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2022年05月16日，《Cancer Res》雜志發(fā)表了題為“M6A RNA Methylation Regulates Histone Ubiquitination to Support Cancer Growth and Progression”的研究論文，該研究通過(guò)對(duì)骨肉瘤細(xì)胞系進(jìn)行MeRIP-seq、RNA-seq、RIP、qRT-PCR等實(shí)驗(yàn)，揭示RNA去甲基化酶ALKBH5上調(diào)USP22和RNF40以抑制組蛋白H2A泛素化并誘導(dǎo)關(guān)鍵DNA復(fù)制和DNA損傷修復(fù)相關(guān)基因的表達(dá)，從而促進(jìn)骨肉瘤（OS）進(jìn)展。

標(biāo)題：M6A RNA Methylation Regulates Histone Ubiquitination to Support Cancer Growth and Progression

時(shí)間：2022.05.16

期刊：Cancer Research

影響因子：IF 13.312

技術(shù)平臺(tái)：MeRIP-seq、RNA-seq、RIP、qRT-PCR等

樣本實(shí)驗(yàn)：

研究摘要：

骨肉瘤是最常見(jiàn)的骨惡性腫瘤，但受缺乏可以靶向的反復(fù)突變、缺乏有效的化療替代方案的阻礙，骨肉瘤患者生存率在過(guò)去30年中幾乎沒(méi)有變化。本研究通過(guò)分析mRNA甲基化的表觀遺傳變化，對(duì)更好理解骨肉瘤生長(zhǎng)機(jī)制和開(kāi)發(fā)靶向治療方法具有巨大的前景。在骨肉瘤患者中，RNA去甲基化酶ALKBH5擴(kuò)增且高表達(dá)與拷貝數(shù)變化相關(guān)。ALKBH5對(duì)于促進(jìn)骨肉瘤生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移至關(guān)重要，但它對(duì)于正常細(xì)胞生存卻并非不可或缺。甲基化RNA免疫沉淀測(cè)序（MeRIP-seq）分析和功能研究表明，ALKBH5通過(guò)調(diào)控組蛋白去泛素化酶USP22和泛素連接酶RNF40的m6A水平來(lái)介導(dǎo)其促癌功能。骨肉瘤中ALKBH5介導(dǎo)的m6A缺失導(dǎo)致USP22和RNF40表達(dá)增加，誘導(dǎo)組蛋白H2A單泛素化抑制和關(guān)鍵促癌基因，從而驅(qū)動(dòng)不受調(diào)控的的細(xì)胞周期進(jìn)程、持續(xù)DNA復(fù)制和DNA損傷修復(fù)。已知泛素化H2B 的RNF40通過(guò)與DDB1-CUL4泛素E3連接酶復(fù)合體互作并影響其穩(wěn)定性來(lái)抑制癌癥中的H2A泛素化?？傊?，本研究直接將ALKBH5活性增加與癌癥中的USP22/RNF40和組蛋白泛素化失調(diào)聯(lián)系起來(lái)。結(jié)果表明m6A RNA甲基化與其他表觀遺傳機(jī)制協(xié)同作用以調(diào)控癌癥生長(zhǎng)。

（1）ALKBH5在骨肉瘤中擴(kuò)增且高表達(dá)，并促進(jìn)癌癥生長(zhǎng)和進(jìn)展

與其他癌癥類型相比，在所有m6A調(diào)節(jié)因子中，ALKBH5在骨肉瘤中最高表達(dá)。通過(guò)對(duì)97個(gè)原發(fā)性骨肉瘤樣品的比較基因組雜交和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）分析表明，與METTL3、METTL14或FTO相比，ALKBH5在骨肉瘤中高度擴(kuò)增（>26%–40%），且其表達(dá)與拷貝數(shù)變化高度相關(guān)。研究人員分析了骨肉瘤中m6A水平與ALKBH5表達(dá)之間的關(guān)系。

圖1：RNA去甲基化酶ALKBH5在骨肉瘤中擴(kuò)增并促進(jìn)骨肉瘤生長(zhǎng)和進(jìn)展。

1. 兒科臨床前試驗(yàn)聯(lián)盟（PPTC）數(shù)據(jù)集的泛癌分析顯示ALKBH5基因在患者衍生異種移植物中表達(dá)，數(shù)據(jù)使用PCAT生成。

