大家好，這里是專注表觀組學(xué)十余年，領(lǐng)跑多組學(xué)科研服務(wù)的易基因。

關(guān)于m6A甲基化研究思路
（1）整體把握m6A甲基化圖譜特征：m6A peak數(shù)量變化、m6A修飾基因數(shù)量變化、單個(gè)基因m6A peak數(shù)量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修飾基因的功能分析
（2）篩選具體差異m6A peak和基因：差異m6A peak鑒定、非時(shí)序數(shù)據(jù)的分析策略、時(shí)序數(shù)據(jù)的分析策略、差異m6A修飾基因的功能分析、差異m6A修飾基因的PPI分析、候選基因的m6A修飾可視化展示
（3）m6A甲基化組學(xué)&轉(zhuǎn)錄組學(xué)關(guān)聯(lián)分析：Meta genes整體關(guān)聯(lián)、DMG-DEG對(duì)應(yīng)關(guān)聯(lián)、m6A修飾目標(biāo)基因的篩選策略
（4）進(jìn)一步驗(yàn)證或后期試驗(yàn)
PS：m6A、m1A、m7G等IP測(cè)序法的數(shù)據(jù)挖掘思路類似

一、m6A甲基化圖譜分析
（1）m6A peak數(shù)量、m6A修飾基因數(shù)量的比較

• m6A peak數(shù)量能反應(yīng)樣本整體的甲基化水平。

• 但峰數(shù)量差異不大并不能說(shuō)明樣本間甲基化圖譜沒(méi)有差異。

（2）基因上m6A peak平均數(shù)量分析

（3）m6A peak在各基因元件上的分布

• 不同基因組元件（5’UTR、CDS和3’UTR）的m6A甲基化水平分布規(guī)律不同。

• 特別是在不同物種中，基因元件的甲基化水平可能自身的特點(diǎn)。

一般主要分布在CDS區(qū)和3‘UTR區(qū)

(4)?m6A peak的motif分析
跟物種有關(guān)：
動(dòng)物和酵母主要是RRACH（R = G or A；H = A,C, or U）
擬南芥和番茄主要是UGUAYY（Y = A, G, U, or C）

（5）m6A修飾基因的鑒定和功能分析

二、差異m6A peak分析
（1）非時(shí)間序列數(shù)據(jù)：

（2）時(shí)間序列數(shù)據(jù)：

（3）差異m6A peak關(guān)聯(lián)基因的PPI分析

（4）感興趣基因的差異m6A peak展示

三、組學(xué)關(guān)聯(lián)分析：m6A甲基化組學(xué)&轉(zhuǎn)錄組學(xué)
（1）Meta genes整體關(guān)聯(lián)

• 同一樣本/組別內(nèi)，所有基因的表達(dá)水平與對(duì)應(yīng)基因的m6A富集程度、m6A peak數(shù)量進(jìn)行關(guān)聯(lián)。

• 組間的m6A peak變化趨勢(shì)也可以關(guān)聯(lián)。

（2）DMG-DEG對(duì)應(yīng)關(guān)聯(lián)：篩選m6A修飾的關(guān)鍵目的基因

• 功能相關(guān)

• 差異顯著

四、進(jìn)一步驗(yàn)證或后期試驗(yàn)

1. 簡(jiǎn)單驗(yàn)證

2. 全局m6A甲基化干擾實(shí)驗(yàn)（非靶向），驗(yàn)證m6A甲基化書(shū)否真的影響目標(biāo)基因表達(dá)和細(xì)胞功能

3. 靶向目標(biāo)基因的甲基化/去甲基化實(shí)驗(yàn)，檢測(cè)某區(qū)域m6A修飾是否真的影響目標(biāo)基因的表達(dá)

4. 研究目標(biāo)基因的m6A甲基化如何影響目標(biāo)基因表達(dá)

5. m6A修飾目標(biāo)基因的表達(dá)回復(fù)實(shí)驗(yàn)

6. 研究特定m6A Readers通過(guò)結(jié)合目標(biāo)基因RNA而影響目標(biāo)基因的蛋白表達(dá)

關(guān)于m6A RNA甲基化研究進(jìn)一步驗(yàn)證或后期試驗(yàn)的下游實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)詳細(xì)內(nèi)容，敬請(qǐng)關(guān)注下期推送！

關(guān)于易基因RNA m6A甲基化測(cè)序(MeRIP-seq)技術(shù)
易基因MeRIP-seq技術(shù)利用m6A特異性抗體富集發(fā)生m6A修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結(jié)合高通量測(cè)序，可以對(duì)RNA上的m6A修飾進(jìn)行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，最低僅需1μg總RNA。廣泛應(yīng)用于組織發(fā)育、干細(xì)胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應(yīng)答、癌癥發(fā)生與發(fā)展、藥物應(yīng)答等研究領(lǐng)域；可應(yīng)用于動(dòng)物、植物、細(xì)胞及組織的m6A檢測(cè)。
大樣本量m6A-QTL性狀關(guān)聯(lián)分析，傳統(tǒng)MeRIP單個(gè)樣品價(jià)格高，通常難以承擔(dān)。易基因開(kāi)發(fā)建立MeRIP-seq2技術(shù)，顯著提成IP平行性，實(shí)現(xiàn)不同樣本間相對(duì)定量，降低檢測(cè)成本。

易基因提供適用于不同科研需求的MeRIP技術(shù)：

• m6A甲基化-常量mRNA 甲基化測(cè)序（MeRIP-seq）

• m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測(cè)序（lnc-MeRIP-seq）

• m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測(cè)序（Micro-lnc-MeRIP-seq）

• 高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化測(cè)序（MeRIP-seq2）

技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

• 起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，最低僅需1μg總RNA；

• 轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)：可以同時(shí)檢測(cè)mRNA和lncRNA；

• 樣本要求：可用于動(dòng)物、植物、細(xì)胞及組織的m6A檢測(cè)；

• 重復(fù)性高：IP富集重復(fù)性高，最大化降低抗體富集偏差；

• 應(yīng)用范圍廣：廣泛應(yīng)用于組織發(fā)育、干細(xì)胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應(yīng)答、癌癥的發(fā)生與發(fā)展、藥物應(yīng)答等研究領(lǐng)域。

研究方向：
m6A甲基化目前主要運(yùn)用在分子機(jī)制的理論性研究

• 疾病發(fā)生發(fā)展：腫瘤、代謝疾?。ㄈ绶逝?糖尿病）、神經(jīng)和精神疾?。ㄈ绨柶澓ＤY/抑郁癥）、炎癥…

• 發(fā)育和分化：早期胚胎發(fā)育、個(gè)體/組織/器官生長(zhǎng)發(fā)育、干細(xì)胞分化與命運(yùn)決定、衰老

環(huán)境暴露與響應(yīng)：污染、抗逆、生活方式
易基因科技提供全面的RNA甲基化研究整體解決方案，技術(shù)詳情了解請(qǐng)致電易基因。