? ? ? ?Genewise是Wise2軟件的核心程序，在官網(wǎng)上自我介紹時說自己是?Ensembl的pipeline?程序，有網(wǎng)友提到這是一個非常老的軟件，最新版本開發(fā)出來也有10多年了，但是目前還是有很多公司用他進(jìn)行基因組注釋，我也只好先安裝，過段時間有數(shù)據(jù)了好重復(fù)一下公司給反饋的結(jié)果。因為時間的原因，這次只記錄安裝過程。?????? Genewise主要用于將蛋白質(zhì)序列和DNA序列進(jìn)行比對，從而對DNA序列上的編碼區(qū)進(jìn)行預(yù)測。

軟件下載及安裝

1.官網(wǎng)下載地址https://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/

$ wget http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/wise2.4.1.tar.gz

$ tar -zxvf wise2.4.1.tar.gz

$ cd wise2.4.1/src

2.然后將將src目錄下所有makefile中的glib-config替換成glib-2.0$ find . -name?makefile | xargs sed -i 's/glib-config/pkg-config glib-2.0/'3.替換genewise使用庫中函數(shù)名發(fā)生改變的部分，例如getline,現(xiàn)在是getline_ReadSeqVar$ perl -p -i -e's/getline/getline_ReadSeqVars/g' ./HMMer2/sqio.c$ perl -p -i -e 's/isnumber/isdigit/'models/phasemodel.c4. 將csh改成sh$ perl -p -i-e's/csh welcome.csh/sh welcome.csh/'?makefile5. make編譯$ make all,? 后會顯示下圖，然后注意紅框部分，建立一個運行環(huán)境，路徑也給你寫好了（還算友好）。

$ export WISECONFIGDIR=/public/home/lvqiang/software/wise2.4.1/wisecfg/?????? 當(dāng)然，后面加入不加入環(huán)境變量看個人習(xí)慣了，一些不是很常用的軟件，我覺得沒必要往里加，進(jìn)入bin/目錄：$ ./genewise -help 看一下，如下圖，顯示幫助信息，安裝成功：

? ? ? ? ?里面參數(shù)含義及使用辦法，結(jié)果解讀，等我有了自己數(shù)據(jù)時再寫一篇詳細(xì)介紹了。附：發(fā)現(xiàn)用手機(jī)看，命令行部分會出現(xiàn)排版問題，復(fù)制鏈接到網(wǎng)頁就沒問題了，剛開始學(xué)習(xí)階段，時間比較緊張，以后逐步提高文章質(zhì)量吧。
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