2. TARGET數(shù)據(jù)庫(kù)的比較基因組雜交和RNA-seq數(shù)據(jù)顯示ALKBH5基因擴(kuò)增以及骨肉瘤樣品中ALKBH5表達(dá)和拷貝數(shù)變化之間的強(qiáng)相關(guān)性。

C-F. 通過(guò)加擾siRNA（Scr）、ALKBH5 siRNA-1（siA5-1）或ALKBH5 siRNA-2（siA5-2）轉(zhuǎn)染的143B（C）、U2OS（D）、Saos2（E）和hFOB細(xì)胞（F）的細(xì)胞活力百分比（通過(guò)CellTiter-Glo發(fā)光或Alamar Blue細(xì)胞活力試驗(yàn)檢測(cè)）。

G-I. 利用加擾siRNA或ALKBH5 siRNA（ALKBH5 KD）轉(zhuǎn)染的143B（G），U2OS（H）和Saos2（I）細(xì)胞的克隆形成實(shí)驗(yàn)。

J-L. 圖1G-I中計(jì)數(shù)的結(jié)晶紫染色克隆的平均數(shù)條形圖。

M. 注射了穩(wěn)定表達(dá)shControl（n=7）或shALKBH5（n=7）的1×106 143B細(xì)胞的裸鼠體內(nèi)代表性腫瘤生長(zhǎng)。

N. 在小鼠脛骨內(nèi)植入用對(duì)照（shControl；N=5）或ALKBH5 shRNA（shALKBH5；N=5）穩(wěn)定轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞后的代表性腫瘤生長(zhǎng)。

O. 靜脈注射用對(duì)照（shControl；n=5）或ALKBH5 shRNA（shALKBH5；n=5）穩(wěn)定轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞的小鼠代表性轉(zhuǎn)移病灶。C–F和J–L中顯示的數(shù)據(jù)是平均值±SEM（n≥3個(gè)獨(dú)立實(shí)驗(yàn)）。C-F中的P值使用單因素方差分析和Dunnett多重比較檢驗(yàn)計(jì)算，**，P<0.01；***，P<0.001；****，P<0.0001。

圖2：ALKBH5通過(guò)調(diào)控細(xì)胞周期和DNA復(fù)制相關(guān)基因表達(dá)來(lái)促進(jìn)細(xì)胞周期進(jìn)程。

1. 用加擾siRNA或siALKBH5（KD）轉(zhuǎn)染48小時(shí)的143B細(xì)胞中的基因表達(dá)變化火山圖。差異表達(dá)基因的截止標(biāo)準(zhǔn)包括絕對(duì)log2倍數(shù)變化>1和P<0.05（紅色，差異增加；藍(lán)色，減少基因）。

2. GO分析結(jié)果顯示ALKBH5 KD 143B細(xì)胞（減少基因）中高度富集的生物過(guò)程。

3. 加擾siRNA或ALKBH5 siRNA-1（siALKBH5）轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中靶基因表達(dá)的qRT-PCR分析結(jié)果。

4. 使用所示蛋白抗體在加擾siRNA和兩種ALKBH5 siRNA（siALKBH5-1和siALKBH5-2）轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中靶基因的Western blot分析。用β-肌動(dòng)蛋白作為負(fù)載對(duì)照。凝膠照片代表至少三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)。顯示MCM2、CDC6、CCNB1、WEE1和β-肌動(dòng)蛋白的Western blot實(shí)驗(yàn)在一個(gè)凝膠上運(yùn)行（剝離后），而CDK2和β-肌動(dòng)蛋白在單獨(dú)的凝膠上運(yùn)行。

5. 加擾siRNA或ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的143B、OS-17和hFOB細(xì)胞的細(xì)胞周期分布。碘化丙啶染色DNA含量，并用FlowJo軟件進(jìn)行流式細(xì)胞術(shù)分析以鑒定細(xì)胞周期不同階段的細(xì)胞群。

