單細(xì)胞歷年發(fā)展時(shí)間線

2009年北大湯富酬老師發(fā)表了第1篇單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文章

2013年單細(xì)胞測(cè)序被Nature Methods評(píng)為年度技術(shù)

2018年Science評(píng)選單細(xì)胞技術(shù)為10大科學(xué)突破

2019年單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)入選中國(guó)生命科學(xué)10大進(jìn)展

近年來(lái)，單細(xì)胞技術(shù)毫無(wú)疑問登上了生命科學(xué)的熱搜榜。但直到2016年10x Genomics高通量商業(yè)化解決方案問世，單細(xì)胞技術(shù)才從真正意義上走進(jìn)千家萬(wàn)戶。

迄今為止，單細(xì)胞相關(guān)研究影響因子在10分以上的論文發(fā)表數(shù)量已超過3千篇，幾乎涵蓋了生命科學(xué)研究的各個(gè)領(lǐng)域。然而，隨著高通量單細(xì)胞技術(shù)的成熟和應(yīng)用的普及，高分文章發(fā)表比例正在逐年遞減，單細(xì)胞課題設(shè)計(jì)復(fù)雜程度逐漸上升。

IF>10文章占比

數(shù)據(jù)來(lái)源：* PubMed: ("single cell"[Title/Abstract]) & ("RNA"[Title/Abstract])

技術(shù)熱門之余，仍不少老師面臨這些單細(xì)胞技術(shù)困境：

對(duì)單細(xì)胞技術(shù)初步了解，設(shè)計(jì)課題和文章無(wú)從下手？

想要全面獲取單細(xì)胞測(cè)序的基礎(chǔ)知識(shí)，了解在文章和項(xiàng)目申請(qǐng)中的應(yīng)用現(xiàn)狀？

相關(guān)單細(xì)胞知識(shí)只限于了解，不知可以發(fā)現(xiàn)和解決什么科學(xué)問題，可以為課題帶來(lái)哪些幫助？

自己已經(jīng)構(gòu)思好臨床問題，卻不知如何結(jié)合單細(xì)胞技術(shù)？

歸根結(jié)底，單細(xì)胞文章總體思路大致可以分為兩大類。

路線一、細(xì)胞圖譜類型

細(xì)胞圖譜是高通量單細(xì)胞時(shí)代第一個(gè)發(fā)力點(diǎn)。圖譜類文章具有一定通用性，大部分單細(xì)胞文章都可以按照這種思路進(jìn)行分析，是所有單細(xì)胞研究的基本。

雖然現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)表過眾多圖譜類文章，但是并不代表別人做過了，你就不能做。想要在細(xì)胞圖譜類文章上發(fā)力，需要關(guān)注以下幾個(gè)點(diǎn)：

1. 樣本本身新穎性：尤其農(nóng)口來(lái)說，目前細(xì)胞圖譜形式文章依然是比較大的突破口；

2. 結(jié)合臨床疾病：醫(yī)口項(xiàng)目的細(xì)胞圖譜形式文章無(wú)論本身做的是人樣本還是模型樣本，最好能夠和臨床疾病關(guān)聯(lián)在一起，比如找到和疾病關(guān)聯(lián)的亞群，突出重點(diǎn)。例如，2021年7月浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬婦產(chǎn)科醫(yī)院林俊教授、馬俊彥老師、張麗琪博士團(tuán)隊(duì)在Cell&Bioscience上發(fā)表了子宮內(nèi)膜異位癥的探究；

3. 關(guān)注多物種細(xì)胞圖譜的一致性：如人鼠細(xì)胞亞群的一致性分析；

4. 多組學(xué)聯(lián)合圖譜：如ATAC+RNA這種多組學(xué)多角度探究細(xì)胞圖譜。例如，2021年11月暨南大學(xué)醫(yī)學(xué)部生物醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)化研究院/珠海市人民醫(yī)院尹芝南教授課題組在Science Bulletin上在線發(fā)表了小鼠不同器官γδT細(xì)胞異質(zhì)性圖譜。

圖 |?細(xì)胞圖譜類型文章路線匯總

路線二、非細(xì)胞圖譜類型

非細(xì)胞圖譜類型的研究思路主要可以分為腫瘤免疫研究、明顯的Control/Case分析、分化發(fā)育重編程等幾個(gè)類型。盡管“撞車”要比細(xì)胞圖譜文章少一些，但是依舊有以下幾點(diǎn)需要格外注意：

