文獻晶體數(shù)據(jù)改進示例7(升空間群)
案例來源:Dyes Pigments?2022,?198, 109992.
DOI:10.1016/j.dyepig.2021.109992
CCDC:2123297
? ? ? ? ?
圖形用戶界面:Olex2[1](版本:Olex2-1.5)
精修程序:SHELXL[2](版本:SHELXL-2019/2)
CIF文件下載:CCDC[3]官網(wǎng)
? ? ? ? ?
根據(jù)CCDC號從CCDC官網(wǎng)下到2123297.cif文件,用Olex2打開并提取其hkl和res文件查看,如圖1所示,CIF文件中缺失大量信息,這些信息其實很容易獲得,但卻都缺失了。
? ? ? ? ?

? ? ? ? ?
由于信息的缺失,并且晶胞參數(shù)和空間群無法對應(yīng),導致該數(shù)據(jù)存在大量AB級警報,如圖2所示。

? ? ? ? ?
該數(shù)據(jù)Rint高達34.38%,再結(jié)合吸收校正信息的缺失,推測該數(shù)據(jù)可能沒有做吸收校正,如果做吸收校正的話,Rint值可能會有所下降。(示例:https://www.bilibili.com/video/BV1K34y1U74u)
? ? ? ? ?
對該數(shù)據(jù)進行升空間群操作,填入一些適當信息如晶體尺寸等,截斷分辨率,并進行適當精修,最終結(jié)果如圖3所示。

? ? ? ? ?
此時重新處理后的數(shù)據(jù)checkCIF報告如圖4所示。

? ? ? ? ?
視頻操作演示請參閱:https://www.bilibili.com/video/BV11u411T7ig
? ? ? ? ?
結(jié)語
晶體測試時的一些信息應(yīng)當及時記錄,如晶體尺寸,測定晶胞的相關(guān)信息等,保存相關(guān)文件,對數(shù)據(jù)進行適當?shù)奈招UY(jié)合checkCIF報告對相關(guān)問題進行有針對性的適當處理。
? ? ? ? ?
參考文獻
[1]?Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H.?OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst.?2009,?42, 339–341.
[2]?(a) Sheldrick, G. M.?SHELXL-2019/2,?Program for Crystal Structure Refinement, University of G?ttingen, Germany, 2019.?(b) Sheldrick, G. M. A short history of?SHELX.?Acta Cryst.?2008,?A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with?SHELXL.?Acta Cryst.?2015,?C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for?SHELXL?– model, implementation and application.?Acta Cryst.?2019,?A75, 50–62.
[3]?(a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising.?Acta Cryst.?2002,?B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising.?Acta Cryst.?2016,?B72, 171–179.