6. EdU免疫熒光與用EdU脈沖標(biāo)記的U2OS細(xì)胞的DNA含量的雙變量細(xì)胞周期分析。條形圖顯示加擾siRNA和ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的U2OS細(xì)胞中的EdU細(xì)胞定量。使用標(biāo)準(zhǔn)Student t檢驗(yàn)計(jì)算P值。*，P<0.05；**，P<0.01；***，P<0.001；****，P<0.0001。條形圖表示至少三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的平均值±SEM+

   
   

圖3：ALKBH5調(diào)節(jié)癌細(xì)胞中的DNA損傷修復(fù)事件。

1. 加擾siRNA或ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的U2OS細(xì)胞中的γH2AX陽(yáng)性細(xì)胞代表性點(diǎn)圖。在流式細(xì)胞術(shù)分析之前，用加擾siRNA或ALKBH5siRNA轉(zhuǎn)染U2OS細(xì)胞72小時(shí)。條形圖顯示平均值±SEM（n=3）。

2. 使用所示蛋白抗體對(duì)加擾siRNA和ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的U2OS細(xì)胞進(jìn)行Western Blot分析。β-肌動(dòng)蛋白作為負(fù)載對(duì)照。

3. 用加擾siRNA或ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的膜聯(lián)蛋白（Annexin）V-FITC陽(yáng)性U2OS細(xì)胞的百分比。

4. 流式細(xì)胞術(shù)分析結(jié)果顯示，γH2AX陽(yáng)性細(xì)胞存在于加擾siRNA和ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的143B骨肉瘤細(xì)胞中。無(wú)電離輻射（IR）或10Gy IR處理細(xì)胞.24小時(shí)后，對(duì)細(xì)胞進(jìn)行γH2AX染色以估計(jì)未修復(fù)的雙鏈斷裂。

5. D中顯示的γH2AX陽(yáng)性細(xì)胞的定量條形圖。

6. 與加擾siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞相比，GSEA顯示ALKBH5 KD細(xì)胞中DNA損傷修復(fù)通路富集。

7. DR-GFP報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)結(jié)果顯示DSB誘導(dǎo)的HR修復(fù)。用加擾siRNA或ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染U2OS-DR-GFP細(xì)胞，然后用表達(dá)I-SceI核酸內(nèi)切酶的pCAGGS載體或作為對(duì)照的空載體轉(zhuǎn)染。如果通過(guò)HR修復(fù)，I-SceI核酸內(nèi)切酶表達(dá)誘導(dǎo)DSB通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)導(dǎo)致GFP細(xì)胞。

8. EJ5-GFP報(bào)告實(shí)驗(yàn)顯示總NHEJ。用加擾siRNA或ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染EJ5-GFP U2OS細(xì)胞，然后用表達(dá)I-SceI核酸內(nèi)切酶的pCAGGS載體或作為對(duì)照的空載體轉(zhuǎn)染。如果通過(guò)NHEJ修復(fù)，I-SceI核酸內(nèi)切酶誘導(dǎo)的DSB通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)產(chǎn)生GFP細(xì)胞。

（4）轉(zhuǎn)錄組范圍的MeRIP-seq鑒定組蛋白去泛素化蛋白USP22為ALKBH5靶點(diǎn)

圖4：對(duì)照組和ALKBH5敲除骨肉瘤（OS）細(xì)胞的m6A甲基化分析。

1. 使用MeRIP-seq在加擾siRNA（SCR）和ALKBH5 siRNA（ALKBH5 KD）轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中鑒定的peaks數(shù)。常見(jiàn)m6A基因共享至少一個(gè)共同peak，而特異性m6A基因在加擾siRNA和ALKBH5 KD轉(zhuǎn)染的OS細(xì)胞之間沒(méi)有共同peaks。

2. 加擾siRNA和ALKBH5 siRNA（ALKBH5 KD）轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中不同基因區(qū)域中整體（上）和特異性（下）m6A peaks比例。

