PyMol是一款強(qiáng)大的分子可視化工具，可用于分子結(jié)構(gòu)的可視化、編輯、分析和比對等方面。其功能包括：分子可視化、電子密度圖、分子對接、分子編輯、分子動力學(xué)模擬、分子結(jié)構(gòu)比對和腳本編寫等。

上一期，小云教大家安裝了PyMol，本期小云就帶大家一起學(xué)習(xí)用PyMol進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，一些基礎(chǔ)操作可以查看官網(wǎng)給出的教程（start [PyMOL Documentation]）

一、在使用之前我們需要下載蛋白結(jié)構(gòu)，以下是幾個(gè)常用的數(shù)據(jù)庫：

1.Protein Data Bank (PDB) （www.rcsb.org）：是世界上最大的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫之一，包含數(shù)萬個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的三維坐標(biāo)數(shù)據(jù)。

2.Protein Data Bank Japan (PDBj) （https://pdbj.org/?lang=zh-CN）：是日本的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，提供了與PDB類似的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和搜索功能。

3.Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) （www.wwpdb.org）：wwPDB是一個(gè)由PDB、PDBj和歐洲蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)銀行（PDBe）組成的聯(lián)合數(shù)據(jù)庫，提供了全球范圍內(nèi)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和搜索功能。

4.Protein Model Portal（www.proteinmodelportal.org）：是一個(gè)綜合性的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，包含了來自PDB和其他數(shù)據(jù)庫的數(shù)千個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型。

5.SWISS-MODEL Repository（SWISS-MODEL Repository (expasy.org)）：SWISS-MODEL Repository是一個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型數(shù)據(jù)庫，包含了來自SWISS-MODEL和其他來源的數(shù)百萬個(gè)結(jié)構(gòu)模型。

二、小云下載了兩個(gè)肌紅蛋白（myoglobin）的pdb文件。

三、下載成功后我們在PyMol打開，可以在展示窗口看到蛋白的三維結(jié)構(gòu)

四、在Pymol命令行中輸入以下命令以選擇需要對齊的部分，為了更直觀，可以在最右側(cè)C欄改變蛋白展示出的顏色。Name是你文件的名稱

如圖，兩個(gè)蛋白重疊在了一起，因?yàn)槎际羌〖t蛋白所以重疊度很高，我們可以放大查看細(xì)節(jié)。

再打開一個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)

輸入align name3, name1

可以看到三個(gè)蛋白都重疊在了一起，通過點(diǎn)擊右側(cè)欄的蛋白名稱可以隱藏其中某個(gè)或某幾個(gè)蛋白

是不是很簡單呢~

后記：

如果有生信分析的需要可以看看我們推出的生信云平臺哦

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