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分子生物學(原書第五版)

2023-08-29 09:18 作者:我要吃那朵棉花糖  | 我要投稿

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譯者序
序言
致謝
分子生物學實驗技術目錄
第Ⅰ部分 導論
第1章 分子生物學簡史
1.1 傳遞遺傳學
孟德爾的遺傳定律
遺傳的染色體理論
遺傳重組和遺傳定位
重組的物理學證據(jù)
1.2 分子遺傳學
DNA的發(fā)現(xiàn)
基因和蛋白質(zhì)之間的關系
基因的行為
1.3 生命的三個域
第2章 基因的分子特性
2.1 遺傳物質(zhì)的特性
細菌轉(zhuǎn)化
多核苷酸的化學本質(zhì)
2.2 DNA結構
實驗背景
雙螺旋
2.3 RNA基因
2.4 核酸的物理化學性質(zhì)
DNA結構的多樣性
不同大小和形狀的DNA
第3章 基因功能簡介
3.1 儲存信息
基因表達的總體過程
蛋白質(zhì)結構
蛋白質(zhì)功能
信使RNA的發(fā)現(xiàn)
轉(zhuǎn)錄
翻譯
3.2 復制
3.3 突變
鐮狀細胞貧血病
第Ⅱ部分 分子生物學方法
第4章 分子克隆方法
4.1 基因克隆
限制性內(nèi)切核酸酶的作用
載體
用特異性探針鑒定目的克隆
cDNA克隆
cDNA末端快速擴增
4.2 聚合酶鏈反應
標準PCR
用反轉(zhuǎn)錄酶PCR進行cDNA克隆
實時定量PCR
4.3 表達克隆基因的方法
表達載體
其他真核載體
利用Ti質(zhì)粒將基因?qū)胫参?br>第5章 研究基因和基因活性的分子工具
5.1 分子的分離
凝膠電泳
雙向凝膠電泳
離子交換層析
凝膠過濾層析
親和層析
5.2 示蹤標記
放射自顯影
磷屏成像
液體閃爍計數(shù)器
非放射性示蹤
5.3 核酸雜交的應用
Southern印跡:鑒定特異DNA片段
DNA指紋和DNA分型
DNA指紋和DNA分型在法醫(yī)學中的應用
原位雜交:基因在染色體中的定位
免疫印跡(Western印跡)
5.4 DNA測序和物理圖
Sanger鏈末端終止測序法
自動化DNA測序
高通量測序
限制圖
5.5 基于克隆基因的蛋白質(zhì)工程:定點誘變
5.6 圖譜定位與轉(zhuǎn)錄物定量
Northern印跡
S1核酸酶作圖
引物延伸法
截斷轉(zhuǎn)錄和無G盒轉(zhuǎn)錄
5.7 測定體內(nèi)轉(zhuǎn)錄速率
細胞核連綴轉(zhuǎn)錄
報告基因轉(zhuǎn)錄
測定體內(nèi)蛋白質(zhì)積累
5.8 分析DNA-蛋白質(zhì)相互作用
濾膜結合
凝膠阻滯
DNA酶足跡
DMS足跡法和其他足跡法
染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)
5.9 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用研究
5.10 尋找與其他分子相互作用的RNA序列
SELEX
功能SELEX
5.11 基因敲除和轉(zhuǎn)基因
基因敲除小鼠
轉(zhuǎn)基因小鼠
第Ⅲ部分 原核生物的轉(zhuǎn)錄
第6章 細菌的轉(zhuǎn)錄機制
6.1 RNA聚合酶的結構
σ亞基是一種特異性因子
6.2 啟動子
RNA聚合酶與啟動子的結合
啟動子結構
6.3 轉(zhuǎn)錄起始
σ因子促進轉(zhuǎn)錄起始
σ因子的再利用
σ循環(huán)的隨機模型
啟動子處DNA的局部解鏈
啟動子清除
σ因子的結構和功能
α亞基在UP元件識別中的功能
6.4 延伸
核心酶在延伸過程中的作用
延伸復合體的結構
6.5 轉(zhuǎn)錄的終止
Rho非依賴型終止
Rho依賴型終止
第7章 操縱子:細菌轉(zhuǎn)錄的精細調(diào)控
7.1 lac操縱子
lac操縱子的負調(diào)控
操縱子的發(fā)現(xiàn)
阻遏物與操縱基因間的相互作用
阻遏機制
lac操縱子的正調(diào)控
CAP的作用機制
7.2 ara操縱子
ara操縱子的阻遏環(huán)
ara操縱子阻遏環(huán)的證據(jù)
araC的自主調(diào)節(jié)
7.3 trp操縱子
色氨酸在trp操縱子負調(diào)控中的作用
衰減作用對trp操縱子的調(diào)控
衰減作用的失效
7.4 核糖開關
第8章 細菌轉(zhuǎn)錄機制的主要轉(zhuǎn)換模式
8.1 σ因子的轉(zhuǎn)換
噬菌體感染
孢子形成
擁有多啟動子的基因
其他σ因子的轉(zhuǎn)換
抗σ因子
8.2 T7噬菌體所編碼的RNA聚合酶
8.3 λ噬菌體對E.coli的感染
λ噬菌體的裂解繁殖
溶源態(tài)的建立
溶源期cI基因的自我調(diào)節(jié)
被λ噬菌體感染后寄主命運的決定:裂解或溶源
溶源菌的誘導
第9章 細菌中DNA-蛋白質(zhì)的相互作用
9.1 λ阻遏物家族
利用定點突變探測結合的專一性
λ阻遏物-操縱基因相互作用的高分辨率分析
434噬菌體阻遏物-操縱基因相互作用的高分辨率分析
9.2 trp阻遏物
色氨酸的作用
9.3 對蛋白質(zhì)-DNA相互作用的一般性認識
四個不同堿基對的氫鍵形成能力
多聚DNA結合蛋白的重要性
9.4 DNA結合蛋白:遠程作用
Gal操縱子
重復的λ操縱基因
增強子
第Ⅳ部分 真核生物的轉(zhuǎn)錄
第10章 真核生物的RNA聚合酶及其啟動子
10.1 真核生物RNA聚合酶的多種形式
三類細胞核聚合酶的分離
三類RNA聚合酶的作用
RNA聚合酶亞基結構
10.2 啟動子
Ⅱ類啟動子
Ⅰ類啟動子
Ⅲ類啟動子
10.3 增強子與沉默子
增強子
沉默子
第11章 真核生物中的通用轉(zhuǎn)錄因子
11.1 Ⅱ類因子
Ⅱ類預起始復合物
TFIID的結構和功能
TFIIB的結構和功能
TFIIH的結構和功能
中介物復合體和RNA聚合酶Ⅱ全酶
延伸因子
11.2 I類因子
核心結合因子
UPE結合因子
SL1的結構和功能
11.3 Ⅲ類因子
TFIIIA
TFIIIB和TFIIIC
TBP的作用
第12章 真核生物的轉(zhuǎn)錄激活因子
12.1 激活因子的類型
DNA結合域
轉(zhuǎn)錄激活域
12.2 激活因子DNA結合模體的結構
鋅指結構
GAL4蛋白
細胞核受體
同源異型域
亮氨酸拉鏈和螺旋-環(huán)-螺旋域
12.3 激活因子各功能域的獨立性
12.4 激活因子的功能
TFIID的募集作用
聚合酶全酶的募集
12.5 激活因子間的相互作用
二聚化作用
遠程作用
轉(zhuǎn)錄工廠
復合增強子
結構轉(zhuǎn)錄因子
增強體
絕緣子
12.6 轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控
輔激活因子
激活因子的泛素化
激活因子的SUMO修飾
激活因子的乙?;?br>信號轉(zhuǎn)導途徑
第13章 染色質(zhì)結構及其對基因轉(zhuǎn)錄的影響
13.1 染色質(zhì)結構
組蛋白
核小體
30nm纖絲
染色質(zhì)折疊的更高級結構
13.2 染色質(zhì)結構與基因活性
組蛋白對Ⅱ類基因轉(zhuǎn)錄的影響
核小體定位
組蛋白乙?;?br>組蛋白去乙?;?br>染色質(zhì)重建
異染色質(zhì)與沉默
核小體與轉(zhuǎn)錄的延伸
第Ⅴ部分 轉(zhuǎn)錄后加工
第14章 RNA加工I:剪接
14.1 斷裂基因
有關斷裂基因的證據(jù)
RNA剪接
……
第Ⅶ部分 DNA復制、重組和轉(zhuǎn)座
第Ⅷ部分 基因組

