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Slingshot?是一個(gè)單細(xì)胞?RNA-seq?擬時(shí)序分析的?R?包，用于推斷低維數(shù)據(jù)中連續(xù)的分支譜系結(jié)構(gòu)。Slingshot旨在對單細(xì)胞?RNA?測序數(shù)據(jù)中的發(fā)育軌跡進(jìn)行建模，它足夠靈活，可以處理任意多個(gè)分支事件，并允許通過監(jiān)督圖的構(gòu)建來合并先驗(yàn)知識(shí)，以無監(jiān)督或半監(jiān)督的方式學(xué)習(xí)集群關(guān)系，并構(gòu)建代表每個(gè)譜系的平滑曲線。

代碼相關(guān)文件見如下3個(gè)文件夾，可在文末付費(fèi)后領(lǐng)取。

加載相應(yīng)R依賴包

library(SingleCellExperiment)

library(slingshot, quietly = TRUE)

library(RColorBrewer)

library(Seurat)

library(ggplot2)

library(uwot)

library(mclust, quietly = TRUE)

library(grDevices)

數(shù)據(jù)導(dǎo)入

數(shù)據(jù)我們使用10X?Genomics免費(fèi)提供的外周血單核細(xì)胞(PBMC)數(shù)據(jù)集，下載路徑：cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k。然后進(jìn)行常規(guī)的單細(xì)胞分析，相應(yīng)參數(shù)根據(jù)大家自己的數(shù)據(jù)做改變。

Slingshot分析

接下來開始slingshot的分析，首先設(shè)定種子方便后續(xù)重復(fù)分析結(jié)果，然后利用SingleCellExperiment函數(shù)創(chuàng)建分析對象sce。

這里我們利用TSNE的方法來演示，也可以選用PCA或者UMAP等方法。然后利用slingshot函數(shù)進(jìn)行Slingshot擬時(shí)序分析。

利用自建函數(shù)cell_pal根據(jù)分群信息給每一個(gè)細(xì)胞賦予顏色。

最后出結(jié)果圖。

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件，請掃碼聊天框回復(fù) “B36”領(lǐng)取！

寫在文末：

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