【維真知識(shí)】小白快速上手！siRNA的設(shè)計(jì)
siRNA的設(shè)計(jì)原則
1. 靶點(diǎn)序列長度在19-21nt左右，序列過長會(huì)導(dǎo)致與其他mRNA非特異性結(jié)合的概率增大。
2. 3’末端突出堿基推薦選擇UU，能增強(qiáng)siRNA 雙鏈復(fù)合體的穩(wěn)定性。
3. siRNA序列中G/C含量在30%～52%。
4. siRNA 中應(yīng)避免連續(xù)的單一堿基和反向重復(fù)序列，連續(xù)的G和C可能降低雙鏈RNA 的內(nèi)在穩(wěn)定性。
5. 設(shè)置非靶向生物已知基因的序列，作為非靶向?qū)φ铡?/p>
6. 考慮siRNA的熱力學(xué)值，選擇熱力學(xué)上有利于反義siRNA與RISC結(jié)合的siRNA靶點(diǎn)，有助于提高基因沉默效率。
siRNA的設(shè)計(jì)步驟
siRNA設(shè)計(jì)可分為兩個(gè)部分：
1. siRNA序列設(shè)計(jì)：siRNA序列設(shè)計(jì)需要遵循的原則較多，但在實(shí)際的設(shè)計(jì)過程中，會(huì)有siRNA設(shè)計(jì)網(wǎng)站或軟件輔助設(shè)計(jì)，并根據(jù)我們的基因序列給出多個(gè)siRNA供選擇，推薦選擇分?jǐn)?shù)較高的幾個(gè)siRNA序列用于后續(xù)特異性驗(yàn)證。
常用的siRNA設(shè)計(jì)網(wǎng)站有：https://sirna.wi.mit.edu/home.php（需注冊(cè)，能給出siRNA的熱力學(xué)差異）；https://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/sirna.pl（無需注冊(cè)，序列要求在250bp以內(nèi)）。
2. siRNA序列特異性驗(yàn)證：在NCBI通過BLAST驗(yàn)證靶向特異性，從中選擇特異性較好的用于實(shí)驗(yàn)。
NCBI中BLAST的參數(shù)選擇：BLAST首頁選擇nucleotide to nucleotide，BLAST參數(shù)頁面輸入siRNA序列，數(shù)據(jù)庫選擇Genomic+transcript databases，BLAST結(jié)果中siRNA靶向其它基因錯(cuò)配數(shù)越大，特異性越好。
