植物代謝組是代謝組學(xué)的一個重要分支，定義為以植物為研究對象的代謝組學(xué)；研究不同物種、不同基因類型或不同生態(tài)類型的植物在不同生長時期或受某種刺激前后的所有小分子代謝產(chǎn)物，對其進行定性、定量分析，并找出代謝變化的規(guī)律。為了在不斷變化和惡劣環(huán)境下生存，植物進化出了復(fù)雜的、多細胞結(jié)構(gòu)的不同功能器官；這些器官包含了多種細胞類型，這些不同類型的細胞又轉(zhuǎn)移的代謝機制來精確實現(xiàn)它們特定的功能。環(huán)境、溫度和季節(jié)的影響通過代謝變化得到補償；由于非生物（光、紫外線、水）和生物（蟲害、寄生蟲和病菌侵襲）的脅迫影響，植物派生出一個復(fù)雜的代謝化合物庫。既有維持植物生命活動和生長發(fā)育所必須的初生代謝物，也有利用初生代謝物生成的與植物抗病和抗逆關(guān)系密切的次生代謝物。