1.獲取最新版本的C和C++編譯器。

2.檢查您是否擁有CMake 3.18.4或更高版本。

3.獲取并打開最新版本的GROMACS壓縮包。

4.制作一個單獨的構建目錄并更改為該目錄。

5.運行“cmake”，并將源路徑作為參數

6.運行“make”、“make check”和“make install”

7.來源“GMXRC”以訪問GROMACS

或者，作為要執(zhí)行的一系列命令：

? ?tar xfz gromacs-2023.1.tar.gz

? ?cd gromacs-2023.1

? ?mkdir build

? ?cd build

? ?cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

? ?make

? ?make check

? ?sudo make install

? ?source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

這將首先下載并構建先決條件FFT庫,其次是GROMACS。如果您已經安裝了FFTW，您可以將該參數刪除為“cmake”?？偟膩碚f，GROMACS的構建將在運行“cmake”的機器上保持正確和合理的速度。

在另一臺機器上，它可能無法運行，或者運行速度不快。如果你愿意要使用GROMACS獲得硬件的最大價值，您必須進一步閱讀。遺憾的是，硬件、庫和編譯器只會繼續(xù)變得更加復雜。

在期望用戶跨多個使用MPI的節(jié)點，進行與上述類似的安裝，以及另一個使用“-DMX_MPI=打開”。后者將安裝二進制文件和使用默認后綴“_mpi”即“gmx_mpi”命名的庫。因此將其安裝在同一位置是安全且常見的做法其中安裝了非MPI構建。

如上所述，下面還有更多細節(jié)，但您應該考慮使用以下具有適當值的CMake選項“xxx”的：

*“-DCMAKE_C_COMPILER=xxx”等于您使用的C99編譯器的名稱希望使用（或環(huán)境變量“CC”）

*“-DCMAKE_CXX_COMPILER=xxx”等于C++17編譯器的名稱您希望使用（或環(huán)境變量“CXX”）

*“-DMX_MPI=on”以使用MPI支持進行構建

*“-DGMX_GPU=CUDA”以在啟用NVIDIA CUDA支持的情況下構建。

*“-DGMX_GPU=OpenCL”以在啟用OpenCL支持的情況下構建。

*“-DGMX_GPU=SYCL”在啟用SYCL支持的情況下構建（使用Intel默認情況下為oneAPI DPC++）。

*“-DMX_SYCL_HIPSYCL=on”使用HIPSYCL使用SYCL支持構建（需要“-DMX_GPU=SYCL”）。

*“-DMX_SIMD=xxx”指定上節(jié)點的SIMD支持級別哪些GROMACS將運行

*“-DMX_DOUBLE=on”以雙倍精度構建GROMACS（較慢，和通常不有用）

*“-DCMAKE_PREFIX_PATH=xxx”為CMake添加非標準位置搜索庫、標頭或程序

*“-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=xxx”將GROMACS安裝到非標準位置（默認為“/usr/local/gromacs”）

*“-DBUILD_SHARED_LIBS=off”關閉共享的生成幫助進行靜態(tài)鏈接的庫

*“-DMX_FFT_LIBRARY=xxx”選擇是使用“fftw3”、“mkl”還是用于FFT支持的“fftpack”庫

*“-DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug”在調試模式下生成GROMACS