3. 與加擾siRNA轉(zhuǎn)染的細(xì)胞相比，ALKBH5敲低143B細(xì)胞中m6A甲基化水平和表達(dá)水平顯著變化的基因分布分析。

4. 高和低m6A peaks在mRNA不同區(qū)域的分布。

5. USP22在ALKBH5 siRNA或加擾siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中顯示出顯著富集的m6A peaks（adj P<0.05）。頂部?jī)蓚€(gè)軌跡（藍(lán)色）表示input，底部?jī)蓚€(gè)軌跡分別表示加擾siRNA和ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞的MeRIP結(jié)果。通過(guò)使用MeTDiff程序?qū)⒄wm6A值除以特定基因的靶位點(diǎn)表達(dá)水平來(lái)計(jì)算檢測(cè)到的差異m6A peaks位點(diǎn)及其倍數(shù)變化值（差異峰軌跡）。將MeRIP-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行MEME-ChIP（E值=2.2E-068）來(lái)確定m6A motif（顯示為motif GGA C/A A/G）分布。

6. 使用針對(duì)所示的蛋白抗體，在加擾siRNA和ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的143B OS細(xì)胞中靶基因的Western Blot分析。

7. 空載體或ALKBH5表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中靶基因的Western Blot分析

8. 加擾siRNA、ALKBH5 siRNA，METTL3 siRNA或ALKBH5+METTL3 siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中靶基因的Western Blot分析。凝膠照片表示至少三個(gè)獨(dú)立實(shí)驗(yàn)。

（5）ALKBH5通過(guò)USP22和RNF40調(diào)控H2A K119單泛素化

圖5：ALKBH5-USP22/RNF40軸調(diào)控組蛋白H2AK119單泛素化和DNA損傷修復(fù)。

1. 與加擾siRNA轉(zhuǎn)染的細(xì)胞相比，RNF40在ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中顯著富集了m6A peaks（adj P<0.05）。頂部?jī)蓚€(gè)軌道（藍(lán)色）分別代表input，底部?jī)蓚€(gè)軌跡顯示加擾siRNA和ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞的MeRIP結(jié)果。

2. 使用RNF40抗體對(duì)加擾siRNA和ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞進(jìn)行Western Blot分析。

3. qRT-PCR結(jié)果顯示ALKBH5或IgG的抗體進(jìn)行RNA免疫沉淀后，143B細(xì)胞中ALKBH5靶基因USP22和RNF40富集。HPRT1為陰性對(duì)照。

4. Western Blot分析顯示所示蛋白抗體在加擾USP22 siRNA或RNF40 siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中RNF40和USP22以及單泛素化的H2A（H2A-ub）和H2B（H2B-ub）水平。

5. 使用143B裂解液用RNF40、CUL4A或IgG抗體進(jìn)行免疫沉淀分析。顯示了RNF40和CUL4A的免疫印跡。

6. Western Blot分析顯示加擾或RNF40 siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中RNF40、CUL4A和DDB1水平。

7. 加擾siRNA或ALKBH5 siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞使用H2Aub K119抗體進(jìn)行ChIP qRT-PCR。條形圖顯示圖中所示基因的啟動(dòng)子區(qū)域附近的組蛋白標(biāo)記富集。

8. DR-GFP實(shí)驗(yàn)的GFP陽(yáng)性細(xì)胞反映DSB誘導(dǎo)的HR修復(fù)的FACS分析。用加擾siRNA、USP22 siRNA（siUSP22）或RNF40 siRNA（siRNF40）轉(zhuǎn)染U2OS-DR-GFP細(xì)胞，然后用表達(dá)I-SceI核酸內(nèi)切酶的pCAGGS載體或空載體轉(zhuǎn)染作為對(duì)照。

9. EJ5-GFP報(bào)告基因分析的GFP陽(yáng)性細(xì)胞反映了總NHEJ的 FACS。用加擾siRNA、USP22 siRNA（siUSP22）或RNF40 siRNA（siRNF40）轉(zhuǎn)染EJ5-GFP U2OS細(xì)胞，然后用表達(dá)I-SceI核酸內(nèi)切酶的pCAGGS載體或空載體轉(zhuǎn)染作為對(duì)照。

