1. 猴痘病毒分支與源頭

研究組為迅速了解2022年爆發(fā)MPXV的系統(tǒng)發(fā)生位置和進化趨勢，運用鳥槍宏基因組學集中分析了葡萄牙于2022年5月20日公布的第一個與爆發(fā)相關(guān)的MPXV基因組序列，證實了2022年爆發(fā)的病毒屬于MPXV分支3（為西非分支，也包括分支2）。來自分支2和3的MPXV通常有<1%的病死率（CFR），與來自分支1（為中部非洲或剛果盆地分支）的病毒對比，后者病死率更高。到目前為止，所有爆發(fā)的MPXV毒株的測序結(jié)果表明正在進行的疫情源頭，指向分支3。

2022年發(fā)現(xiàn)的MPXV序列可能表明了2017-2018年尼日利亞猴痘病毒的持續(xù)傳播和演變?？紤]到潛伏期約為5-21天，即時識別猴痘病毒并阻止傳播具有挑戰(zhàn)性。

2. APOBEC3酶介導的猴痘病毒突變

據(jù)統(tǒng)計，2022年MPXV與2018-2019年病毒的平均差異為50個單核苷酸多態(tài)（SNP），這遠超（大約6-12倍）人們對正痘病毒替換數(shù)的估計（每個基因組每年1-2個替換）。不同的分支可能代表著加速進化，將2022年MPXV與參考序列比對時發(fā)生了三個氨基酸的改變（D209N、P722S和M1741I）。血清學研究表明，猴痘B21蛋白可能是一個重要的抗體靶標，具有幾個關(guān)鍵的免疫顯性表位。

我們發(fā)現(xiàn)突變譜顯示出強烈的突變傾向，并出現(xiàn)GA→AA和TC→TT的核苷酸替換。高突變特征可能表明載脂蛋白B mRNA編輯催化APOBEC3酶在病毒基因組編輯中的潛在作用。胞嘧啶脫氨酶（APOBEC3酶）可以在病毒感染時上調(diào)，通過脫氨酶和脫氨酶非依賴機制引入突變來抑制廣泛的病毒。在較低的脫氨基水平時，APOBEC3酶介導的突變可能不會完全破壞病毒，因此可能產(chǎn)生高度突變變體。

進一步的系統(tǒng)基因組分析揭示了這種病毒在人與人之間傳播過程中的微進化跡象。在MPXV暴發(fā)毒株的七個直接后代系統(tǒng)發(fā)育分支中，發(fā)現(xiàn)PT0005和PT0008這兩個序列每個都帶有額外的SNP。來自葡萄牙的序列中的大多數(shù)新出現(xiàn)的SNPs并不是100%固定在病毒群體中（頻率為75-95%），這表明病毒群體多樣性的存在及MPXV分支和微進化將成為研究的優(yōu)先目標。

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結(jié)論

基因組和系統(tǒng)基因組數(shù)據(jù)為2022年MPXV爆發(fā)毒株的進化軌跡提供了證據(jù)，并闡明人類適應(yīng)的潛在機制。觀察到的MPXV加速進化，可能是由APOBEC3酶推動的，表明病毒基因組測序可提供足夠的證明來跟蹤MPXV的傳播和進化。

?Isidro J, Borges V, Pinto M, et al. Phylogenomic characterization and signs of microevolution in the 2022 multi-country outbreak of monkeypox virus [published online ahead of print, 2022 Jun 24].?