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精彩書摘

  轉(zhuǎn)錄抑制劑如(無配體核受體和Mad—Max)結合到DNA位點上,并與NCoR/SMRT、SIN3等輔阻遏物相互作用,然后與組蛋白脫酰酶(如HDAC1和HDAC2)結合。這種三元蛋白復合體的裝配使組蛋白脫酰酶更接近鄰近的核小體。核心組蛋白的去乙?;菇M蛋白的堿性尾緊密結合到附近核小體的DNA和組蛋白上,穩(wěn)定核小體,抑制轉(zhuǎn)錄。
  許多真核基因的激活需要染色質(zhì)重建。幾種不同的蛋白質(zhì)復合體執(zhí)行這一重建任務,它們都有ATPase活性,可以控制ATP水解,為染色質(zhì)重建提供能量。依據(jù)ATPase組分的不同可區(qū)分重建復合體。其中兩個研究最清楚的復合體是SWI/SNF和ISWI。哺乳動物的SWI/SNF復合體以BRG1為其ATPase,還有9~12個BRG1-相關因子(BAF)。其中一個高度保守的BAF叫做BAF155或BAF170,它具有負責組蛋白結合的SANT結構域,可幫助SWI/SNF結合到核小體上。重建復合體的ISWI家族具有SANT結構域和另一個叫做SLIDE的結構域,SLIDE結構域可能參與DNA結合。


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