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文獻晶體數(shù)據(jù)改進示例7(升空間群)

2023-10-15 14:14 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

案例來源:Dyes Pigments?2022,?198, 109992.

DOI:10.1016/j.dyepig.2021.109992

CCDC:2123297

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圖形用戶界面:Olex2[1](版本:Olex2-1.5

精修程序:SHELXL[2](版本:SHELXL-2019/2

CIF文件下載:CCDC[3]官網(wǎng)

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根據(jù)CCDC號從CCDC官網(wǎng)下到2123297.cif文件,用Olex2打開并提取其hkl和res文件查看,如圖1所示,CIF文件中缺失大量信息,這些信息其實很容易獲得,但卻都缺失了。

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▲圖1 CCDC 2086398數(shù)據(jù)概覽


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由于信息的缺失,并且晶胞參數(shù)和空間群無法對應(yīng),導致該數(shù)據(jù)存在大量AB級警報,如圖2所示。

▲圖2 CCDC 2086398數(shù)據(jù)checkCIF報告


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該數(shù)據(jù)Rint高達34.38%,再結(jié)合吸收校正信息的缺失,推測該數(shù)據(jù)可能沒有做吸收校正,如果做吸收校正的話,Rint值可能會有所下降。(示例:https://www.bilibili.com/video/BV1K34y1U74u

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對該數(shù)據(jù)進行升空間群操作,填入一些適當信息如晶體尺寸等,截斷分辨率,并進行適當精修,最終結(jié)果如圖3所示。

▲圖3 CCDC 2086398重新處理結(jié)果


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此時重新處理后的數(shù)據(jù)checkCIF報告如圖4所示。

▲圖4 CCDC 2086398重新處理結(jié)果的checkCIF報告


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視頻操作演示請參閱:https://www.bilibili.com/video/BV11u411T7ig

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結(jié)語

晶體測試時的一些信息應(yīng)當及時記錄,如晶體尺寸,測定晶胞的相關(guān)信息等,保存相關(guān)文件,對數(shù)據(jù)進行適當?shù)奈招UY(jié)合checkCIF報告對相關(guān)問題進行有針對性的適當處理。

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參考文獻

[1]?Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H.?OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst.?2009,?42, 339–341.

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