模糊集定性比較分析（fsQCA）論文寫作訓練營
測序數(shù)據(jù)評估及質(zhì)控：評估測序質(zhì)量（fastqc,multiqc)，去除接頭（cutadapt),去除reads兩端低質(zhì)量堿基（fastx_toolkit)
SNV calling:序列比對（bwa）,索引建立及統(tǒng)計比對情況（samtools）,建立索引（ picard）,SNV檢測（gatk）
SNV 過濾：gatk，數(shù)據(jù)庫。
優(yōu)先使用conda安裝軟件，網(wǎng)絡OK的情況下，方便快捷，可以很好地解決依賴問題；不行的話，下載安裝至biosoft/下
conda install fastqc
conda install multiqc
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picard="/biosoft/picard-tools-1.124/picard.jar" ?#添加到.bash_profilejava -jar $picard -hGATK=/biosoft/GenomeAnalysisTK-3.8-0-ge9d806836/GenomeAnalysisTK.jar ?#添加到.bash_profilejava -jar $GATK -h
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