（6）AUSP22和RNF40介導(dǎo)ALKBH5的促癌功能

圖6：USP22和RNF40介導(dǎo)ALKBH5 ALKBH5-USP22/RNF40軸的促癌效應(yīng)，以調(diào)控組蛋白H2AK119單泛素化和DNA損傷修復(fù)。

1. 經(jīng)加擾siRNA（Scr）、USP22 siRNA（siUSP22）或RNF40 siRNA（siRNF40）轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞中細(xì)胞活力百分比條形圖。通過(guò)CellTiter-Glo發(fā)光細(xì)胞活力實(shí)驗(yàn)檢測(cè)細(xì)胞活力。

2. 加擾siRNA、USP22 siRNA或RNF40 siRNA轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞克隆形成實(shí)驗(yàn)。條形圖顯示每孔計(jì)數(shù)的結(jié)晶紫染色克隆數(shù)。

3. 加擾siRNA（Scr）+空載體（EV）或ALKBH5 siRNA+EV或ALKBH5 siRNA+RNF40過(guò)表達(dá)質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞的細(xì)胞活力百分比。

4. Scr+空載體（EV）或ALKBH5 siRNA+EV或ALKBH5 siRNA+USP22過(guò)表達(dá)質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞的細(xì)胞活力百分比。

5. 加擾siRNA+EV或ALKBH5 siRNA+EV或ALKBH5 siRNA+USP22或RNF40過(guò)表達(dá)質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染的143B細(xì)胞的克隆形成實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

6. TARGET數(shù)據(jù)庫(kù)中骨肉瘤腫瘤樣品顯示ALKBH5和USP22表達(dá)之間的顯著相關(guān)性。

7. ALKBH5促進(jìn)骨肉瘤生長(zhǎng)和進(jìn)展機(jī)制模型。研究結(jié)果表明，ALKBH5擴(kuò)增介導(dǎo)其過(guò)表達(dá)導(dǎo)致m6A甲基化水平降低，從而增加組蛋白去泛素化酶USP22和泛素連接酶RNF40在骨肉瘤中的穩(wěn)定性。USP22穩(wěn)定性增加反過(guò)來(lái)導(dǎo)致去泛素化增加和單泛素化組蛋白H2A水平降低。另一方面，ALKBH5過(guò)表達(dá)骨肉瘤中的RNF40穩(wěn)定性導(dǎo)致DDB1-CUL4A連接酶復(fù)合體的互作和抑制增加，進(jìn)而介導(dǎo)單泛素化組蛋白H2A水平降低。單泛素化組蛋白H2A（其壓縮染色質(zhì)并充當(dāng)轉(zhuǎn)錄抑制標(biāo)記）降低，反式激活關(guān)鍵的生長(zhǎng)/促瘤基因，導(dǎo)致不受調(diào)控的細(xì)胞周期進(jìn)展、連續(xù)的DNA復(fù)制和DNA損傷修復(fù)以支持骨肉瘤生長(zhǎng)。

總結(jié)：

本研究有幾個(gè)關(guān)鍵結(jié)果。

1. 本研究表明m6A RNA甲基化對(duì)于維持組蛋白去泛素化酶和泛素連接酶的最佳比例以調(diào)控H2A泛素化至關(guān)重要。

2. 組蛋白去泛素化酶USP22和泛素連接酶RNF40在癌癥中的表達(dá)受到調(diào)控。這一發(fā)現(xiàn)意義重大，因?yàn)槿藗儗?duì)癌癥中組蛋白泛素化的調(diào)控知之甚少。此外，研究揭示了導(dǎo)致USP22在癌癥中過(guò)表達(dá)的機(jī)制將闡明其功能，并可能為靶向其促癌作用的方法提供信息。

3. 研究首次表明了RNF40-DDB1-CUL4A在調(diào)控H2AK119泛素化中的作用。

4. 最后，研究結(jié)果支持ALKBH5激活構(gòu)建了一個(gè)異常的表觀遺傳程序來(lái)促進(jìn)癌癥的觀點(diǎn)。因此，依賴于ALKBH5致癌信號(hào)，通過(guò)靶向ALKBH5的方法來(lái)治療癌癥將具有巨大的臨床轉(zhuǎn)化潛力。