1. 樣本創(chuàng)新性或技術(shù)創(chuàng)新型：盡管“撞車”要比細(xì)胞圖譜文章少，但是依舊建議需要注意樣本創(chuàng)新性，如果是常規(guī)模型樣本可以加入不同時(shí)間點(diǎn)的藥物處理，如果是臨床樣本不僅可以進(jìn)行疾病組和正常組比較，也可以做不同疾病亞型比較等；如果樣本上無(wú)法創(chuàng)新，也可以考慮技術(shù)創(chuàng)新，如加入空間轉(zhuǎn)錄組和空間代謝組這些新技術(shù)；

2. 落腳點(diǎn)：文章一定要有落腳點(diǎn)，落腳點(diǎn)就是最大的創(chuàng)新;

3. 驗(yàn)證：落腳點(diǎn)的關(guān)鍵在于所需要突出的分子或者細(xì)胞群體需要有濕實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證；

4. 臨床樣本尤其注意樣本重復(fù)數(shù)目的重要性。此外，分析的細(xì)胞類型不在多，而在精，避免將文章做成疾病“圖譜”。

圖 |??非細(xì)胞圖譜類型文章路線匯總

了解過上述單細(xì)胞研究的2大類課題設(shè)計(jì)方向后，你還會(huì)擔(dān)心自己的課題和別人“撞車”嗎？

福利時(shí)間

為了更好的為廣大科研老師們解答單細(xì)胞技術(shù)應(yīng)用相關(guān)問題，歐易生物單細(xì)胞事業(yè)部特別推出《高通量單細(xì)胞測(cè)序科研指南》—應(yīng)用篇，從文章設(shè)計(jì)思路角度對(duì)經(jīng)典案例進(jìn)行了深入剖析：

歡迎百度搜索歐易生物——訪問歐易生物官網(wǎng)——了解單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)

此外，歐易單細(xì)胞平臺(tái)支持部門為您提供深度售前/售后支持，售前進(jìn)行深入溝通，定制化設(shè)計(jì)優(yōu)化課題研究路線，提供數(shù)據(jù)深入挖掘的思路和后續(xù)設(shè)計(jì)，讓您感受有‘溫度的’全面服務(wù)。如果您還有疑問，快來(lái)聯(lián)系我們吧~

關(guān)于單細(xì)胞事業(yè)部

單細(xì)胞事業(yè)部建立于2018年，已成為歐易生物的核心部門之一。先后引入多套10x Genomics和 BD Rhapsody主流的高通量單細(xì)胞分選平臺(tái)，以及流式細(xì)胞儀等個(gè)性化單細(xì)胞分選平臺(tái)，已獲得10x Genomics公司授權(quán)的單細(xì)胞基因表達(dá)和空間轉(zhuǎn)錄組雙平臺(tái)服務(wù)提供商認(rèn)證，并與北京、廣州、成都等地協(xié)同科研院所分別成立聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室。

團(tuán)隊(duì)成員50余人，博士學(xué)歷5人，碩士及以上學(xué)歷人員比例達(dá)40%以上；擁有300m獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室，可完成樣本處理、細(xì)胞分選、文庫(kù)構(gòu)建和空間轉(zhuǎn)錄等的實(shí)驗(yàn)。

單細(xì)胞事業(yè)部成立至今，已完成1500+個(gè)項(xiàng)目、8000+例樣本的單細(xì)胞解離與測(cè)序，參與或協(xié)助客戶發(fā)表50余篇高水平文章。歐易生物單細(xì)胞事業(yè)部致力于為廣大科研工作者提供周到、貼心、專業(yè)的技術(shù)服務(wù)，專注于以客戶的口碑鑄就品牌形象。

參考文獻(xiàn)

1.?Ma J, Zhang L, Zhan H, Mo Y, Ren Z, Shao A, Lin J. Single-cell transcriptomic analysis of endometriosis provides insights into fibroblast fates and immune cell heterogeneity. Cell Biosci. 2021 Jul 7;11(1):125. doi: 10.1186/s13578-021-00637-x.

2.?Zhenhua Li, Quanli Yang, Xin Tang, Yiming Chen, Shanshan Wang, Xiaojie Qi, Yawen Zhang, Zonghua Liu, Jing Luo, Hui Liu, Yongbing Ba, Lianxia Guo, Baojian Wu, Fang Huang, Guangchao Cao, Zhinan Yin,Single-cell RNA-seq and chromatin accessibility profiling decipher the heterogeneity of mouse γδ T cells,Science Bulletin,2021.?

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4、空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目疑慮多？小歐為您來(lái)解惑~

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