R語言關(guān)聯(lián)規(guī)則Apriori對抗腫瘤中藥數(shù)據(jù)庫知識發(fā)現(xiàn)研究
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原文出處:拓端數(shù)據(jù)部落公眾號
腫瘤是近年來嚴(yán)重威脅人類的健康的疾病,據(jù)統(tǒng)計,目前大部分種類的腫瘤都呈現(xiàn)不同程度的上升趨勢,中國因患腫瘤而死亡的人數(shù)約占全球腫瘤死亡總?cè)藬?shù)的1/4左右,人類正面臨著腫瘤防治的新挑戰(zhàn)?,F(xiàn)代醫(yī)學(xué)治療腫瘤的手段和方式已經(jīng)日臻完善,主要為手術(shù)配合放、化療聯(lián)合治療。
但傳統(tǒng)西醫(yī)治療在提高緩解率的同時易產(chǎn)生較強(qiáng)的毒副作用與耐藥性。作為傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)主體的中醫(yī)藥與西醫(yī)相結(jié)合辨證施治,在提高療效、緩解不良反應(yīng)等方面有其獨(dú)特的優(yōu)勢。
本研究幫助客戶在收集數(shù)據(jù)建立抗腫瘤中藥數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)上,運(yùn)用數(shù)學(xué)模型探尋抗腫瘤中藥性效關(guān)系及現(xiàn)代藥理學(xué)研究,為抗腫瘤中醫(yī)及中西醫(yī)綜合治療的臨證用藥提供理論依據(jù)。
讀取數(shù)據(jù)
siqi=read.xlsx("性效挖掘一列0616 2.xlsx",sheet=1 ) ?wuwei=read.xlsx("性效挖掘一列0616 2.xlsx",sheet=2 ) ?guijing=read.xlsx("性效挖掘一列0616 2.xlsx",sheet=3 ) ?duxing=read.xlsx("性效挖掘一列0616 2.xlsx",sheet=4 ) ?gongneng =read.xlsx("性效挖掘一列0616 2.xlsx",sheet=5 )
(一)頻數(shù)統(tǒng)計
四氣、五味、歸經(jīng)、有(無)毒、藥理功能基礎(chǔ)分析
(1)抗腫瘤中藥四氣、五味、歸經(jīng)、有無毒性、功能、藥理作用→頻數(shù)統(tǒng)計(?or?數(shù)據(jù)分布)
(四氣、五味、歸經(jīng)、有毒無毒考慮數(shù)字、直方圖、餅圖表示)
繪制直方圖
barplot(table(unlist(x[,2]))) ?? tab1=table(unlist(x[,2])) ?? tab2=table(unlist(x[,2]))/sum(table(unlist(x[,2]))) ?? ?? res=cbind(tab1,tab2) ?? colnames(res)=c("頻數(shù)","頻率")
a_df3=merge(siqi,wuwei,by="流水號" ) ?a_df3=merge(a_df3,guijing,by="流水號" )
交叉表
藥味和四氣那兩列要和功效分別做兩張這種圖
tab=table(a_df$功能,a_df$四氣) ?for(i in 1:ncol(tab)){
導(dǎo)出為excel文件:
(二)關(guān)聯(lián)規(guī)則
對經(jīng)典的?Apriori?算法進(jìn)行改進(jìn),編程實(shí)現(xiàn)雙向強(qiáng)關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘方法,采用此方法分析藥?-?藥性?-?功效之間的聯(lián)系
將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成事務(wù)類型
for(i in 2:ncol(a_df3))a_df3[,i]=as.factor(a_df3[,i])rulesmodel=function(X){ ?rules <- sort(rules, by="support") ?arules::inspect(head(rules, n=20)) ?#查看最高置信度樣本規(guī)則 ?rules <- sort(rules, by="confidence")
(1)藥性?功效關(guān)聯(lián)性分析
1)藥性關(guān)聯(lián)性分析
①四氣、五味??
rulesmodel(c("四氣","五味"))
②四氣、歸經(jīng)
2)藥性**-**?功效關(guān)聯(lián)性分析
①四氣、功能
④四氣、五味、歸經(jīng)、功能→綜合分析
◎?用網(wǎng)絡(luò)圖表示。用表格?圖片類似下圖。
rulesmodel(c("四氣","五味","歸經(jīng)"))
四個比較有兩個,一個是(性-味-歸經(jīng)-毒性),用頻繁項(xiàng)集和圓圈圖。
rulesmodel(c("四氣","五味","歸經(jīng)","毒性"))
(性-味-歸經(jīng)-功能)的做頻繁項(xiàng)集和網(wǎng)絡(luò)圖,做成關(guān)系網(wǎng)
rulesmodel(c("四氣","五味","歸經(jīng)","功能"))
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