時(shí)候，MAT隊(duì)員們也并沒有閑著，他們從側(cè)面在幫助奧特曼。而古墩和雙尾怪也在戰(zhàn)斗，這為奧特曼打敗他們提供了機(jī)會。

在這場混戰(zhàn)中，古墩消滅了雙尾怪，戰(zhàn)場留給了古墩和奧特曼，一個(gè)過肩摔奧特曼將怪獸狠狠摔在地上，使出了光線技能，消滅了怪獸。這場危機(jī)，總算是這么度過去了。