有機肥的安全性分為發(fā)酵和成熟的安全性和含量成分的安全性。

　　有機肥發(fā)酵分解的安全性：有機肥發(fā)酵分解的主要目的是通過微生物發(fā)酵氧化消耗有機肥中所含的小分子有機物，以防止這些小分子有機物施入土壤后迅速發(fā)酵，消耗土壤氧氣，導致植物根系因缺氧而死亡，也就是農民通常所說的“火燒苗”。為了防止有機肥燒苗，有機肥必須經過徹底發(fā)酵和分解，檢驗指標是分解程度。最可靠的是采取葉菜類蔬菜種子的發(fā)芽試驗。發(fā)芽率越高，腐爛越徹底。一般發(fā)芽率在80%以上，腐爛基本成熟。也是通過檢測碳氮比(C/N)來判斷的，C/N達到20%以上，基本上就腐爛了。

　　有機肥料的含量和成分的安全性主要是根據(jù)有毒重金屬、有毒化學品、殘留農藥、致病菌、抗生素的含量和成分來確定的。根據(jù)有機肥原料和有害成分的來源，其安全性一般分為三個層次：生態(tài)級、田間級和園林級。

　　1. 生態(tài)級有機肥。不含任何外來化學物質或有害成分，主要用于有機農產品的生產。原料來源主要是酒糟、糕點、食品加工廢渣、食用菌渣等。一般畜禽糞便中的重金屬和抗生素容易超標，不適合生產生態(tài)級有機肥。

　　2. 田間級有機肥。有毒重金屬、有毒化學品、殘留農藥、致病菌、抗生素等。不超標，而且一般都是在普通種植生產中使用。原料來源主要是牲畜糞、秸稈等。

　　3. 園林級有機肥。腐蝕性、急性毒性、浸出毒性、易燃性、反應性、毒性物質含量不超標，只能用于園林綠化。原料來源主要是含有有毒重金屬或抗生素超標的糞便、城市垃圾、污泥等。