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生信人R語言學(xué)習(xí)必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

Maker是一個強大的開源的基因組注釋工具

它能夠識別并屏蔽重復(fù)元素，將 EST 與基因組對齊，將蛋白質(zhì)與基因組對齊，產(chǎn)生從頭基因預(yù)測，將這些數(shù)據(jù)合成為最終注釋及為下游注釋管理生成基于證據(jù)的質(zhì)量值。

Maker的注釋過程是基于多種不同的數(shù)據(jù)源，包括比對、同源性搜索、統(tǒng)計模型等，這些方法能夠提高注釋的準確性和可靠性。

同時，Maker的多線程處理能力能夠有效利用計算資源，提高注釋速度，尤其是對于大型基因組注釋任務(wù)而言，因此它還具有高效性，本期小果來分享用Maker進行基因組注釋的過程，一起學(xué)習(xí)吧~

利用miniconda進行安裝

（安裝miniconda可以看往期教程）

注意：這里用到conda的channel來安裝軟件包，沒有安裝channel的話可以參靠下面：

手動安裝

下載地址揚德爾實驗室 (utah.edu)，輸入郵箱直接獲取免費下載地址。

解壓縮在當期目錄生成一個maker文件夾

接下來可以查看INSTALL進行安裝，一般easy?install就能解決

cat?INSTALL

進入maker的安裝目錄

運行perl Build.PL進行配置，然后遇到選項只需按回車鍵接受默認配置選項即可

最后輸入 ./Build install以完成安裝。

根據(jù)說明文檔，如果發(fā)生任何錯誤，使用./Build文件命令重試失敗的部分（即'./Build installdeps'和'./Build installexes'），或者按照報錯安裝手動安裝缺少的模塊或程序。使用./Build status查看可用命令。

在?MAKER?目錄下，運行以下命令測試?MAKER?是否安裝成功：

如果輸出了?MAKER?的幫助信息，則表示?MAKER?安裝成功。

安裝成功后輸入maker命令即可運行，此時運行是默認配置，需要根據(jù)自己的需求修改maker配置文件。

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