生物信息培訓(xùn)計劃（芯片分析，文獻(xiàn)閱讀）
最近很多同學(xué)咨詢未來的教程更新計劃，在這里我做了一個第一階段的培訓(xùn)計劃，感興趣的同學(xué)可以關(guān)注我們，課程將持續(xù)更新。
做培訓(xùn)的初衷是因為本組的本科生基礎(chǔ)差（二本） ，需要生信相關(guān)的培訓(xùn)，而國內(nèi)生信領(lǐng)域相關(guān)視頻培訓(xùn)教程質(zhì)量參差不齊?，F(xiàn)有的生信培訓(xùn)課程主要有三種：
（1）個人愛好主要是科普性質(zhì)，視頻短，課程不成體系，復(fù)雜問題說不清楚，對于學(xué)習(xí)生物信息這種交叉學(xué)科，可以說略勝于無；
（2）大學(xué)的生信課程，中國大學(xué)的課程特點(diǎn)是廢話多，干貨少，聽課效率差，沒有代碼演示，聽完課也沒有可操作性；國外大學(xué)的課程課程內(nèi)容很好，但是全英文授課對中文環(huán)境下的初學(xué)者來說難度太大；
（3）培訓(xùn)機(jī)構(gòu)課程，企業(yè)或者培訓(xùn)機(jī)構(gòu)的培訓(xùn)通常是收費(fèi)課程或者公益課程，具體操作講的多，原理講的少，沒有基礎(chǔ)很難理解，同時很多收費(fèi)課程都是由個人錄像發(fā)到B站，這種自己轉(zhuǎn)發(fā)的課程存在法律風(fēng)險，隨時可能下架（參考我的收藏夾，里面很多課程看著看著就下架了）。
這種情況下，本課題組希望結(jié)合正在做的科研項目，開發(fā)一套開源的生信課程讓更多熱愛計算機(jī)，熱愛生物醫(yī)學(xué)的同學(xué)可以有效的學(xué)習(xí)生物信息知識。課程中有我們的自制內(nèi)容也有B站其他UP的創(chuàng)作，衷心感謝樂于分享知識的UP們，也希望課程能幫助到熱愛科研的你。我們既不是專家學(xué)者，也不是大的科研團(tuán)隊，只有一個老師和十幾個學(xué)生基于生物醫(yī)學(xué)和工學(xué)專注于轉(zhuǎn)錄調(diào)控過程和癌癥機(jī)制和臨床應(yīng)用研究。我們的課程最大的特點(diǎn)是可操作性，盡量保證你能理解課程中涉及的到大量生物醫(yī)學(xué)，計算機(jī)，統(tǒng)計學(xué)概念，并復(fù)現(xiàn)課程中的代碼和實(shí)例。如果有疑問可以在評論區(qū)留言，我們盡量回復(fù)。教程更新速度不會太快，但絕對保證課程質(zhì)量。
目前第一階段（主要是解決二本學(xué)生生信入門的問題）的更新計劃如下：
一、JAVA WEB 開發(fā)學(xué)習(xí)路線
1、前端
HTML5基礎(chǔ)
https://www.bilibili.com/video/BV1x4411V75C/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
CSS3基礎(chǔ)
https://www.bilibili.com/video/BV1YJ411a7dy/?spm_id_from=333.999.0.0
JS+JQuery基礎(chǔ)
https://www.bilibili.com/video/BV1JJ41177di/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
Bootstrap
https://www.bilibili.com/video/BV1TU4y1p7zU/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
帝國CMS(萬能標(biāo)簽)
https://www.bilibili.com/video/BV1vS4y1j7Hi/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
項目實(shí)訓(xùn)（信息發(fā)布類網(wǎng)站）
2、JAVA基礎(chǔ)
JDK安裝，IDEA使用，注釋，標(biāo)識符，數(shù)據(jù)類型，常量變量，運(yùn)算符，包，Scanner，順序結(jié)構(gòu)，IF分支結(jié)構(gòu)，Switch選擇結(jié)構(gòu)，While, dowhile，for循環(huán)結(jié)構(gòu)，方法，遞歸，數(shù)組。
https://www.bilibili.com/video/BV12J41137hu/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
3、JAVA進(jìn)階
注解反射
https://www.bilibili.com/video/BV1p4411P7V3/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
MySQL
https://www.bilibili.com/video/BV1NJ411J79W/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
4、JAVA WEB
JAVA WEB 開發(fā)
https://www.bilibili.com/video/BV12J411M7Sj/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
mybaits
