大家好，歡迎觀看《時(shí)空日報(bào)》第39期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)7篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示呼吸系統(tǒng)研究中的最新進(jìn)展和見解

Spatial transcriptomics: recent developments and insights in respiratory research

Military Medical Research; IF:21.100; DOI: 10.1186/s40779-023-00471-x

內(nèi)容概要：介紹了近年來空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（spatial transcriptomics，ST）的最新技術(shù)，總結(jié)了ST如何應(yīng)用于呼吸系統(tǒng)的生理和病理過程，特別是肺部，提出了當(dāng)前的挑戰(zhàn)和潛在的發(fā)展方向，包括高通量全長轉(zhuǎn)錄組、多組學(xué)整合、時(shí)空組學(xué)、生物信息學(xué)分析等。這些觀點(diǎn)有望推動(dòng)包括呼吸研究在內(nèi)的系統(tǒng)機(jī)制的研究。

2、在單細(xì)胞水平上解析骨髓瘤及其微環(huán)境的空間結(jié)構(gòu)

Resolving the spatial architecture of myeloma and its microenvironment at the single-cell level

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40584-4

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq和scATAC-seq技術(shù)，發(fā)現(xiàn)基因相同的亞克隆在不同部位表現(xiàn)出不同水平的空間轉(zhuǎn)錄可塑性，包括幾乎相同的表達(dá)譜和不同部位的明顯異質(zhì)性，其中可能包括免疫治療靶點(diǎn)的差異表達(dá)，如CD20和CD38。還發(fā)現(xiàn)巨噬細(xì)胞在局部病變的微環(huán)境中顯著減少。這些結(jié)果表明，在多發(fā)性骨髓瘤中考慮空間異質(zhì)性的相關(guān)性，可能對細(xì)胞間相互作用和疾病進(jìn)展模型產(chǎn)生影響。

3、m6A-Atlas v2.0：多物種解析N6-甲基腺苷（m6A）表觀轉(zhuǎn)錄組的更新資源

m6A-Atlas v2.0: updated resources for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome among multiple species

Nucleic Acids Research; IF:14.900; DOI: 10.1093/nar/gkad691

內(nèi)容概要：介紹了m6A-Atlas v2.0，一個(gè)用于研究N6-甲基腺苷（m6A）表觀轉(zhuǎn)錄組的資源。該資源包括來自13種高分辨率技術(shù)和兩個(gè)單細(xì)胞m6A剖面的797，091個(gè)可靠的m6A位點(diǎn)。此外，使用三種方法（exomePeaks2、MACS2和TRESS）從2712個(gè)MeRIP-seq實(shí)驗(yàn)中識別了大于16百萬個(gè)m6A富集峰，覆蓋了42個(gè)物種的651種條件。

4、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示早期化膿性汗腺炎的病理生理學(xué)

Spatial transcriptomic profiling reveals the pathophysiology of early-stage hidradenitis suppurativa

British Journal of Dermatology; IF:10.300; DOI: 10.1093/bjd/ljad274

內(nèi)容概要：通過空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)，發(fā)現(xiàn)早期化膿性汗腺炎（hidradenitis suppurativa，HS）患者表皮內(nèi)的角質(zhì)細(xì)胞明顯活化，炎性細(xì)胞因子水平升高，包括IL-36G和CXCL8。此外，與B淋巴細(xì)胞有關(guān)的基因在HS的浸潤免疫細(xì)胞中高度表達(dá)，表明“表皮源性”炎癥細(xì)胞因子的重要性以及B細(xì)胞浸潤在早期HS的病理機(jī)制中的作用。

5、GESTALT研究中人類免疫衰老的表觀遺傳標(biāo)記

Epigenetic signature of human immune aging in the GESTALT study

eLife; IF:8.713; DOI: 10.7554/eLife.86136

內(nèi)容概要：研究了血液中六種免疫細(xì)胞類型（幼稚B細(xì)胞、幼稚CD4+和CD8+T細(xì)胞、粒細(xì)胞、單核細(xì)胞和NK細(xì)胞）的DNA甲基化與年齡的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)與年齡相關(guān)的低甲基化位點(diǎn)附近的基因富集于膠原生物合成和補(bǔ)體級聯(lián)途徑，而高甲基化位點(diǎn)附近的基因則映射到神經(jīng)途徑。此外，大多數(shù)細(xì)胞類型中與年齡相關(guān)的低甲基化和高甲基化位點(diǎn)都富集于ARNT（HIF1β）和REST轉(zhuǎn)錄因子基序，這兩種基序都是缺氧反應(yīng)的主要調(diào)節(jié)因子。這些特征表明，健康衰老中的DNA甲基化變化可能是對氧氣可用性波動(dòng)的適應(yīng)性反應(yīng)。

6、小麥對小麥黑斑菌的時(shí)空響應(yīng)模式：轉(zhuǎn)錄組和X射線熒光顯微鏡分析揭示的無癥狀區(qū)域

Spatiotemporal patterns of wheat response to?Pyrenophora tritici-repentis?in asymptomatic regions revealed by transcriptomic and X-ray fluorescence microscopy analyses

Journal of Experimental Botany; IF:6.900; DOI: 10.1093/jxb/erad183

內(nèi)容概要：通過基因表達(dá)數(shù)據(jù)和高分辨率元素成像，發(fā)現(xiàn)易感品種中鈣振蕩被修改，導(dǎo)致成熟病期“凍結(jié)”宿主防御信號，并沉默宿主的識別和防御機(jī)制，從而無法保護(hù)其免受進(jìn)一步攻擊。相反，中度抗性品種在病程后期觀察到鈣積累和加強(qiáng)的防御響應(yīng)。此外，在易感互作中，無癥狀區(qū)域無法在疾病干擾后恢復(fù)。

7、COVID-19患者的scRNA-seq數(shù)據(jù)再分析：啟發(fā)性和局限性

Re-analysis of scRNA-seq data in patients with COVID-19: insights and limitations

American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology; IF:6.400; DOI: 10.1165/rcmb.2023-0282ED

內(nèi)容概要：重新分析了COVID-19患者的scRNA-seq數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)病毒感染會導(dǎo)致免疫細(xì)胞的異常增殖和功能失調(diào)，為深入了解COVID-19的免疫學(xué)機(jī)制提供了重要線索，同時(shí)也提示在分析scRNA測序數(shù)據(jù)時(shí)需要注意其局限性。

《時(shí)空日報(bào)》是華大時(shí)空基于時(shí)空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時(shí)空組學(xué)領(lǐng)域?qū)W術(shù)前沿的欄目。該欄目以實(shí)時(shí)、精準(zhǔn)追蹤時(shí)空組學(xué)前沿為目標(biāo)，共享最新時(shí)空知識，助力生命科學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)發(fā)展。