零代碼 | 預測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的順式作用元件
為什么要研究轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的順式作用元件
真核生物轉(zhuǎn)錄起始過程十分復雜，往往需要多種蛋白因子的協(xié)助，轉(zhuǎn)錄因子與RNA聚合酶Ⅱ形成轉(zhuǎn)錄起始復合體，共同參與轉(zhuǎn)錄起始的過程。根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子的作用特點可分為二類；第一類為普遍轉(zhuǎn)錄因子,它們與RNA聚合酶Ⅱ共同組成轉(zhuǎn)錄起始復合體時，轉(zhuǎn)錄才能在正確的位置開始。除TFⅡD以外，還發(fā)現(xiàn)TFⅡA，TFⅡB，TFⅡF，TFⅡE，TFⅡH等，它們在轉(zhuǎn)錄起始復合體組裝的不同階段起作用。第二類轉(zhuǎn)錄因子為組織細胞特異性轉(zhuǎn)錄因子，這些TF是在特異的組織細胞或是受到一些類固醇激素\生長因子或其它刺激后，開始表達某些特異蛋白質(zhì)分子時，才需要的一類轉(zhuǎn)錄因子。
那今天來講一種比較研究比較經(jīng)典的，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基因啟動子區(qū)域順式作用元件來調(diào)控基因的表達！
為了搞清楚基因的功能機理，我們一般是需要分析其上游結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子是什么，和什么具體的作用元件結(jié)合來行使功能，是轉(zhuǎn)錄激活還是轉(zhuǎn)錄抑制？這些具體的功能可以通過酵母單雜交，體內(nèi)啟動子活性實驗進行驗證。
轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)據(jù)庫
轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫Plant Transcription Factor Database（
收集了165個物種，單子葉雙子葉都有，比較齊全，分析的轉(zhuǎn)錄因子也非常全面！
這對一些小伙伴分析轉(zhuǎn)錄因子的同源家族基因，進行基因家族分析非常的友好，序列可以直接下載，以擬南芥為例。
擬南芥一共2296個轉(zhuǎn)錄因子基因，被分成58個家族，每個家族基因的列表可以直接點擊下載。
plntpan2
大部分人不知道的網(wǎng)站，需要研究上游靶基因的可以去預測一下，看有沒有你感興趣的轉(zhuǎn)錄因子，plantpan2網(wǎng)址：
轉(zhuǎn)錄因子家族信息：
具體物種信息：
這個版本是可以直接輸入你感興趣的順式作用元件查找具體可以結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子，如輸入一個GTAC順式作用元件。
可以根據(jù)物種找到具體的轉(zhuǎn)錄因子。
plantpan4功能比plantpan2更加強大，全面，大家也可以收藏研究。
植物啟動子分析導航(PlantPAN)為檢測植物啟動子或一組啟動子中的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(TFBSs)、相應的tf和其他重要調(diào)控元件(CpG島和串聯(lián)重復序列)提供了信息資源。PlantPAN 4.0為115種植物的TFBS預測和啟動子序列提供了非冗余的3428矩陣。
可以根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子找結(jié)合順式作用元件，也可以根據(jù)啟動子順式作用元件找上游轉(zhuǎn)錄因子。
通過啟動子找上游轉(zhuǎn)錄因子
可以看到很多的結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子：
可以看下生信石頭公眾號推文：零基礎(chǔ) | 基于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合 Motif 的基因間調(diào)控關(guān)系預測。
簡單發(fā)下流程：1、下載2個插件
2、Plant TF Binding Motif Shift
借用陳博士的圖片，我設(shè)置8線程，1-2小時左右跑完全部的蛋白數(shù)據(jù)庫。
運行完成后，可以看到輸出文件。
3、Fimo Binding Site Scan
還是借用一下陳博士的圖片，得到結(jié)果。
具體詳細流程可以去看原文，兩種方法相輔相成，為我們科研助力！
按上述要求操作，你就能得到發(fā)表級別的圖片，如果需要示例文件及中間結(jié)果文件，請私信加小編微信，免費提供！
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