稅務核查是高新技術(shù)企業(yè)認定過程中的正常環(huán)節(jié)，由稅務機關(guān)承擔。對企業(yè)真實性的核查主要包括企業(yè)自主知識產(chǎn)權(quán)、高新技術(shù)企業(yè)產(chǎn)品（服務）收入、研發(fā)費用、科技人員、企業(yè)所得稅征收方式等。

接到稅務核查通知后，詢問核查重點，一般需要準備的材料如下：

1.一套高企申報材料；

2.營業(yè)執(zhí)照原件；

3.知識產(chǎn)權(quán)證書或授權(quán)通知書原件；

4.近三年研發(fā)費用輔助賬或賬套內(nèi)研發(fā)費用明細賬；

5.近一年高新產(chǎn)品收入輔助賬；

6.近三年年度審計報告；

7.近三年研發(fā)費用專項審計報告和近一年高新產(chǎn)品收入專項審計報告；

8.近三年記賬憑證；

9.近一年全員名單及科技人員名單；

10.科研項目立項及結(jié)題報告及其他證明材料；

11.近一年的銷售合同、測試報告、用戶反饋報告；

12.研發(fā)機構(gòu)設立及各項制度文件；

13.其他資質(zhì)文件；

特別關(guān)注：

1.確保與R&D相關(guān)的技術(shù)、財務、人事、項目等負責人在場。

2.稅務核查是高水平認定過程的重要組成部分。稅務人員有否決權(quán)，企業(yè)人員應積極配合，對稅務人員提出的問題作出合理解釋。

3.提前準備好所需的信息，數(shù)據(jù)邏輯關(guān)系清晰。

稅務核查主要內(nèi)容：

(一)行業(yè)核查。

企業(yè)所屬國民經(jīng)濟產(chǎn)業(yè)是否不適用于研發(fā)費用稅前扣除政策的行業(yè)。

不適用稅前扣除政策的行業(yè)：

1.煙草制造業(yè)；

2.住宿和餐飲業(yè)；

3.批發(fā)零售業(yè)；

4.房地產(chǎn)業(yè)；

5.租賃和商務服務業(yè)；

6.娛樂業(yè)；

7.財政部和國家稅務總局規(guī)定的其他行業(yè)。

以上行業(yè)為“國民經(jīng)濟產(chǎn)業(yè)分類與代碼”（GB以4754-2017為準，并隨之更新。

(二)核實所得稅征收方式。

企業(yè)所得稅征收方式是否有核定征收。

(3)檢查科技人員情況。

從事R&D及相關(guān)技術(shù)創(chuàng)新活動的科技人員占當年職工總數(shù)的比例是否不低于10%，是否符合在職183天的要求。

新申請高新技術(shù)企業(yè)認定的，應當查看《高新技術(shù)企業(yè)認定申請表》中“企業(yè)職工”、“科技人員”欄對應的“總數(shù)（人）”行次數(shù)據(jù)，并與征管系統(tǒng)中企業(yè)所得稅年度申報表A萬份“企業(yè)所得稅年度納稅申報基本信息表”中“員工人數(shù)”行次數(shù)據(jù)進行比較；資格有效期屆滿重新認定的，還應與A107041《高新技術(shù)企業(yè)優(yōu)惠情況及明細表》中的“今年科技人員人數(shù)”、“今年職工總數(shù)”行次數(shù)據(jù)進行比較。

(4)檢查研發(fā)費用。

近三個會計年度（實際經(jīng)營期不足三年的，按實際經(jīng)營時間計算，下同）研發(fā)費用總額占同期銷售收入（主營業(yè)務收入與其他業(yè)務收入之和按企業(yè)所得稅年度納稅申報表口徑計算）總額的比例是否符合下列要求：

1.最近一年銷售收入不低于5000萬元(含)的，比例不低于5%；

2.最近一年銷售收入在5000萬元至2億元(含)的，比例不低于4%；

3.最近一年銷售收入超過2億元的，比例不低于3%。

其中，我國企業(yè)研發(fā)費用總額占研發(fā)費用總額的60%以下。

(五)近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入是否占企業(yè)同期總收入(總收入減去不征稅收入)的比例不低于60%。

（6）資格期滿當年重新申請認定的企業(yè)，享受高新技術(shù)企業(yè)和研發(fā)費用加扣優(yōu)惠政策。

稅務核查后，按照稅務核查人員的要求，在規(guī)定時間內(nèi)準備好需要整改或補充的材料，并按時報送稅務部門。并與稅務核查人員保持聯(lián)系，及時跟進稅務部門的意見，積極調(diào)整和改進。