????基于宏基因組測(cè)序的抗性基因分析是目前ARGs分析的重要手段，五大數(shù)據(jù)庫(kù)全面注釋分析，一網(wǎng)打盡ARGs、MRGs、BRGs、MGEs、致病菌注釋。

????項(xiàng)目報(bào)告不僅包含抗性基因的多樣性、豐度和分布模式，還能獲得包括抗性組變化驅(qū)動(dòng)因素、指示基因識(shí)別、抗性組變化分子機(jī)制、抗性基因風(fēng)險(xiǎn)排序、臨床抗性基因分析等在內(nèi)的一系列深入研究結(jié)果，能夠滿足廣大科研工作者的需求。分析及作圖可直接用于文章發(fā)表。

五大數(shù)據(jù)庫(kù)全方位注釋挖掘樣本中的抗性基因，包括：
抗生素基因注釋

? ? ?SARG（the structured ARG reference database）數(shù)據(jù)庫(kù)，其由ARDB和CARD整合而成，目前更新到v2.3版本，是已知的最為完整的抗生素抗性基因數(shù)據(jù)庫(kù)，根據(jù)不同基因抵抗抗生素的類型和基因的進(jìn)化關(guān)系，將所有抗生素抗性基因分為type和subtype兩個(gè)層級(jí)，其中type為基因所抵抗的抗生素類型（例如四環(huán)素抗性基因、磺胺抗性基因等），subtype為具體的抗性基因（例如tetA、sul1等）。

金屬抗性基因（MRG）注釋

????BacMet數(shù)據(jù)庫(kù)全稱為antibacterial biocide and metal resistance genes database（抗菌殺菌劑與金屬抗性基因數(shù)據(jù)庫(kù)）。BacMet提供了用于鑒定蛋白質(zhì)和DNA序列（包括全基因組）中的殺菌劑和金屬抗性基因的工具。我們下載數(shù)據(jù)庫(kù)的基因集并手工整理出23種金屬抗性基因（Aluminium(Al),Antimony(Sb),Arsenic(As),Bismuth(Bi),Cadmium(Cd),Chromium(Cr),Cobalt(Co),Copper(Cu),Gallium(Ga),Gold(Au),Iron(Fe),Lead(Pb),Magnesium(Mg),Manganese(Mn),Mercury(Hg),Molybdenum(Mo),Nickel(Ni),Selenium(Se),Silver(Ag),Tellurium(Te),Tungsten(W),type,Vanadium(V),Zinc(Zn)），建立MRG數(shù)據(jù)庫(kù)并對(duì)預(yù)測(cè)的基因使用blastp注釋。

殺菌劑抗性基因（BRG）注釋

????BacMet數(shù)據(jù)庫(kù)全稱為antibacterial biocide and metal resistance genes database（抗菌殺菌劑與金屬抗性基因數(shù)據(jù)庫(kù)）。BacMet提供了用于鑒定蛋白質(zhì)和DNA序列（包括全基因組）中的殺菌劑和金屬抗性基因的工具。數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因可以通過(guò)瀏覽選項(xiàng)訪問(wèn)，其中人們可以通過(guò)他們賦予抗性的化合物或通過(guò)其名稱來(lái)瀏覽基因。我們下載數(shù)據(jù)庫(kù)的基因集并手工整理出62種殺菌劑抗性基因，建立BRG數(shù)據(jù)庫(kù)并對(duì)預(yù)測(cè)的基因使用blastp注釋。

細(xì)菌致病菌毒力因子（VFDB）注釋

????VFDB數(shù)據(jù)庫(kù)全稱為Virulence Factors of Pathogenic Bacteria，用于專門研究致病細(xì)菌、衣原體和支原體致病因子的數(shù)據(jù)庫(kù)。來(lái)源于微生物，并對(duì)微生物自身侵染和引起特定宿主疾病具有促進(jìn)作用的物質(zhì)稱為毒力因子（virulent factor），主要包括細(xì)菌毒素、調(diào)節(jié)細(xì)菌粘附作用的細(xì)胞表面蛋白、對(duì)細(xì)菌本身具有保護(hù)作用的蛋白、細(xì)胞表面碳水化合物以及具有細(xì)菌致病性的水解酶等。

可移動(dòng)基因單元（MGE）注釋

????Mobile Genetic Elements數(shù)據(jù)庫(kù)，為Parnnnen等于2018年建立的可移動(dòng)基因單元參考基因數(shù)據(jù)庫(kù)，包含278個(gè)不同的基因和超過(guò)2000條參考序列，我們根據(jù)其基因結(jié)構(gòu)和進(jìn)化關(guān)系，將所有可移動(dòng)基因單元分為type和subtype兩個(gè)層級(jí)，其中type為可移動(dòng)基因單元類型（例如質(zhì)粒、整合子等），subytpe為具體的基因（例如intI1、tnpA等）。

致病菌注釋

????根據(jù)最新發(fā)表的MBPD病原菌數(shù)據(jù)庫(kù)，從含有功能基因的contigs中提取相關(guān)條目。（https://github.com/LorMeBioAI/MBPD）

本次全新升級(jí)的宏基因組抗性基因分析流程如下：

整個(gè)分析方案共包含12大類，共計(jì)超過(guò)50項(xiàng)的分析內(nèi)容！部分分析結(jié)果展示
1、抗性基因多樣性分析

2、抗性基因豐度分析

3、核心基因集分析

4、樣本比較分析

5、相關(guān)性分析分析

6、指示基因識(shí)別

7、環(huán)境因子關(guān)聯(lián)

8、抗性組變化機(jī)制分析

9、抗性基因作用機(jī)制分析

10抗性基因風(fēng)險(xiǎn)排序分析

11、臨床抗性基因分析