病人對(duì)藥物的反應(yīng)情況通常是一個(gè)很復(fù)雜的現(xiàn)象，由遺傳因素和環(huán)境共同決定著。所以研究者通常認(rèn)為我們要想預(yù)測藥物作用就得收集盡可能多的信息，比如使用全基因組范圍的snp信息來預(yù)測復(fù)雜性狀，但是癌癥患者有個(gè)特性，就是他們的染色體通常是非整倍體，所以從腫瘤樣本里面測序得到可靠的基因型其實(shí)是比較困難的。相反，量化所有基因表達(dá)情況是很容易的事，問題在于，通過芯片來量化基因表達(dá)情況的重復(fù)性不太好，尤其是不同公司的芯片。

?因此，開發(fā)pRRophetic包的作者選取了Cancer Genome Project (CGP) 數(shù)據(jù)庫里面收錄的 700多種細(xì)胞系的 138 種藥物的作用情況，開發(fā)了用CGP數(shù)據(jù)庫的表達(dá)矩陣進(jìn)行藥物反應(yīng)預(yù)測算法。本軟件利用基因表達(dá)矩陣，通過pRRophetic包內(nèi)部算法，采用ridge包的linearRidge()函數(shù)做嶺回歸分析，從而完成對(duì)藥物的敏感性預(yù)測，進(jìn)一步結(jié)合樣本分組文件，找到不同組別下敏感性差異的藥物，為后續(xù)進(jìn)一步研究提供參考。用戶只需要輸入基因表達(dá)矩陣、要研究的候選藥物名稱以及樣本的表型信息，軟件將自行計(jì)算出各個(gè)樣本對(duì)各個(gè)藥物的反應(yīng)敏感性IC50值，同時(shí)結(jié)合樣本分組繪制不同組別下IC50值的表達(dá)分布箱式圖。

使用方法：

?????? pRRophetic.R ?-Eset= ?-drug_name= ?-sampleLabels=? -control= ?-case=

參數(shù)說明：

USAGE:

??????? pRRophetic.R -Eset=-drug_name=-sampleLabels=-control=,-case=

PARAMETERS:

??????? -Eset?? the gene expression matrix ,gene as row,sample as column ,input txt format with tab-separated.

??????? -drug_name????? the drug name of interested,the only one column is drug name that must be one of the 158 drug the package provide,input txt format with tab-separated.

??????? -sampleLabels?? the sample classification labels ,the first column is sample name which is consistent with Eset column in order,the second column is the classification labels, input txt format with tab-separated.

??????? -control??????? the label of control group,strings.

?????? ?-case?? the label of case group,strings.

操作步驟：

1、打開命令行界面，輸入“Rscript pRRophetic.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對(duì)參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入?yún)?shù)有5個(gè)，分別是-Eset，表示基因表達(dá)矩陣文件，以基因?yàn)樾校瑯颖緸榱?，保存為以Tab鍵分隔的txt文件；-drug_name 表示各個(gè)候選藥物的名字，只有一列，一個(gè)藥物一行，前提是藥物名稱必須包含在pRRophetic包中提供的138種藥物中，可以通過在R中輸入?pRRopheticPredict()來查看；-sampleLabels表示樣本表型信息，包含兩列，第一列為樣本名稱，必須包含于或等于基因表達(dá)矩陣的樣本，第二列為對(duì)應(yīng)的表型或分組，列名為”group”；-control表示對(duì)照組的組名；-case表示疾病組的組名。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個(gè)程序即正式開始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會(huì)給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會(huì)顯示”Program execution is completed"結(jié)束語。

結(jié)果展示：

1.*_boxplot of predicted IC50.pdf

2. *est.ic50.csv

3. output_pvalue.txt

特別說明：本代碼經(jīng)申請(qǐng)軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件，請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “代碼”領(lǐng)??！

寫在文末：

如果您近期想做生信方面的文章而苦于沒有思路，或者不知道如何來入手生信分析，或者兌具體的某一個(gè)圖有作圖需求，都可以掃碼咨詢小云，我們有專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊(duì)，生信熱點(diǎn)思路設(shè)計(jì)、生信分析、熱點(diǎn)方向生信挖掘等，如有需要，可掃碼下方二維碼了解詳情