構(gòu)建系統(tǒng)進化樹用到的軟件及使用方法

作者：WYL

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一、Chromas 的使用心得

①chromas可以打開的文件格式為：.ab1

②前后保留堿基長度最好為：600bp

③測序的原理為：Sanger 法

④可通過chromas獲取反向互補鏈：Edit?→Reverse+complement

⑤文件導(dǎo)出的方法為：File →Export→選擇格式（如：Fasta)

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使用視頻鏈接：https://www.bilibili.com/video/BV1sW4y1u7ed/?spm_id_from=333.999.0.0

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二、Seqman 的使用心得

第一步，在Unassembled Sequences窗口拉入序列或者通過add sequnces添加序列。

第二步，雙擊打開序列進行剪切，刪除亂峰，保留600-800bp長度。

第三步，點擊Assemble（也可不用進行第二步，直接Assmble,然后手動修改錯誤堿基）

第四步，點擊右上角Contig1，進行手動修改錯誤堿基，快捷查找鍵為：ctrl+F→

?????Conflict→find next

第五步，文件保存：contig→save consensus→ single file

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使用視頻鏈接：

https://www.bilibili.com/video/BV1My4y1M7NF/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&;vd_source=e443d420dc3998725b6124c225fe047c

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三、下載fasta文件（或者用自己的測序結(jié)果生成fasta文件）

或登入https://www.ezbiocloud.net/identify（該方法需要登入賬號和密碼）

16s-based ID→提交SEQMAN拼接合成的序列 →點第一個放大鏡→下載fasta文件

或者進入NCBI下載需要的序列

或者用自己的測序結(jié)果生成一個TXT文件，然后改為fasta文件。

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四、Mega5的使用心得

打開mega5，將下載的fasta文件導(dǎo)入，彈出窗口：選擇align(對齊）

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（然后，堿基翻譯成蛋白：Data→Translate? ? ?注：分析16S可以省略該步驟）

先序列比對：Aligment→Align by clustalw

參數(shù)不用修改。

跑完后，需要刪除多余序列：如沒有屬名種名的序列、過短的序列、刪除前后端不對齊的序列。

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接著導(dǎo)出文件：

Data?→export aligment→mega format

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最后構(gòu)建進化樹:（此處使用的是mega7或megaX）

Analysis→?phylogeny→NT tree

修改紅線部分兩個參數(shù)

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跑完出結(jié)果圖：

保存方式有兩種：

①image?→?save as image file →?pdf格式

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②file →?export current tree→?勾選以下兩項

????

最后點擊保存

保存的nwk文件，可以進入網(wǎng)站：https://www.omicsclass.com/article/671?進行進化樹美化。

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對應(yīng)視頻鏈接：https://www.bilibili.com/video/BV1SL4y1c7fe/?spm_id_from=333.999.0.0

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為什么要構(gòu)建進化樹？

https://www.bilibili.com/video/BV1iK411W74q/?spm_id_from=333.999.0.0

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