本人完全菜雞小白，從頭研究這玩意，找個(gè)地方記錄一下

感覺能遇到的問題基本都遇到了。。真是服了

不支持win的軟件真的難搞啊。。對于菜雞來說

主要參考?

https://rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build

https://www.pyrosetta.org/downloads/windows-10

https://bioinformaticsreview.com/20210908/installing-rosetta-on-ubuntu/

https://www.youtube.com/watch?v=UEaFmUMEL9c

以及問GTP一堆問題

wsl?安裝Ubuntu

設(shè)置wsl：參考?https://www.pyrosetta.org/downloads/windows-10

裝Ubuntu

一開始直接?wsl?--install?-d?Ubuntu，但是不知道為啥裝g++以及pip3的時(shí)候依賴庫就不符合要求了。。好像版本有點(diǎn)高，于是卸了重裝20.04版本。。但是后面又用22.04版本又行了。。

安裝命令：

wsl?--install?-d?Ubuntu-20.04

出問題就 wsl?--unregister?ubuntu?重裝

powershell?輸入wsl 能切換成 wsl 模式

設(shè)置網(wǎng)絡(luò)連接

使用sudo update時(shí)候死活連不上一直顯示Ign1，查一堆資料說換源，換了一堆還是不行，不同Ubuntu版本源也不行。。不知從哪里看了想到ping一下發(fā)現(xiàn)連百度都上不了。。研究半天發(fā)現(xiàn)是要改DNS。。懶得研究為啥改了就行了。。

必須更改dns：

sudo?vim?/etc/resolv.conf

找一個(gè)DNS改上去例如??223.5.5.5????180.76.76.76

shift+i?編輯，esc回命令行，:wq!?保存退出，:q!不保存退出

ping?www.baidu.com?檢查網(wǎng)絡(luò)連接

更改源（其實(shí)不改也行。。

sudo?vim?/etc/apt/sources.list

全刪了網(wǎng)上找ubuntu鏡像源改上去就行

:1,5d?刪除1-5行

Ubuntu必要的安裝

本來g++和gcc分開來裝但是總是說依賴庫版本有問題。。查了說直接裝build-essential然而連這個(gè)都裝不上了。。試圖用aptitude裝但是完全沒有用。。懷疑是ubuntu版本高了，卸了ubuntu重裝20.04版本然后直接裝build-essential結(jié)果就好了。。到最后也不知道是為什么。。真就解決辦法就是重裝。。

命令：

sudo?apt?update

sudo?apt?upgrade

sudo?apt?install?build-essential? 編譯相關(guān)

sudo?apt?install?zlib1g-dev 解壓縮相關(guān)

sudo?apt?install?aptitude? 不裝也行。。

cd?/ 打開根目錄

打開 c 盤的路徑：

/mnt/c/

python安裝

一開始裝的最新版3.11結(jié)果pip3裝不上去要求版本低于3.9 。。于是卸了改裝3.8 。。但是后來重裝Ubuntu20.04發(fā)現(xiàn)其實(shí)3.10也是可以的（pyrosetta最新支持到3.10）。。于是又把3.10設(shè)置為默認(rèn)。。

python版本：

sudo?ls?-l?/usr/bin?|?grep?python?????列出所有版本

sudo?apt?remove?python3??????卸載當(dāng)前版本

sudo?add-apt-repository?ppa:deadsnakes/ppa?????添加python源

sudo?apt?update

sudo?apt?python3.10?????安裝python3.10

設(shè)置默認(rèn)使用的python版本：

sudo?update-alternatives?--install?/usr/bin/python3?python3?/usr/bin/python3.8?1?

sudo?update-alternatives?--install?/usr/bin/python3?python3?/usr/bin/python3.10?2?

sudo?update-alternatives?--config?python3?

python3?--version????出現(xiàn) 3.10.13 搞定。。

設(shè)置默認(rèn)python命令指向3.10后還需要更新包：

sudo?apt?install?python3.10-distutils

否則后面裝pyrosetta會出錯(cuò)。。

能成功下載以下包就行（pyrosetta需要）

sudo?apt-get?install?ipython3?python3-setuptools?python3-pip

需要設(shè)置將python指向python3，否則編譯會有問題

sudo?ln?-s?/usr/bin/python3?/usr/bin/python

python?--version????出現(xiàn)?3.10.13 搞定。。

裝Rosetta

下載 scons 用于編譯

sudo?apt?install?scons

下載 source 版本rosetta，將壓縮包放到目標(biāo)文件夾例如 /ros，進(jìn)入/ros 文件夾。

cd /mnt/c/ros

一定要用命令解壓縮，右鍵直接解壓會缺少需要管理員權(quán)限才能解壓的文件導(dǎo)致編譯出錯(cuò)。。然后又得重新解壓。。真給我搞暈了

解壓不了則安裝解壓縮相關(guān)包：

sudo?apt?update

sudo?apt?install?--reinstall?libbz2-1.0=1.0.8-2

sudo?apt?install?bzip2

bz2格式解壓縮命令：

sudo?tar?-xvjf?rosetta.source.release-351.tar.bz2

v會輸出解壓的文件名，直接 -xjf 就啥也不輸出

別動(dòng)它。。解壓縮很久，解完會出現(xiàn)用戶命令行

進(jìn)入解壓縮后的文件夾

cd rosetta.source.release-351/main/source/

編譯前要先讓 python命令 指向 python3，否則編譯出錯(cuò)。

進(jìn)行編譯：

sudo?python?./scons.py?-j?8?mode=release?bin

-j 8是使用 8核 編譯

需要幾小時(shí)，睡前運(yùn)行起床后好了

檢測編譯成功：

進(jìn)入source運(yùn)行相關(guān)命令?

cd source

./bin/AbinitioRelax.default.linuxgccrelease

報(bào)錯(cuò)說要sequence例如FASTA?說明成功（因?yàn)閳?bào)錯(cuò)來自rosetta）

參考：https://www.youtube.com/watch?v=UEaFmUMEL9c

pyrosetta

參考：https://www.pyrosetta.org/downloads/windows-10

需要先下載相關(guān)包

sudo?apt-get?install?ipython3?python3-setuptools?python3-pip

下載了.linux 版本后發(fā)現(xiàn)官方推薦下載 linux.wheel 版本（https://www.pyrosetta.org/downloads/windows-10#h.z22mu2rkzun 的 “c.?Download the appropriate Linux Release wheel, based on your Python version” 特么的寫的那么小。。），然而試圖下載這個(gè)版本半天下不下來，只好用.linux 的裝了。因?yàn)橛肞ython3.10所以下載310的包。

進(jìn)入存放壓縮包的文件夾，解壓縮：

sudo?tar?-xvjf?PyRosetta4.Debug.python310.linux.release-355.tar.bz2

需要幾十分鐘

安裝：

cd PyRosetta4.Debug.python310.linux.release-355/setup

sudo?python?setup.py?install

需要幾個(gè)小時(shí)。。十二點(diǎn)開始晚上七八點(diǎn)回來發(fā)現(xiàn)好了

測試：

cd ../

vim?test.py

from?pyrosetta?import?*

init()

退出，執(zhí)行

python?test.py

運(yùn)行需要一兩分鐘

或者直接打開python，輸入import?pyrosetta;?pyrosetta.init().

沒報(bào)錯(cuò)就成功