1、多長(zhǎng)的多肽為合適?

多肽合成需要考慮多肽的長(zhǎng)度，電荷，親疏水性等因素。長(zhǎng)度越長(zhǎng)，合成粗品的純度和產(chǎn)率都隨著 降低，純化的難度和無(wú)法合成的幾率就會(huì)大些。當(dāng)然多肽功能區(qū)的序列是無(wú)法改變的，但是為了多肽的順利合成，有時(shí)不得不在功能取的上下游增加一些輔助氨基酸，以改善多肽的溶解性和親疏水性。如果多肽太短，合成也可能有問(wèn)題，主要問(wèn)題是合成的多肽在后處理過(guò)程中有一定的難度，5肽以下的多肽，一般要有疏水的氨基酸，否則后處理難度加大。15個(gè)氨基酸殘基以下的多肽一般都可以得到滿(mǎn)意的產(chǎn)率和得率。

(1) 多肽中如果含有高比例的疏水性很強(qiáng)的氨基酸如和Leu,Val,IIe,Met,Phe和Trp，多肽很難溶解與水性溶液中或根本不可能溶解。這些氨基酸無(wú)論是純化或合成，都有可能有問(wèn)題。

(2) 一般情況下疏水性氨基酸的比例<50%，不能連續(xù)5個(gè)連續(xù)aa為疏水性，帶電荷的氨基酸的(正電荷K,R,H,N-terminus,負(fù)電荷D,E,C- terminus)的比例達(dá)到20%，在多肽的N或C段如果能增加極性氨基酸，也可以改善溶解性。

3、為什么含有Cys,Met,或Trp的多肽難合成?

含有Cys,Met，或Trp的多肽難以合成，同時(shí)難以獲得高純度的產(chǎn)品。主要因?yàn)檫@些基團(tuán)不穩(wěn)定，易氧化。這些多肽的使用和儲(chǔ)存都需要特別注意，避免反復(fù)開(kāi)啟蓋子。

4、為什么有些多肽的合成產(chǎn)率或純度會(huì)比較低?

多肽合成與引子合成有比較大的區(qū)別，不能合成的引子很少，但是不能合成的多肽經(jīng)常有。如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr這些氨基酸比鄰或重復(fù)時(shí)，多肽鏈在合成過(guò)程中不能完全舒展溶解，合成效率下降。以下幾種情形，合成效率和產(chǎn)物的純度都比較低，如：重復(fù)Pro,Ser-Ser，重復(fù)Asp，4個(gè)連續(xù)Gly等。

5、做免疫用的多肽多長(zhǎng)為合適?

一般約10-15個(gè)氨基酸，當(dāng)然長(zhǎng)一些免疫效果好一些，不過(guò)合成費(fèi)用也會(huì)增加。MAP多肽則希望長(zhǎng)度在15aa以上，效果較好。另外，10aa以下的多肽免疫效果比較差。