爾云間? 一個專門做科研的團隊

歡迎點贊+收藏+關注

生信人R語言學習必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內存，個人存儲1T）

• 書接上回，我們已經(jīng)安裝好miniconda，現(xiàn)在該安裝EDTA了。?小果安裝的時候一開始走了不少彎路，比如說試圖通過以下代碼來安裝EDTA

結果總是報錯！每次安裝新軟件都覺得自己是呆瓜的小果研究了半天，認為應該是環(huán)境依賴出了問題，但不會解決，搜尋網(wǎng)絡各種教程后果斷刪掉了剛剛創(chuàng)建的環(huán)境，使用了另一種安裝方式（(11條消息) EDTA?最簡易安裝方法_tesorter_Plaichat-123的博客-CSDN博客），很快成功了，感謝來自CSDN的饋贈~conda remove --name bioinfo –all#刪除名為bioinfo的環(huán)境?

git clone https://github.com/oushujun/EDTA#在github上克?。ㄏ螺d）EDTA項目?

沒有git？裝！sudo apt install git裝完git以后再次執(zhí)行git clone https://github.com/oushujun/EDTA

裝好了！使用EDTA.yml繼續(xù)創(chuàng)建命名為EDTA的conda環(huán)境。conda env create -f EDTA.yml

conda info –envs#查看已安裝的環(huán)境conda activate EDTA#激活EDTAconda create --name repeatmasker repeatmasker#創(chuàng)建新的環(huán)境并安裝RepeatMaskerconda install -c bioconda samtools#通過bioconda安裝samtools然后我們就可以注釋基因組中的重復序列了，大概流程如下所示：下載了小鼠的全基因組序列文件（.fasta）下載小鼠的CDS序列文件（可以在gencode下載）構建小鼠的repeat library對小鼠全基因組序列進行重復序列注釋（用到了RepeatMasker）

統(tǒng)計注釋結果

小果下期分析詳細的注釋教程哦！不要錯過~

歡迎使用：云生信??-?學生物信息學?(biocloudservice.com)

“生信果”，生信入門、R語言、生信圖解讀與繪制、軟件操作、代碼復現(xiàn)、生信硬核知識技能、服務器、生物信息學的教程，以及基于R的分析和可視化等原創(chuàng)內容，一起見證小白和大佬的成長。