關(guān)于易基因RNA m6A甲基化測(cè)序(MeRIP-seq)技術(shù)

易基因MeRIP-seq技術(shù)利用m6A特異性抗體富集發(fā)生m6A修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結(jié)合高通量測(cè)序，可以對(duì)RNA上的m6A修飾進(jìn)行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，最低僅需1μg總RNA。廣泛應(yīng)用于組織發(fā)育、干細(xì)胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應(yīng)答、癌癥發(fā)生與發(fā)展、藥物應(yīng)答等研究領(lǐng)域；可應(yīng)用于動(dòng)物、植物、細(xì)胞及組織的m6A檢測(cè)。

大樣本量m6A-QTL性狀關(guān)聯(lián)分析，傳統(tǒng)MeRIP單個(gè)樣品價(jià)格高，通常難以承擔(dān)。易基因開(kāi)發(fā)建立MeRIP-seq2技術(shù)，顯著提成IP平行性，實(shí)現(xiàn)不同樣本間相對(duì)定量，降低檢測(cè)成本。

易基因提供適用于不同科研需求的MeRIP技術(shù)：

• m6A甲基化-常量mRNA 甲基化測(cè)序（MeRIP-seq）

• m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測(cè)序（lnc-MeRIP-seq）

• m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測(cè)序（Micro-lnc-MeRIP-seq）

• 高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化測(cè)序（MeRIP-seq2）

技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

• 起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，最低僅需1μg總RNA；

• 轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)：可以同時(shí)檢測(cè)mRNA和lncRNA；

• 樣本要求：可用于動(dòng)物、植物、細(xì)胞及組織的m6A檢測(cè)；

• 重復(fù)性高：IP富集重復(fù)性高，最大化降低抗體富集偏差；

• 應(yīng)用范圍廣：廣泛應(yīng)用于組織發(fā)育、干細(xì)胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應(yīng)答、癌癥的發(fā)生與發(fā)展、藥物應(yīng)答等研究領(lǐng)域。

研究方向：

m6A甲基化目前主要運(yùn)用在分子機(jī)制的理論性研究

• 疾病發(fā)生發(fā)展：腫瘤、代謝疾?。ㄈ绶逝?糖尿病）、神經(jīng)和精神疾病（如阿爾茲海默癥/抑郁癥）、炎癥…

• 發(fā)育和分化：早期胚胎發(fā)育、個(gè)體/組織/器官生長(zhǎng)發(fā)育、干細(xì)胞分化與命運(yùn)決定、衰老

• 環(huán)境暴露與響應(yīng)：污染、抗逆、生活方式

關(guān)于m6A甲基化研究思路

（1）整體把握m6A甲基化圖譜特征：m6A peak數(shù)量變化、m6A修飾基因數(shù)量變化、單個(gè)基因m6A peak數(shù)量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修飾基因的功能分析

（2）篩選具體差異m6A peak和基因：差異m6A peak鑒定、非時(shí)序數(shù)據(jù)的分析策略、時(shí)序數(shù)據(jù)的分析策略、差異m6A修飾基因的功能分析、差異m6A修飾基因的PPI分析、候選基因的m6A修飾可視化展示

（3）m6A甲基化組學(xué)&轉(zhuǎn)錄組學(xué)關(guān)聯(lián)分析：Meta genes整體關(guān)聯(lián)、DMG-DEG對(duì)應(yīng)關(guān)聯(lián)、m6A修飾目標(biāo)基因的篩選策略

（4）進(jìn)一步驗(yàn)證或后期試驗(yàn)

易基因科技提供全面的RNA甲基化研究整體解決方案，技術(shù)詳情了解請(qǐng)致電易基因。

參考文獻(xiàn)：

Yadav P, Subbarayalu P, Medina D, Nirzhor S, Timilsina S, Rajamanickam S, Eedunuri VK, Gupta Y, Zheng S, Abdelfattah N, Huang Y, Vadlamudi R, Hromas R, Meltzer P, Houghton P, Chen Y, Rao MK. M6A RNA Methylation Regulates Histone Ubiquitination to Support Cancer Growth and Progression. Cancer Res. 2022 May 16;82(10):1872-1889.