https://www.bilibili.com/video/BV1NE411Q7Nx/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
藍(lán)橋杯
5、JAVA開發(fā)框架；
Spring5
https://www.bilibili.com/video/BV1WE411d7Dv/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
spring MVC
https://www.bilibili.com/video/BV1aE41167Tu/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
SpringBoot
https://www.bilibili.com/video/BV1PE411i7CV/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
VUE
https://www.bilibili.com/video/BV18E411a7mC/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
項目實(shí)踐
SpringCloud
https://www.bilibili.com/video/BV1jJ411S7xr/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
阿里微服務(wù)架構(gòu)
6、數(shù)據(jù)可視化
echart/highchart
https://www.bilibili.com/video/BV1Uz4y1S7kr/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
7、服務(wù)器運(yùn)維
Docker
https://www.bilibili.com/video/BV1og4y1q7M4/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230?
二、低通量分子生物學(xué)實(shí)驗
1、生物學(xué)的發(fā)展階段?
2、中心法則
3、分子生物學(xué)相關(guān)概念?
4、分子生物學(xué)實(shí)驗?
（1）Southern bolt analysis（DNA）?
（2）Northern blot analysis（RNA）?
（3）Western blot analysis（protein）?
（4）Polymerase Chain Reaction（PCR）?
（5）免疫熒光技術(shù)（IF）?
（6）免疫組織化學(xué)（IHC）
https://www.bilibili.com/video/BV1D54y1N7Bv/
三、高通量生信實(shí)驗
1、芯片數(shù)據(jù)分析
1、基因芯片簡介 2、如何制作基因芯片 3、基因芯片廠商 4、芯片種類 5、基因芯片數(shù)據(jù)獲取 6、基因芯片數(shù)據(jù)分析 7、基因芯片探針注釋 8、差異計算 9、差異基因圖繪制 10、GO富集，KEGG富集
https://www.bilibili.com/video/BV1424y157MR/
2、轉(zhuǎn)錄組測序
即將更新
3、單細(xì)胞測序
即將更新
4、單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)整合
即將更新
5、空間轉(zhuǎn)錄組
即將更新
四、R數(shù)據(jù)分析
1、R語言基礎(chǔ) ；
2、ggplot2畫圖；
3、差異基因計算；
4、R語言富集分析；
5、GSEA富集分析；
、R統(tǒng)計分析分析；
7.1 SCI論文思路舉例；
7.2 KM批量分析；
7.3 COX回歸；
7.4 LASSO回歸；
7.5 ROC曲線和生存曲線檢測；
https://www.bilibili.com/video/BV1sF411j7JY/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
五、Python數(shù)據(jù)分析
即將更新
六、linux教程
Linux基礎(chǔ)
https://www.bilibili.com/video/BV1HY4y1B7Ts/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
虛擬機(jī)/子系統(tǒng)安裝
https://www.bilibili.com/video/BV1Ze411N7NR/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230
Linux基本命令
shell編程
云計算
conda
七、文獻(xiàn)檢索和閱讀
（一）文獻(xiàn)分類?
（二）文獻(xiàn)獲取?
（三）論文結(jié)構(gòu)?
（四）論文閱讀?
https://www.bilibili.com/video/BV1wj411X7Pm/
八、科研作圖
即將更新
九、專創(chuàng)融合
創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)課程設(shè)計+大創(chuàng)項目申報
https://www.bilibili.com/video/BV1Ss4y1Y7wQ/?spm_id_from=333.999.0.0&;;vd_source=ba2248623e770d6a79d500dbbe961230?
